Được xem như quần thể, nhưng giữa hai khu vực trong di sản là vịnh Hạ Long và vịnh Lan Hạ lại tồn tại ranh giới phân chia địa giới hành chính của hai địa phương là tỉnh Quảng Ninh và thành phố Hải Phòng.
Với những phương thức quản lý, quy định, quy hoạch khác nhau, ranh giới này gây nhiều khó khăn cho hoạt động của tàu du lịch và tàu khách, từ nhiều năm qua. Bởi vậy, khi UNESCO công nhận điều chỉnh mở rộng di sản thiên nhiên thế giới Vịnh Hạ Long bao gồm cả quần đảo Cát Bà, các cơ quan chức năng đã lên kế hoạch về việc hai địa phương có di sản "ngồi lại với nhau" để tìm phương án cùng bảo tồn và khai thác di sản hiệu quả, hài hòa được lợi ích của cả hai bên. Việc này cần được thúc đẩy sớm, để tận dụng được hiệu ứng từ sự công nhận của UNESCO, đặc biệt trong hoạt động khai thác và quảng bá du lịch. Là mô hình di sản liên tỉnh đầu tiên của cả nước, nên việc hoạch định mô hình và phương thức quản lý hẳn sẽ là điều không dễ. Nên sẽ cần sự tham vấn và có thể cả vai trò "trọng tài vùng" từ những cơ quan quản lý cấp cao.
Không hoàn toàn trùng lắp, nhưng câu chuyện phương thức, mô hình quản lý, bảo tồn và phát huy di sản liên vùng cũng không phải là câu chuyện quá mới. Những nội dung cơ bản của câu chuyện đó đã từng được xới xáo từ nhiều năm qua, với những hệ thống di sản có tính kết nối chặt chẽ và có thể thiết kế thành hệ thống để mang tới những sản phẩm du lịch đặc sắc, như vùng Hà Nội với sự kết nối liên tuyến Hà Nội-Bắc Ninh, Hà Nội-Ninh Bình... hay Con đường di sản miền trung đã thu hút nhiều sự quan tâm và nỗ lực của những người làm du lịch. Vậy nhưng, nhìn lại những kết quả, có thể thấy, "nút thắt" hài hòa lợi ích giữa các địa phương có di sản vẫn chưa thật sự được tháo gỡ hiệu quả.
