Nhà vua cũng dành nhiều diện tích khắc các bức tranh khác dành cho các loại tàu, thuyền đi sông, đi biển, đi chiến đấu như Đa Tác Thuyền (Cao Đỉnh), Lâu Thuyền (Nhân Đỉnh), Mông Đồng Thuyền (chiến thuyền trên Chương Đỉnh), Hải Đạo (thuyền ra biển cả trên Nghị Đỉnh), Đĩnh (thuyền đua trên Thuần Đỉnh), Lê Thuyền (trên Tuyên Đỉnh), Ô Thuyền (trên Dụ Đỉnh).
Ngày nay, khách du lịch đi đò về Thuận An, khi đi ngang qua làng Thanh Phước (Hương Phong, Hương Trà) vẫn còn thấy di tích Hòn Mô, đó là nơi Thủy quân hoàng gia tập bắn từ thời các chúa Nguyễn cho đến thời các vua Nguyễn. Về Thuận An, khách cũng còn thấy di tích thành Trấn Hải (Nay thuộc Đồn Biên phòng 220 Thuận An) (thành có trách nhiệm giữ sự bình yên cho vùng biển). Riêng ở các cửa sông ra biển đều đặt cơ quan kiểm soát tàu thuyền chặt chẽ, Đại Nam Nhất Thống Chí gọi là Cửa tấn. Từ Thuận An vào đến Hải Vân có các Cửa tấn Thuận An, Tư Hiền, Cảnh Dương, Châu Mãi (cảng Chân Mây ngày nay).
Việc gìn giữ bảo vệ biển đảo của Tổ quốc diễn ra ngay dưới thời Nguyễn Hoàng (Chúa Tiên). Năm 1585, bọn cướp biển Hiển Quý đi năm chiếc thuyền lớn, đến đậu ở Cửa Việt (Quảng Trị) để cướp bóc ven biển. Chúa Tiên sai Hoàng tử thứ sáu là Nguyễn Phúc Nguyên chỉ huy mười chiếc thuyền con thẳng đến Cửa Việt đánh tan hai chiếc. Bọn Hiển Quý sợ hãi tháo chạy. Từ đó giặc biển im hơi (Quốc Sử Quán Triều Nguyễn, Đại Nam Thực Lục, Tập Một, Nxb Giáo dục, 2002). Công cuộc chiến đấu chống tàu thuyền nước ngoài xâm lấn, cướp bóc ven biển xứ Đàng Trong từ thời các chúa Nguyễn đến thời các vua Nguyễn sử sách ghi lại khá nhiều. Nhưng có lẽ trận Dũng Lễ hầu Nguyễn Phúc Tần đánh phá giặc Ô Lan (tức Hà Lan bây giờ) diễn ra vào năm 1644 tại Cửa Eo (cửa Thuận An ngày nay) vang dội thế giới nhất. Sự kiện ấy được Phủ Biên Tạp Lục của Lê Quý Đôn, Đại Nam Thực Lục của Quốc Sử Quán Triều Nguyễn chép đầy đủ mà tài liệu nước ngoài ghi lại sau trận đánh ấy cũng nhiều.
Đại Nam Thực Lục viết: “Bấy giờ giặc Ô Lan đậu thuyền ngoài biển cướp bóc lái buôn. Quan quân biển báo tin. Chúa Thượng đang bàn kế đánh dẹp. Thế tử Nguyễn Phúc Tần mật báo với Chưởng cơ Tôn Thất Trung ước đưa thủy quân ra đánh, Trung lấy cớ chưa bẩm mệnh nên ngần ngừ chưa quyết. Thế tử đốc xuất chiến thuyền của mình tiến thẳng ra, Trung bất đắc dĩ cũng đốc xuất binh thuyền theo đi. Đến cửa biển thì binh thuyền của Thế tử đã ra ngoài khơi. Trung lấy cờ vẫy lại nhưng Thế tử không quay lại. Trung bèn giục binh thuyền tiến theo. Chiếc thuyền trước sau lướt nhanh như bay. Giặc trông thấy cả sợ, nhắm thẳng phía đông mà chạy, bỏ rơi lại một chiếc thuyền lớn. Thế tử đốc quân vây bắn. Tướng giặc thế cùng phóng lửa tự đốt chết. Thế tử bèn thu quân về.
Chúa mới nghe tin Thế tử đi có một mình cả sợ, bèn đốc xuất đại binh tiếp ứng. Vừa tới cửa biển, xa trông khói đen bốc mù trời kíp ra lệnh cho các quan trên tiến lên. Tới khi được tin thắng trận Chúa mừng lắm, kéo quân về hải đình để chờ. Thế tử đến bái yết, Chúa giận trách rằng: “Con làm Thế tử sao con không giữ mình?” Lại thiết trách Trung về tội không bẩm mệnh. Trung cúi đầu tạ tội hồi lâu; rồi nhân khen ngợi oai phong anh dũng của Thế tử không ai kịp được. Chúa cười nói rằng: “Trước kia tiên quân ta [tức chúa Tiên] đã từng đánh phá giặc biển, nay con ta cũng lại như thế ta không lo gì nữa. Bèn trọng thưởng cho, rồi khiến xa giá về cung” (QSQ Triều Nguyễn, Đại Nam Thực Lục, Tập Một, Nxb Giáo dục,2002) [lúc ấy ở Kim Long].
Theo Lam Giang (Sử Địa số 29, SG 1975, tr.48) có trích một đoạn nhật ký của Jean Gobyn - một thủy thủ người Hà Lan có tham gia và chết hụt trong trận này cho biết: “Ngay từ đầu chiếc tàu chỉ huy đã bị trúng đạn, bốc cháy, chiếc thứ hai bỏ chạy va phải đá ngầm chìm nốt, chiếc còn lại chạy thoát về đảo Perles(?)”.
Tiếng vang của trận đánh giặc Hà Lan còn vọng mãi đến mấy chục năm sau. Trong hồi ký của linh mục Vachet - người đến Đàng Trong 30 năm sau đó, có đoạn viết: “Các tàu Hà Lan bị tiến công bởi 30 hoặc 60 tàu Đàng Trong ở cửa Song Giang (Sông Hương?) dưới sự chỉ huy của Thái tử Đàng Trong. Vì không có gió, Hà Lan gặp bất hạnh, tàu lớn nhất cháy, nổ tung, chiếc thứ hai tự vỡ vì va vào đá. Chỉ có chiếc nhỏ nhất là chạy thoát”. (G.Taboulet, La Geste Ffrancais en Indochine, Tome I, Paris 1955).
Những sự kiện trên đây diễn ra trong vùng biển thuộc Thủ phủ Kim Long, Phú Xuân. Công cuộc bảo vệ biển đảo của Tổ quốc, các chúa Nguyễn có một lực lượng thủy quân bố trí rộng khắp. Tất cả những nơi sông chảy ra biển khắp xứ Đàng Trong đều có các “cửa tấn”, những nơi hiểm yếu còn đặt một lực lượng quân đội chính quy có đủ sức gìn giữ an ninh cho vùng biển thuộc từng địa phương. Từ thời chúa Nguyễn Phúc Lan (1635- 1648), sau đó vào thời Nguyễn Phúc Tần (1648-1687), các chúa còn lập một lực lượng khá đặc biệt có tên là đội Hoàng Sa, đội Bắc Hải làm nhiệm vụ khai thác và kiểm soát các quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa. Đội Hoàng Sa được biên chế và tổ chức như một thủy đội biệt lập, kiêm quản luôn đội Bắc Hải hoạt động ở vùng đảo Trường Sa.
Năm 1754, dưới thời chúa Võ Vương (Nguyễn Phúc Khoát/ Hoạt), Đại Nam Thực Lục cho biết:
“Ở ngoài biển, về xã An Vĩnh, huyện Bình Sơn tỉnh Quảng Ngãi, có hơn 300 bãi cát (tức đảo nhỏ), cách nhau hoặc đi một ngày đường, hoặc vài trống canh, kéo dài không biết mấy nghìn dặm, tục là “Vạn Lý Trường Sa”, trên bãi (đảo) có giếng nước ngọt. Sản vật có hải sâm, đồi mồi, ốc hoa, vích, ba ba, v.v. Buổi quốc sơ đặt đội Hoàng Sa 70 người, lấy dân xã An Vĩnh sung vào, hằng năm, đến tháng 3, thì đi thuyền ra, độ ba đêm ngày thì đến bãi (đảo), tìm lượm hóa vật, đến tháng 8 thì về nộp. Lại có đội Bắc Hải, mộ người ở thôn Tứ Chánh thuộc Bình Thuận hoặc xã Cảnh Dương sung vào, sai đi thuyền nhỏ đến các xứ Bắc Hải, Côn Lôn để tìm lượm hóa vật, đội nầy cũng do đội Hoàng Sa kiêm quản”. (QSQ Triều Nguyễn, Sđd).
Về nhiệm vụ của đội Hoàng Sa được Phủ Biên Tạp Lục của Lê Quý Đôn soạn từ năm 1776, ghi chi tiết hơn:
Dịch nghĩa: “Trước họ Nguyễn đặt đội Hoàng Sa 70 suất, lấy người xã An Vĩnh sung vào, cắt phiên mỗi năm cứ tháng 2 nhận giấy sai đi, mang lương đủ ăn sáu tháng, đi bằng năm chiếc thuyền nhỏ, ra biển ba ngày ba đêm thì đến đảo ấy. Lấy được hóa vật của tàu, như là gươm ngựa, hoa bạc, tiền bạc, hòn bạc, đồ đồng, khối thiết, khối chì, súng, ngà voi, sáp ong, đồ sứ, đồ chiêm, cùng là kiếm lượm vỏ đồi mồi, vỏ hải ba, hải sâm, hột ốc vân rất nhiều. Đến kỳ tháng 8 thì về, vào cửa Eo (Thuận An), đến thành Phú Xuân để nộp, cân và định hạng xong, mới cho đem bán riêng các thứ ốc vân, hải ba, hải sâm, rồi lĩnh bằng trở về”. (Lê Quý Đôn, Phủ Biên Tạp Lục, Nxb KHXH, HN 1977).
* Qua vài sự kiện lịch sử nêu trên cho ta thấy vai trò của biển đảo hết sức quan trọng đối với đất nước thời các chúa Nguyễn. Do đó, các chúa đã xây dựng một lực lượng thủy binh đủ mạnh để giữ gìn và bảo vệ vùng đất vùng biển đảo của Đàng Trong. Trên nền tảng đó, sau khi thống nhất đất nước (1802), nhà Nguyễn có cơ sở để tiến hành đo đạc, kiểm soát và chính thức xác lập chủ quyền biển đảo Việt Nam. Nhờ đó mà ngày nay chúng ta có đầy đủ tư liệu lịch sử khẳng định chủ quyền của nước ta đối với quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa và các đảo khác ở phía Nam.