Lãnh đạo Vườn Quốc gia Ba Bể cung cấp thông tin, hồ Ba Bể có tổng diện tích trong khu vực Vườn gần 500 ha, bao gồm hồ và 4 con sông, suối chính nối với hồ. Phía nam và phía tây có sông Chợ Lèng, suối Bó Lù và Tà Han đổ nước vào hồ với tổng diện tích lưu vực là 420 km2. Nước trong hồ chảy ra sông Năng ở phía bắc, tiếp tục chảy về sông Gâm. Tổng diện tích lưu vực sông Năng là 1.420 km2.
Vào mùa mưa lũ, nước sông Năng có thể chảy vào hồ làm mực nước hồ dâng lên 2-3m. Khi nước lũ sông Năng giảm xuống, nước trong hồ tiếp tục chảy vào sông Năng. Mực nước tích lại trong hồ khoảng 80 - 90 triệu m3.
Cả 4 con sông, suối nói trên đều bắt nguồn từ những khu vực đỉnh núi cao, địa hình dốc, thường xuyên gây ra lũ lớn vào mùa mưa. Kết quả điều tra cơ bản của Viện Khoa học thủy lợi thực hiện năm 2002, lưu lượng nước ở 3 con sông, suối phía nam khoảng gần 1.000m3/giây đổ vào hồ.
Theo nghiên cứu của Viện Khoa học thủy lợi, từ năm 1969 - 1989, các vùng cửa sông đã bị bồi lấp khoảng 15 ha. Tiếp đó, tại các vùng của suối phía bắc cũng như phía nam hồ Ba Bể xuất hiện nhiều bãi phù sa bồi lắng và tiến dần lấp hồ theo 4 hướng. Từ năm 1989 - 2002, lượng phù sa bồi lắng hằng năm tăng nhanh hơn, tốc độ bồi lắng giai đoạn này gấp 2,7 lần so với giai đoạn trước.
Nguyên nhân chủ yếu là do giai đoạn này dân số tăng nhanh, người dân trong khu vực vùng đầu nguồn và vùng đệm Vườn Quốc gia Ba Bể chủ yếu phát nương, làm rẫy dẫn đến quá trình rửa trôi, xói mòn diễn ra mạnh mẽ.
Trên cơ sở đó, Viện Khoa học thủy lợi đã thành lập dự án tiền khả thi hệ thống công trình thủy lợi chống bồi lấp hồ Ba Bể với tổng kinh phí 263,5 tỷ đồng, bao gồm 2 nội dung chính: Xây dựng cụm công trình thủy lợi trên suối Bó Lù và Tà Han để chặn giữ bùn, cát vào hồ và xả bùn, cát ra sông Gâm, giảm 2/3 lượng bùn, cát lấp hồ; xây dựng cụm công trình thủy lợi trên suối Chợ Lèng với mục đích ổn định luồng lạch cửa sông, hút phù sa ở cửa sông, trả lại diện tích mặt nước cho hồ.
Năm 2002, Viện Khoa học thủy lợi đã phối hợp Vườn Quốc gia Ba Bể tiến hành nghiên cứu các giải pháp chống bồi lấp hồ Ba Bể thông qua Dự án điều tra cơ bản xác định thực trạng, nguyên nhân và định hướng giải pháp chống bồi lắng tại các cửa sông vào hồ Ba Bể. Năm 2003, Vườn Quốc gia Ba Bể đã trình dự án lên UBND tỉnh Bắc Kạn, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn nhưng do nhiều nguyên nhân khác nhau nên dự án chưa được phê duyệt.
Từ khi thành lập, Vườn Quốc gia Ba Bể đã và đang nỗ lực phối hợp các cấp, các ngành, địa phương để góp phần hạn chế sự bồi lấp hồ Ba Bể, như: tăng cường thực hiện các chính sách bảo vệ và phát triển rừng, đặc biệt là các khu vực đầu nguồn, vùng đệm của Vườn nhằm hạn chế xói mòn, rửa trôi đất. Cụ thể: năm 1992, tham gia thực hiện một số chủ trương sử dụng đất trống, đồi núi trọc theo Quyết định 327-CT ngày 15/9/1992 do Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng ban hành; năm 1998 tham gia thực hiện dự án trồng mới 5 triệu ha rừng theo Quyết định 661/QĐ-TTg ngày 29/7/1998 của Thủ tướng Chính phủ; thực hiện dự án 147 theo Quyết định 147/2001/QĐ-TTg ngày 10/9/2007 của Thủ tướng Chính phủ.
Hiện nay, việc bồi lấp hồ Ba Bể vẫn đang diễn ra song tốc độ bồi lắng đã giảm so với giai đoạn trước do diện tích và chất lượng rừng tại vùng đầu nguồn và vùng đệm Vườn Quốc gia Ba Bể đã tăng lên. Cụ thể, giai đoạn 2011-2020, công tác phát triển rừng và khoán quản lý bảo vệ rừng được diện tích là hơn 1.198 ha (nghiệm thu năm thứ nhất); diện tích khoán quản lý bảo vệ là hơn 96.932 ha (diện tích bảo vệ chuyển tiếp).
Để khắc phục triệt để việc bồi lấp hồ Ba Bể cần các giải pháp đồng bộ và nguồn kinh phí lớn. Vì vậy, Ban Quản lý Vườn Quốc gia Ba Bể kính đề nghị các bộ, ngành Trung ương, UBND tỉnh sớm có nghiên cứu đánh giá để đưa ra các giải pháp cụ thể, các dự án tổng thể và đồng bộ, phân bổ các nguồn kinh phí để thực hiện.
Đề nghị các địa phương nằm trong khu vực vùng đầu nguồn và vùng đệm Vườn Quốc gia Ba Bể tăng cường phối hợp trong công tác tuyên truyền giáo dục môi trường rừng, phân loại và xử lý rác thải đúng quy định.
