Thời kỳ đó, ở nước ta Nho học vẫn còn đang phổ biến, vậy mà những sinh viên thế hệ đầu tiên của Trường đại học Y Hà Nội tiếp cận nền giáo dục phương Tây đã phải “du học tại chỗ” trong điều kiện sơ khai và đầy khó khăn. Song, với tinh thần dân tộc cao, họ sẵn sàng đổi mới để tiếp thu, ứng dụng và truyền bá các thành tựu khoa học y học hiện đại để bồi đắp thêm cho nền y học nước nhà. Sự ra đời của cơ sở đào tạo y học phương Tây đầu tiên ở Đông Dương cũng đầy những trắc trở.
Tuy nhiên, với hành trang là lòng yêu nghề và mong muốn xây dựng một nền y học nước nhà, họ đã vượt qua muôn vàn thách thức để tiếp cận với y học thế giới. Đó là điểm mốc lịch sử quan trọng trong thời kỳ đầu, thời điểm mà các quan niệm truyền thống phải điều chỉnh để thích ứng với luồng gió mới của nền khoa học y học phương Tây.
Thật đáng tự hào, các thế hệ sinh viên những khóa đầu tiên đó đã trở thành những nhà khoa học, những thầy giáo của chính nơi mà họ đã học tập, rồi trở thành giáo sư thế hệ đầu tiên của đất nước. Những người đã tiếp thu tinh hoa nhân loại, đưa tinh hoa ấy trở thành một bộ phận không thể tách rời, hòa quyện và phát triển cùng nền văn hóa, khoa học truyền thống của dân tộc Việt Nam.
Sau ngày đất nước độc lập (2/9/1945), khát vọng xây dựng nền y học nước nhà ngày càng phát triển thêm cháy bỏng. Những người thầy thuốc đã mang kiến thức và tài năng của mình phục vụ tích cực cho công cuộc bảo vệ và dựng xây đất nước.
Đặc biệt là lúc này, những giảng viên ở Trường đại học Y Hà Nội đã không chỉ tiếp thu tri thức của y học hiện đại để đào tạo nguồn nhân lực nước nhà, mà chính họ còn góp phần tạo ra những giá trị khoa học góp phần phát triển nguồn nhân lực y học thế giới.
Giáo sư, Anh hùng lao động Đặng Văn Ngữ, người đã sản xuất thuốc kháng sinh Penixilin trực tiếp phục vụ điều trị thương binh, bệnh binh ở chiến trường; GS Tôn Thất Tùng đã đưa tên tuổi ngành ngoại khoa Việt Nam ra thế giới với phương pháp cắt gan khô...
Khát vọng xây dựng nền y học nước nhà ngang tầm thời đại đã bước đầu trở thành hiện thực và được các thế hệ thầy và trò Trường đại học Y Hà Nội hiện thực hóa trở thành truyền thống quý báu của trường.
Sau 120 năm, ngôi trường đã không ngừng phát triển, trở thành niềm tự hào của ngành y tế Việt Nam, với những thế hệ thầy thuốc thành công trên nhiều lĩnh vực: giảng dạy, nghiên cứu khoa học và đóng góp quan trọng cho nền y học nước nhà. Trường đại học Y Hà Nội đã trở thành trường đại học lâu đời nhất Việt Nam với chất lượng đào tạo đứng đầu.
Đến nay, trường đã đào tạo hàng chục nghìn bác sĩ đa khoa, chuyên khoa, thạc sĩ và tiến sĩ y khoa. Với thương hiệu của ngôi trường có bề dày lịch sử, nhiều năm liên tiếp, tuyển sinh đầu vào của trường có điểm chuẩn rất cao, thuộc tốp đầu các trường đại học. Thành tựu lớn nhất của nhà trường là sự kết hợp nhuần nhuyễn giữa lý thuyết với thực hành; giữa đào tạo, nghiên cứu với khám, chữa bệnh vì mục tiêu phục vụ, bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân.
Bệnh viện Đại học Y Hà Nội, đơn vị trực thuộc Trường đại học Y Hà Nội là một minh chứng điển hình cho sự gắn kết chặt chẽ với trường trong công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học và khám, chữa bệnh. Bệnh viện là nơi áp dụng trực tiếp các kết quả nghiên cứu vào thực tiễn lâm sàng phục vụ công tác chăm sóc sức khỏe nhân dân.
Những điểm sáng nổi bật đó phải kể đến việc ứng dụng công nghệ phân tích gien trong chẩn đoán bệnh lý di truyền, ung thư; công nghệ tế bào miễn dịch trị liệu, điều trị đích trong ung thư; ứng dụng công nghệ thông tin trong tư vấn, khám, chữa bệnh từ xa và nhiều công nghệ, kỹ thuật hiện đại được khởi phát từ nơi đây trước khi được triển khai rộng rãi ở các cơ sở y tế trong cả nước…
Trường đại học Y Hà Nội đang bước sang một giai đoạn mới, giai đoạn đổi mới căn bản và toàn diện giáo dục đại học. Đây cũng là giai đoạn bản lề, chuyển đổi sang cơ chế tự chủ đại học, tự chịu trách nhiệm xã hội. Quản trị đại học, kinh tế tri thức sẽ là đòn bẩy quan trọng thúc đẩy sự phát triển của nhà trường trong xu thế hội nhập sâu rộng và toàn cầu hóa.
Mô hình Trường đại học Y Hà Nội đang dần được hình thành, chiến lược trong đào tạo đã được thiết lập, đó là giữ nguyên và dần giảm chỉ tiêu đào tạo bậc đại học, tập trung đào tạo chuyên khoa sau đại học, đào tạo đội ngũ tinh hoa cho nền y học nước nhà; tăng cường đầu tư cho khoa học-công nghệ, phấn đấu tỷ trọng nguồn thu về khoa học và công nghệ cũng như dịch vụ y tế sẽ chiếm phần lớn trong nguồn ngân sách của nhà trường.
Nhà trường cũng tăng cường đào tạo theo địa chỉ đối với bậc chuyên khoa sau đại học để tránh lãng phí nhân lực và tiết kiệm đầu tư ngân sách từ nhà nước. Thúc đẩy nguồn vốn đầu tư cho khoa học và công nghệ thông qua các đơn đặt hàng, hợp tác từ doanh nghiệp nhằm ứng dụng ngay kết quả nghiên cứu vào thực tiễn và giảm phụ thuộc vào ngân sách quốc gia dành cho khoa học-công nghệ…
Thế giới và xã hội Việt Nam ngày nay có nhiều thay đổi. Truyền thống tốt đẹp của nhà trường được tiếp tục bồi đắp thêm theo thời gian. Đó là lòng yêu nước, là lòng yêu nghề, tinh thần trách nhiệm với xã hội, là tinh thần đoàn kết, gắn bó giữa tính khoa học và tính cách mạng trước mọi khó khăn.
Thời gian tới, với phương châm lấy kinh tế tri thức là động lực phát triển, tập thể cán bộ, viên chức và người lao động Trường đại học Y Hà Nội sẽ phát huy trí tuệ, có nhiều giải pháp hiệu quả nhằm hiện thực hóa mục tiêu đã đề ra. Từng bước xây dựng Trường đại học Y Hà Nội là đại học nghiên cứu ngang tầm với các trường đại học y hàng đầu ở châu Á.