Theo số liệu của Tổng cục Thuế, năm 2018, cơ quan thuế đã tiến hành thanh tra, kiểm tra 593 DN có hoạt động giao dịch liên kết; truy thu, truy hoàn và phạt gần 1.638 tỷ đồng; giảm lỗ 4.808 tỷ đồng; điều chỉnh tăng thu nhập (TN) chịu thuế gần 7.292 tỷ đồng. Năm 2019 thực hiện thanh tra, kiểm tra được 579 DN có hoạt động giao dịch liên kết; truy thu, truy hoàn và phạt 1.164 tỷ đồng; giảm lỗ 5.854 tỷ đồng; giảm khấu trừ 21,5 tỷ đồng và điều chỉnh tăng TN chịu thuế 5.918 tỷ đồng.
Về cách xác định chi phí để tính thuế trong một số trường hợp cụ thể đối với DN có giao dịch liên kết đặc thù thì các quy định tại NĐ 20 nêu rõ, tổng chi phí lãi vay phát sinh trong kỳ của người nộp thuế (NNT) được trừ khi xác định TN chịu thuế TNDN không vượt quá 20% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng với chi phí lãi vay, chi phí khấu hao trong kỳ của NNT (EBITDA). Đây chính là “nguồn cơn” khiến rất nhiều DN có giao dịch liên kết phản ứng vì cho rằng không phù hợp thực tế khiến DN bị tính “thuế chồng thuế”. Vì vậy, các DN bày tỏ mong muốn, Bộ Tài chính nâng mức khống chế trần lãi vay từ 20% lên 30% (mức cao nhất theo khuyến cáo của Tổ chức Hợp tác và phát triển kinh tế - OECD) và cũng phù hợp Việt Nam trong bối cảnh rất nhiều DN thiếu vốn nhưng không thể vay được vốn ngân hàng hoặc phải vay với lãi suất cao hơn nên phải vay qua công ty mẹ, công ty có giao dịch liên kết.
Theo bà Đinh Mai Hạnh, Phó Tổng Giám đốc Tư vấn thuế của Deloitte Vietnam, quy định trần lãi vay được trừ khi xác định thuế TNDN không vượt quá 20% của EBITDA được xem là một trong những giải pháp hạn chế tình trạng lạm dụng vốn mỏng (vốn vay vượt quá nhiều lần so vốn chủ sở hữu) và tài trợ vốn/tài trợ tài chính nội bộ giữa các thành viên trong tập đoàn đa quốc gia với mục đích tránh thuế. Tuy nhiên, quy định này khiến nhiều DN trong nước gặp không ít khó khăn, đặc biệt là các DN hoạt động theo mô hình đặc thù như tập đoàn kinh tế (TĐKT) hoạt động theo mô hình công ty mẹ - con, hoặc DN hoạt động trong các lĩnh vực đòi hỏi vốn lớn như bất động sản (BĐS).
Bà Đinh Mai Hạnh phân tích, để thực hiện dự án đầu tư cần vốn lớn, các công ty thành viên của TĐKT thường không đủ năng lực vay vốn từ các ngân hàng thương mại. Do đó, công ty mẹ phải huy động vốn để chuyển cho các công ty con, công ty thành viên với mức lãi suất ưu đãi hơn. Vì vậy, việc khống chế tổng chi phí lãi vay tạo rào cản trong việc cho vay nội bộ trong TĐKT và cơ hội đầu tư dài hạn vào các ngành nghề cần vốn lớn, làm phát sinh thêm chi phí do phải nộp thuế trùng đối với một giao dịch kinh doanh.
Về vấn đề này, Phó Tổng cục trưởng Thuế Đặng Ngọc Minh cho biết, trong tổng số gần 4.000 DN có phát sinh giao dịch liên kết phát sinh khoản chi phí lãi vay, có hơn 700 DN có tỷ lệ chi phí lãi vay/EBITDA vượt ngưỡng 20% (hơn 450 DN có vốn đầu tư nước ngoài và hơn 250 DN trong nước). Khoản chi phí lãi vay bị loại khỏi chi phí tính thuế TNDN của số DN này khoảng 18.000 tỷ đồng/năm. Trong số đó, khoản chi phí lãi vay của các DN trong nước được loại trừ ở mức hơn 10.000 tỷ đồng/năm. Các DN này có tỷ lệ chi phí lãi vay vượt 20% đều có quy mô khoản vay lớn, thuộc các lĩnh vực công nghiệp chế biến, chế tạo; hoạt động kinh doanh BĐS, xây dựng, sản xuất và phân phối điện… có hoạt động liên doanh liên kết khá cao.
Để giải quyết khó khăn cho DN, Chính phủ đã yêu cầu Bộ Tài chính phải sửa đổi NĐ 20 theo hướng nâng trần chi phí lãi vay từ 20% lên 30%. Tuy nhiên, Bộ Tài chính đã quyết định sửa đổi toàn diện NĐ 20 với mục tiêu không chỉ tháo gỡ khó khăn cho DN mà còn “gia cố” thêm các quy định nhằm chống chuyển giá.
Theo Dự thảo NĐ quy định về quản lý thuế đối với DN có giao dịch liên kết đang được Bộ Tài chính xây dựng thì tổng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ của NNT được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN không vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh trong kỳ cộng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ cộng chi phí khấu hao phát sinh trong kỳ của NNT.
Cũng theo Dự thảo NĐ này, phần chi phí lãi vay không được trừ kể trên được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo khi xác định tổng chi phí lãi vay được trừ trong trường hợp tổng chi phí lãi vay phát sinh được trừ của kỳ tính thuế tiếp theo thấp hơn mức quy định kể trên (30% EBITDA). Thời gian chuyển chi phí lãi vay tính liên tục không quá 5 năm kể từ năm tiếp sau năm phát sinh chi phí lãi vay không được trừ.
Để tránh tình trạng DN lợi dụng giao dịch liên kết để trốn thuế, né thuế, ông Đặng Ngọc Minh cho biết, Bộ Tài chính sẽ quy định cụ thể các giao dịch liên kết phát sinh trong hoạt động sản xuất, kinh doanh của NNT có quan hệ giao dịch liên kết bao gồm mua, bán, trao đổi, thuê, cho thuê, mượn, cho mượn, chuyển giao, chuyển nhượng máy móc, thiết bị, hàng hóa, cung cấp dịch vụ; vay, cho vay, dịch vụ tài chính, bảo đảm tài chính và các công cụ tài chính khác; mua bán, trao đổi, thuê, cho thuê, mượn, cho mượn, chuyển giao, chuyển nhượng tài sản hữu hình, tài sản vô hình và thỏa thuận mua, bán, sử dụng chung nguồn lực như tài chính, vốn, lao động, chia sẻ chi phí giữa các bên liên kết.