Mục tiêu của quy hoạch được chỉ rõ là xây dựng và phát triển mạng lưới cơ sở y tế quốc gia phù hợp với yêu cầu bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân hướng tới mục tiêu công bằng, chất lượng, hiệu quả và hội nhập quốc tế; đồng thời nâng cao chất lượng dịch vụ y tế ngang tầm các nước tiên tiến trong khu vực và trên thế giới.
PGS, TS Phan Lê Thu Hằng, Phó Vụ trưởng Kế hoạch tài chính (Bộ Y tế) cho biết, Quy hoạch mạng lưới cơ sở y tế được phê duyệt tạo định hướng chiến lược, cơ sở pháp lý cũng như động lực để ngành y tế phát triển mạng lưới cơ sở y tế nhằm hướng tới các mục tiêu về y tế trong tình hình mới, đồng thời giúp các địa phương có cơ sở tham chiếu cũng như có những hướng dẫn mang tính nguyên tắc để phát triển mạng lưới cơ sở y tế trên địa bàn.
Quy hoạch mạng lưới cơ sở y tế tập trung năm loại hình cơ sở y tế cấp vùng, liên tỉnh và liên ngành thuộc các lĩnh vực: Khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; giám định y khoa, giám định pháp y và giám định pháp y tâm thần; y tế dự phòng, y tế công cộng; kiểm nghiệm, kiểm định, kiểm chuẩn về thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm, vắc-xin và sinh phẩm y tế, thiết bị y tế, sản xuất dược phẩm và thiết bị y tế; dân số-sức khỏe sinh sản. Như vậy, Quy hoạch không bao gồm các đơn vị quản lý nhà nước về y tế (vụ, cục, chi cục...) cũng như không bao gồm các cơ sở y tế địa phương (thuộc phạm vi quy hoạch tỉnh). Quy hoạch cũng đưa ra những định hướng mang tính nguyên tắc để hướng dẫn các địa phương đưa hợp phần mạng lưới cơ sở y tế địa phương vào quy hoạch tổng thể của tỉnh, thành phố.
Quy hoạch mạng lưới cơ sở y tế nhằm mục tiêu xác định sự kiên định trong việc theo đuổi mục tiêu công bằng, chất lượng, hiệu quả và hội nhập quốc tế, bảo đảm phát triển mạng lưới cơ sở y tế để làm tăng khả năng tiếp cận dịch vụ y tế của người dân và đủ năng lực đáp ứng nhu cầu bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân trong từng thời kỳ; đồng thời từng bước tiệm cận hệ thống y tế của các nước tiên tiến trong khu vực và trên thế giới. Quy hoạch đưa ra các chỉ tiêu phấn đấu rất cao về quy mô giường bệnh và nhân lực y tế chủ chốt, theo đó tới năm 2050 các chỉ số này của Việt Nam sẽ đạt mức bình quân của nhóm nước công nghiệp phát triển hàng đầu (các nước thuộc Tổ chức OECD).
Định hướng cho mạng lưới cơ sở y tế được đề cập khá cụ thể. Đối với lĩnh vực khám bệnh, chữa bệnh, phát triển năng lực chuyên môn kỹ thuật cấp chăm sóc chuyên sâu (trong đó một số bệnh viện được phát triển bệnh viện chuyên sâu kỹ thuật cao, hiện đại, ngang tầm các nước phát triển trong khu vực và quốc tế). Cải thiện sự phân bổ trên không gian địa lý của các bệnh viện cung ứng dịch vụ chăm sóc chuyên sâu tuyến cuối nhằm cải thiện khả năng tiếp cận địa lý (nâng cấp một số bệnh viện đa khoa, bệnh viện chuyên khoa cấp tỉnh để đảm nhận chức năng vùng, phát triển mạng lưới cơ sở vệ tinh của các bệnh viện tuyến trung ương, xây mới một số bệnh viện tuyến trung ương tại khu vực Tây Nguyên, Đồng bằng sông Cửu Long...).
Lĩnh vực y tế dự phòng, y tế công cộng sẽ phát triển theo hướng hình thành Cơ quan Kiểm soát bệnh tật Trung ương (với hệ thống phòng xét nghiệm an toàn sinh học cấp 4) và ba Trung tâm Kiểm soát bệnh tật khu vực (với hệ thống phòng xét nghiệm an toàn sinh học cấp 3) gắn với các Viện Vệ sinh dịch tễ và Pasteur hiện có để đảm nhận vai trò kết nối và hỗ trợ các trung tâm kiểm soát bệnh tật cấp tỉnh nhằm bảo đảm đủ năng lực dự báo, giám sát và phát hiện sớm, khống chế kịp thời, có hiệu quả các dịch bệnh và kiểm soát các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sức khỏe cộng đồng.
Đáng chú ý, quy hoạch mạng lưới cơ sở y tế đề cập tới sự hình thành hai khu phức hợp y tế chuyên sâu khi có đủ điều kiện tại hai miền nam-bắc. Khu phức hợp y tế được xem là mô hình có thể giúp tạo cú huých cho hoạt động đổi mới sáng tạo và phát triển kỹ thuật cao của toàn ngành y tế, phù hợp với mục tiêu kiến tạo một hệ thống y tế hiện đại, tiên tiến cũng như quan điểm coi y tế là một ngành dịch vụ có khả năng đóng góp trực tiếp cho tăng trưởng kinh tế.
Khu phức hợp y tế được xem phù hợp nhất với các cơ sở y tế có hệ thống phòng xét nghiệm lớn và phức tạp; các trung tâm nghiên cứu và phát triển y sinh học công nghệ cao; các cơ sở đào tạo nhân lực y tế lớn; các cơ sở khám, chữa bệnh (bệnh viện và phòng khám) kỹ thuật cao; các cơ sở nghiên cứu sản xuất dược phẩm, chế phẩm sinh học và trang thiết bị y tế công nghệ cao...
Mô hình khu phức hợp y tế chuyên sâu sẽ tạo không gian cho sự hợp tác, chia sẻ hạ tầng kỹ thuật y tế dùng chung giữa các cơ sở y tế, nhất là giữa các hệ thống labo; tạo không gian liên kết giữa nghiên cứu, phát triển, đào tạo nhân lực và thiết kế sản xuất các sản phẩm y dược công nghệ cao; tạo thuận lợi cho đầu tư và vận hành một số hạng mục hạ tầng kỹ thuật chung cho các cơ sở trong khu phức hợp (hệ thống cấp thoát nước, hệ thống xử lý chất thải y tế, hệ thống điện, hệ thống phòng cháy, chữa cháy); thuận lợi cho việc thiết kế đề án đầu tư trọng điểm...