Trong số 16 dự án thủy điện vận hành, hoạt động thương mại có 12 dự án thực hiện đầy đủ các thủ tục pháp lý. Riêng 4 dự án thủy điện Đăkrinh, Sơn Trà 1, Kà Tinh 1, Kà Tinh 2 và thủy điện Đắk Ba còn một phần diện tích đất chưa được chuyển mục đích và cho thuê đất.
Ngay sau khi phát hiện các thủy điện đã vận hành phát điện thương mại nhưng một phần diện tích đất chưa được cấp có thẩm quyền chuyển mục đích, cho thuê đất, Sở Công thương tỉnh Quảng Ngãi làm việc với các chủ đầu tư, doanh nghiệp và phối hợp sở ngành chuyên môn, chính quyền địa phương giải quyết các tồn tại, vướng mắc.
Là cơ quan chuyên môn về xây dựng thực hiện kiểm tra công tác nghiệm thu công trình xây dựng của các chủ thể tham gia xây dựng, Sở Công thương tỉnh Quảng Ngãi đã tổ chức nhiều đợt kiểm tra trực quan hiện trường xây dựng hạng mục công trình; kiểm tra công tác nghiệm thu hạng mục công trình; việc tuân thủ các quy định của pháp luật về quản lý chất lượng hạng mục công trình xây dựng của chủ đầu tư và nhà thầu tham gia xây dựng; kiểm tra hồ sơ hoàn thành hạng mục công trình.
Gắn với công tác kiểm tra nghiệm thu phần xây dựng, ngành chức năng kiểm tra quá trình tích nước hồ chứa, chất lượng an toàn đập, hồ chứa và kiểm tra hiệu chỉnh các thiết bị, tuabin máy phát, quay cơ thử tải thiết bị, vận hành các hạng mục phòng cháy chữa cháy.
Hiện nay, tất cả các nhà máy thủy điện đang vận hành phát điện thương mại đều được cấp giấy phép hoạt động điện lực và ký hợp đồng mua bán điện. Giấy phép hoạt động điện lực các nhà máy thủy điện trên 3MW thuộc thẩm quyền của Cục Điều tiết điện lực (Bộ Công thương) và Tổng Công ty điện lực miền trung ký hợp đồng mua bán điện với các chủ đầu tư.