Quyết định cho biết, thời gian thực hiện khai quật khảo cổ ở chùa Thiện sẽ kéo dài từ ngày 19-12-2020 đến 30-1-2021 trên diện tích 50m2. Dự án khai quật sẽ do GS Lâm Thị Mỹ Dung (ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐH Quốc gia Hà Nội) chủ trì.
Quyết định cũng nêu rõ, trong thời gian khai quật, cơ quan được cấp giấy phép cần chú ý bảo vệ địa tầng của di tích; có trách nhiệm tuyên truyền cho nhân dân về việc bảo vệ di sản văn hoá ở địa phương, không công bố kết luận chính thức khi chưa có sự thỏa thuận của cơ quan chủ quản và Cục Di sản văn hóa. Những hiện vật thu thập được trong quá trình khai quật, Bảo tàng tỉnh Tuyên Quang, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Tuyên Quang có trách nhiệm giữ gìn, bảo quản, tránh để hiện vật bị hư hỏng, thất lạc và báo cáo Bộ trưởng Văn hóa, Thể thao và Du lịch phương án bảo vệ và phát huy giá trị những hiện vật đó.
Sau khi kết thúc đợt khai quật, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Tuyên Quang và Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, Đại học Quốc gia Hà Nội phải có báo cáo sơ bộ và đề xuất phương án quản lý, bảo vệ khu vực đã khai quật trong thời gian chậm nhất một tháng và báo cáo khoahọc trong thời gian chậm nhất một năm, gửi về Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch. Trước khi công bố kết quả của đợt khai quật, cơ quan được cấp giấy phép trao đổi, thống nhất với Cục Di sản văn hóa. Cục Di sản văn hóa có trách nhiệm theo dõi, kiểm tra đợt khai quật nói trên đúng với nội dung Quyết định.
Trước đó, cán bộ Viện Khảo cổ học Việt Nam và Bảo tàng Tuyên Quang đã phát hiện một di chỉ cư trú thuộc thời đại kim khí ở chân núi chùa Thiện Kế, xã Thiện Kế. Các nhà khảo cổ thu được 187 hiện vật gồm đồ gốm, các mảnh gốm hoa văn. Căn cứ vào các tài liệu phát hiện được, các nhà khoa học dự đoán đây là di chỉ cư trú của người Hùng Vương thuộc giai đoạn Gò Mun, có niên đại cách đây khoảng 2.500-3000 năm.
