Bà Thái Thị Mỹ Hạnh đã có những vi phạm, khuyết điểm trong lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành thực hiện các quy chế, quy định và quản lý tài chính của đơn vị không thực hiện đúng quy chế hoạt động của Đảng ủy, từ đó gây mất đoàn kết nội bộ .
Bà Hạnh đã điều hành, sử dụng tài chính để xảy ra nhiều sai phạm, trong đó, chưa thực hiện đúng quy chế dân chủ ở cơ sở; việc công khai tài chính đơn vị chưa đúng theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
Riêng năm 2018 và 2019, Trung tâm y tế huyện Đồng Phú đã chậm nộp gần 400 triệu đồng; thu để ngoài sổ sách số tiền hơn 554 triệu đồng; chi để ngoài sổ sách hơn 468 triệu đồng; số tiền để ngoài sổ sách chưa sử dụng, phải nộp vào kho bạc hơn 86 triệu đồng.
Bà Hạnh chỉ đạo bộ phận kế toán lập danh sách trích lại 40% tiền nghỉ phép của người lao động sai quy định; đồng thuận với bộ phận kế toán lập khống chứng từ mua văn phòng phẩm hơn 48 triệu đồng, chi trả chế độ độc hại bằng tiền mặt sai quy định, chậm chi trả chế độ độc hại cho người lao động; hợp thức chứng từ mua sữa với số tiền hơn 324 triệu đồng để lấy tiền mặt chi tiền trợ cấp độc hại cho người lao động.
Ngoài ra, bà Hạnh còn chỉ đạo bà Trần Thị Dệt - phụ trách chương trình Phòng chống HIV giữ lại 50% tiền chế độ phụ cấp của cộng tác viên tuyến xã số tiền 43.200.000 đồng.
Những vi phạm của bà Hạnh là nghiêm trọng, làm giảm uy tín của Đảng bộ, Trung tâm y tế huyện và cá nhân đồng chí, tạo dư luận xấu trong cán bộ, đảng viên của đơn vị.