Tàu được thiết kế gồm 15 xe khách kể cả đầu kéo, đoàn tàu SE4 chạy thí điểm có bốn toa xe ghế mềm cao cấp với 56 ghế trên mỗi toa.
So với các đoàn tàu thế hệ trước, hệ thống ghế của các toa xe này có diện tích và khoang hành lý phía trên rộng rãi và chắc chắn hơn để bảo đảm an toàn. Ngoài ra, hai phía đầu toa đều có vị trí để vali cồng kềnh của hành khách.
Toa giường nằm được trang bị nội thất cao cấp, mỗi hành khách được bố trí một đèn đọc sách được tích hợp sạc điện thoại bằng cổng USB.
Với mục tiêu gia tăng các tiện ích phục vụ nhu cầu giải trí của khách hàng, trên các toa xe có giá sách, mỗi toa ghế ngồi được trang bị bốn màn hình điện tử…
Bên cạnh việc nâng cao chất lượng phương tiện, đội ngũ nhân viên phục vụ trên tàu cũng được đào tạo, huấn luyện thêm về nghiệp vụ tại Học viện Hàng không Việt Nam.
Đội ngũ nhân viên phục vụ trên tàu được chọn lựa về ngoại hình và phần lớn có trình độ ngoại ngữ tốt để phục vụ du khách nước ngoài đi trên tàu.
Tổng công ty Đường sắt Việt Nam cũng thí điểm phục vụ suất ăn hàng không miễn phí trên các đoàn tàu. Đây là một trong các dịch vụ mới mà đường sắt phối hợp Công ty CP Dịch vụ hàng không sân bay Tân Sơn Nhất (SASCO) thực hiện.
Toa xe căng-tin nằm ở giữa đoàn tàu được trang bị thùng bảo ôn để giữ suất ăn và lò hấp thức ăn, phục vụ suất cơm nóng và đầy đủ dưỡng chất cho hành khách.
Các suất ăn phục vụ hành khách trên tàu được chế biến sẵn, việc kiểm soát chất lượng và bảo quản theo quy trình chặt chẽ, vận chuyển đến đoàn tàu trước giờ lăn bánh một giờ.
Theo dự kiến, Đường sắt Sài Gòn sẽ tổ chức chạy mỗi ngày một đoàn tàu (SE3 và SE4) trên tuyến Thống Nhất. Mỗi đoàn tàu chạy hết 30 giờ đồng hồ để di chuyển giữa hai đầu ga.