1/ Theo tài liệu do Ban quản lý di tích lịch sử chùa Tri Chỉ, thì có tên chữ là Trung Đồng, chùa Tri Chỉ còn được gọi là chùa Giữa, từng được hợp nhất từ 3 ngôi chùa xưa gồm chùa Di Đà, chùa Trung Đồng và chùa Trần Xá. Diện mạo kiến trúc sau này của chùa là kết quả lần xây dựng lại vào năm Canh Tý (1900) và lần sửa chữa năm Canh Ngọ (1990).
Câu chuyện vì sao gọi là chùa Mục Đồng không thấy ghi trong văn bản từ xưa truyền lại. Nhưng xuất xứ đó lại được người làng truyền miệng qua nhiều thế hệ. Theo ông Vũ Quang Liễn người làng Tri Chỉ, xã Tri Trung, đã nhiều năm tìm hiểu, lưu giữ các tài liệu về di tích và tập quán của quê hương, thì hồi nhỏ, ông được nghe các cụ cao niên trong làng kể lại rằng: Xưa do nằm trong vùng chiêm trũng, làng Tri Chỉ thường xuyên bị lũ lụt. Mỗi mùa nước, đồng ruộng ngập trắng, chỉ còn thấy đê sông Nhuệ mỏng manh và làng Tri Chỉ như hòn đảo nhỏ giữa biển nước. Người làng bảo nhau đắp những gò đất cao làm nơi thờ Phật và sơ tán người, tài sản mỗi khi mưa gió, lụt lội. Người ta đắp được ba cái gò lớn, gọi là “các” ở đầu làng, giữa và cuối làng. Ngoài ra còn có một gò cao nữa để phòng khi có người làng qua đời vào mùa lũ lụt thì đưa lên đó an táng.
Trong cuốn “Nghi lễ Phật giáo liên quan đến vòng đời người” (Qua khảo sát tại chùa Tri Chỉ) (NXB Hội Nhà văn, 2019), câu chuyện dân gian được thuật lại: “Trong ba các kể trên, các giữa làng là rộng nhất. Phần lớn gia súc trong làng được chăn thả tại đây, nhất là vào mùa nước ngập. Mục đồng (trẻ chăn trâu) đã bày trò đắp đất làm bệ thờ, nặn tượng Phật để cúng lễ”.
Các tác giả cuốn sách cho biết, trò chơi con trẻ hồn nhiên ấy sau lại dần trở thành lệ và còn được tổ chức đóng góp để mua hương, đóng oản... cúng Phật. Tất nhiên, bệ thờ, tượng Phật ấy, vốn là do đám “trẻ trâu” lấy đất đắp nên. Cái lệ tự phát ấy, và có lẽ xuất phát từ cả góc nhìn nghiêm khắc của các bậc phụ huynh, nhiều gia đình đã cảm thấy phiền phức. Bước đầu, các nhà ngăn cấm không cho con cháu cúng lễ, quyên góp nữa.
Nhưng rồi không hiểu do ngẫu nhiên hay các lý do khách quan nào mà làng Tri Chỉ xảy ra nhiều chuyện bất ổn, nhiều người lo lắng. Các cụ trong làng đã họp và thống nhất rằng: đây là nơi đất linh, phải được thờ cúng chu đáo. Mọi người đã cùng nhau xây trên các một ngôi chùa nhỏ, gọi là Trung Đồng tự. Sau đó, làng xóm lại trở nên yên vui, người dân làm ăn phát đạt. Và cái tên Mục Đồng tự thì vẫn cứ tồn tại trong lời ăn tiếng nói của người dân.
2/ Hiện chưa biết chính xác thời điểm xây dựng chùa Mục Đồng. Nhưng một ngôi chùa khác trong làng là chùa Trần Xá do ông Trần Hữu Đồng người làng xây dựng thì được xác định là năm Cảnh Hưng thứ 26 (1765). Ban đầu mới chỉ là nhà thờ họ trên mộ tổ ở các cuối làng (còn gọi là làng Hạ), sau này gia đình ông mua tượng Phật về thờ nên gọi là Trần Xá tự. Sau thời gian họ Trần được giao quản lý, đến năm 1794, dòng họ hiến chùa Trần Xá cho làng.
Nhà nghiên cứu Vũ Quang Dũng cho biết, cùng với đó, ở khu vực đầu làng Tri Chỉ (làng Thượng), cũng có một ngôi chùa do người dân xây nên, gọi là Di Đà tự. Theo đó, tính đến năm 1794, làng Tri Chỉ có ba ngôi chùa: Hai giáp Thượng Lương, Thượng Nguyễn quản lý và thờ Phật ở chùa Di Đà. Hai giáp Tây Thọ và Tây Phú (Tây Phó) quản lý và thờ Phật ở chùa Trung Đồng. Hai giáp Đông Hòa và Đông Thuận quản lý và thờ Phật ở chùa Trần Xá.
Cho đến năm Thành Thái thứ 3 (1891), với hơn trăm năm tồn tại, cả ba ngôi chùa đã dột nát, hư hỏng nhiều. Không thể đủ điều kiện, công sức tu bổ tất cả nên người dân cả 6 giáp của Tri Chỉ đã nhất trí “hợp nhất” để xây dựng một ngôi chùa khang trang và đồ sộ hơn. Ngôi chùa “mới” được xây trên chính nền của chùa Trung Đồng cũ ở các giữa làng, nơi có thế đất “thất mã đồng quần”. Chùa mang tên Trung Đồng, quay về hướng phía tây, nơi có xứ Tây Trúc - đất Phật.
Dân làng Tri Chỉ đã chuẩn bị các điều kiện vật chất trong nhiều năm, và đến năm 1900 khởi công. Việc xây dựng chùa đến năm 1923 mới hoàn tất. Với nhiều giá trị đặc sắc, năm 2001, chùa được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch công nhận di tích lịch sử - văn hóa.
Nhiều người làng còn kể câu chuyện cảm động trong kháng chiến chống Pháp khi quân địch đóng bốt tại đây. Ngày 4/5/1953, quân ta tiến công tiêu diệt bốt, bọn chúng trốn xuống gầm tượng Phật. Sư ông Mùi trụ trì chùa dẫn đường cho bộ đội ta lùng bắt địch. Nhưng vẫn còn sót nên hôm sau, địch đã bắt sư ông, đánh đập, tra tấn cho đến chết.
