Theo quyết định, phạm vi, quy mô quy hoạch có diện tích là 40 ha, trong đó, toàn bộ phần đất thuộc Khu vực bảo vệ I và Khu vực bảo vệ II của Di tích quốc gia đặc biệt Chùa Vĩnh Nghiêm (theo Hồ sơ xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt), có diện tích là 2,05 ha; phần đất mở rộng nằm liền kề di tích, có diện tích là 37,95 ha, gồm: Khuôn viên Chùa Vĩnh Nghiêm mới được mở rộng về phía đông (2,74 ha); đất dân cư thôn Long Khánh, xã Trí Yên (diện tích 6,20 ha); đất bãi ven sông Lục Nam (đoạn chảy qua di tích, diện tích 8,50 ha); đất các công trình hạ tầng kỹ thuật (diện tích 4,50 ha) và đất nông nghiệp, đất ruộng xen kẹt trong khu vực di tích (diện tích 16,01 ha).
Một trong các nội dung quy hoạch là quy hoạch các không gian chức năng thành một tổng thể di tích thống nhất giữa bên trong và bên ngoài khu nội tự (chùa chính - di tích gốc hiện tồn); trong đó: Lấy khu nội tự Chùa Vĩnh Nghiêm làm trung tâm để bố cục và tổ chức các không gian kiến trúc cảnh quan bên ngoài di tích phù hợp với yêu cầu về bảo tồn và phát huy giá trị các hạng mục kiến trúc gốc hiện hữu, đồng thời tái hiện lại một số không gian gắn với di tích như: chợ chùa, ruộng chùa, làng La cổ truyền. Tôn tạo cảnh quan, bố trí các hạng mục phụ trợ ở bên ngoài khu nội tự hài hòa trong tổng thể kiến trúc chung của toàn khu vực.
Bảo tồn nguyên trạng cấu trúc của khu chùa chính trong khuôn viên khu nội tự Chùa Vĩnh Nghiêm. Tổ chức nghiên cứu, đánh giá mức độ hư hại, xuống cấp các hạng mục kiến trúc gốc trong khu nội tự, để đưa ra các giải pháp tu bổ, tôn tạo phù hợp với từng giai đoạn bảo tồn.
Duy trì nhà lưu giữ và trưng bày mộc bản Chùa Vĩnh Nghiêm (mới xây dựng năm 2018), đồng thời bổ sung các hạng mục công trình phụ trợ cần thiết cho việc bảo tồn và phát huy giá trị di tích như: Tam quan, tháp Phổ Quang, nhà Tổ đệ tam, khu chế tác (phiên bản) mộc bản và in kinh sách, giảng đường Phật học, nhà Tăng, nhà Thiền... tại những vị trí thích hợp; bảo đảm hài hòa, hợp ỉý với các kiến trúc gốc hiện hữu, kết nối liên thông với nhau bởi hệ thống sân, đường giao thông nội bộ.
Bảo tồn, chăm sóc các loại cây xanh cổ thụ có giá trị; trồng bổ sung vườn mít, vườn thị, các loại cây xanh khác phù hợp với di tích; chỉnh trang, tôn tạo hệ thống sân vườn cảnh quan, đường giao thông trong khu nội tự (trục đường Nhất chính đạo, vườn Cát tường, sân Tam bảo...), bảo đảm việc kết nối liên thông giữa các hạng mục bên trong và bên ngoài khu nội tự di tích.
Đối với các công trình phụ trợ khác, gồm: Khu chế tác (phiên bản) mộc bản và in kinh sách, giảng đường Phật học, nhà Tăng, nhà Thiền... khi triển khai xây dựng hạ tầng kỹ thuật trong khu vực quy hoạch cần làm rõ quy mô, vị trí xây dựng, kiểu dáng kiến trúc, tầng cao, vật liệu sử dụng, quỹ đất đáp ứng nhu cầu và công năng sử dụng của từng công trình, bảo đảm chất lượng, thẩm mỹ, không làm ảnh hưởng đến di tích gốc, hài hòa với tổng thể chung của khu di tích.
Việc bảo tồn, tôn tạo, phát huy giá trị di tích quốc gia đặc biệt Chùa Vĩnh Nghiêm hướng đến mục tiêu biến đây trở thành điểm hấp dẫn du lịch và nơi sinh hoạt tín ngưỡng của nhân dân và du khách. Bên cạnh đó, kết nối Chùa Vĩnh Nghiêm với các điểm di tích liên quan đến Phật giáo Trúc Lâm ở tỉnh Quảng Ninh, Hải Dương và các di tích, danh lam thắng cảnh nối tiếng khác trong tỉnh để tạo thành chuỗi sản phẩm du lịch phong phú, góp phần phát triển kinh tế - xã hội và du lịch của tỉnh Bắc Giang.
Chùa Vĩnh Nghiêm hiện còn lưu giữ những bộ ván kinh có từ 700 năm nay, là kho sách cổ vô cùng quý giá. Hiện nay, kho mộc thư vẫn lưu giữ được 34 đầu sách với gần 3.000 bản khắc, mỗi bản có hai mặt, mỗi mặt 2 trang sách khắc ngược (âm bản) khoảng 2.000 chữ Nôm, chữ Hán. Những bản khắc có niên đại sớm nhất, nhiều sách nhất, chữ chuẩn đẹp nhất và đạt đến độ tinh xảo, trong số mộc thư còn lưu giữ được ở nước ta.
Trong kỳ họp của Ủy ban Ký ức thế giới khu vực châu Á - Thái Bình Dương diễn ra tại Bangkok - Thái Lan từ ngày 14 đến 16-5-2012, mộc bản kinh Phật chùa Vĩnh Nghiêm đã được công nhận là Di sản ký ức thế giới khu vực châu Á - Thái Bình Dương năm 2012.
Ngày 20-3-2016, chùa Vĩnh Nghiêm được nhận Bằng xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt.
