Kể từ ngày 1/7/2025, khi Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 48 chính thức có hiệu lực, nhiều doanh nghiệp trong ngành thủy sản bắt đầu cảm nhận rõ “sức ép dòng tiền” chưa từng có.
Ứng trước hàng chục tỷ đồng thuế GTGT
Theo ông Nguyễn Hoài Nam, Tổng Thư ký Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP), cùng là sản phẩm thủy sản nuôi trồng hoặc đánh bắt chưa qua chế biến sâu, hiện doanh nghiệp lại phải áp dụng hai mức thuế khác nhau. Cụ thể, khoản 1, Điều 5 quy định nhóm hàng này thuộc diện không chịu thuế GTGT, trong khi điểm d, khoản 2, Điều 9 lại nêu thuế suất 5%. Sự chồng chéo giữa hai quy định này khiến doanh nghiệp xuất khẩu buộc phải tạm nộp thuế trước rồi chờ hoàn sau, trong khi thủ tục hoàn thuế phức tạp, điều kiện chặt chẽ, gây áp lực lớn cho cả doanh nghiệp lẫn cơ quan thuế.
Không chỉ bất cập về quy định, các doanh nghiệp thủy sản còn gặp khó khăn về dòng vốn lưu động. Phần lớn doanh nghiệp hiện mua nguyên liệu qua các vựa hoặc thương lái và phải chịu thuế GTGT 5%, song khoản thuế này không được ngân hàng chấp nhận khi giải ngân vốn vay lưu động. Trong khi đó, thời gian hoàn thuế kéo dài, thậm chí lên tới vài tháng cũng khiến dòng tiền của doanh nghiệp bị đình trệ, làm giảm đáng kể hiệu quả kinh doanh.
Tình trạng tương tự cũng đang xảy ra trong ngành chăn nuôi. Bà Đỗ Kim Chi, đại diện Hiệp hội Thức ăn chăn nuôi Việt Nam phản ánh tình trạng một số địa phương vẫn áp thuế suất 5% đối với nguyên liệu dùng để sản xuất thức ăn chăn nuôi, dù Luật Thuế GTGT đã quy định rõ đây là đối tượng không chịu thuế. Việc áp sai thuế suất khiến chi phí sản xuất tăng, đẩy giá thành sản phẩm nội địa cao hơn so với hàng nhập khẩu, ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi - nhóm chịu thiệt hại lớn nhất khi chi phí thức ăn chiếm tới 70% giá thành sản phẩm chăn nuôi.
Trước thực tế đó, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ, kiến nghị tháo gỡ những vướng mắc trong quá trình triển khai Luật Thuế GTGT, đặc biệt đối với các doanh nghiệp nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản là những ngành giữ vai trò then chốt của nền kinh tế.
Cụ thể, theo quy định, các sản phẩm “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” bị áp thuế suất 5%. Tuy nhiên, trên thực tế, các sản phẩm nông nghiệp như cà-phê, tiêu, điều, tôm, cá, gỗ nguyên liệu… chủ yếu chỉ trải qua các công đoạn sơ chế như bóc vỏ, phơi, xát, sấy… không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất.
Việc áp thuế GTGT 5% cho nhóm hàng hóa nêu trên là chưa phù hợp với bản chất của thuế GTGT, vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất, kinh doanh. Đặc biệt, cơ chế “thu trước - hoàn sau” đang khiến các doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn rất lớn cho nghĩa vụ thuế, trong khi lợi nhuận biên ở các ngành hàng này rất thấp, chỉ từ 1-3%.
Thí dụ, ngành cà-phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, trong khi ngành hồ tiêu phải ứng trước tới 85 triệu USD, gây áp lực tài chính nghiêm trọng lên doanh nghiệp. Điều này làm tăng giá thành xuất khẩu, khiến hàng Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với các quốc gia như Brazil, Indonesia, Ấn Độ, nơi hàng nông sản thô được miễn hoặc áp thuế 0%.
Trong khi đó, Luật Thuế GTGT quy định thức ăn chăn nuôi là đối tượng không chịu thuế. Tuy nhiên, nhiều cơ quan thuế địa phương vẫn áp thuế 5% đối với nguyên liệu thức ăn chăn nuôi như ngô, cám gạo, bã bia, bột cá... khi bán ở khâu thương mại. Cách hiểu này chưa đồng bộ với Luật Chăn nuôi và Thông tư 21/2019/TT-BNNPTNT, làm tăng chi phí sản xuất thức ăn chăn nuôi trong nước, tạo bất lợi cạnh tranh so với hàng nhập khẩu (không chịu thuế GTGT), đồng thời làm giảm tiêu thụ nguyên liệu nông sản nội địa.
Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp phản ánh việc hoàn thuế bị kéo dài nhiều tháng, thậm chí bị từ chối vì lý do nằm ngoài khả năng kiểm soát của họ. Đặc biệt, quy định mới tại Luật Thuế GTGT yêu cầu bên bán phải “kê khai và nộp thuế” thì doanh nghiệp mới được hoàn thuế.
"Quy định này là bất hợp lý vì chuyển giao trách nhiệm của bên bán sang bên mua, người đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế. Trách nhiệm xác minh, kiểm tra thuộc về cơ quan thuế, không thể bắt doanh nghiệp “ngay tình” phải gánh rủi ro về việc vi phạm nghĩa vụ thuế của bên bán", VCCI nêu rõ.
Cần áp dụng cơ chế khoan hồng
Để kịp thời tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc, VCCI đề xuất Thủ tướng Chính phủ cần khẩn trương rà soát, sửa đổi các quy định liên quan đến phạm vi chịu thuế GTGT đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường.
VCCI đề nghị xem xét khôi phục (hoặc khôi phục có thời hạn) quy định “không phải kê khai, tính thuế” đối với các sản phẩm nông nghiệp sơ chế như đã từng được áp dụng tại Nghị định 209/2013 của Chính phủ. Ngoài ra, VCCI kiến nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính xây dựng cơ chế hoàn thuế tự động đối với các hồ sơ hợp lệ, không có dấu hiệu gian lận, tương tự như mô hình đã được triển khai tại một số quốc gia như Ấn Độ.
Mặt khác, cần phát triển hệ thống dữ liệu điện tử liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp để hỗ trợ quá trình xác thực, đối chiếu nhanh chóng và chính xác. Việc số hóa quy trình hoàn thuế không chỉ giúp tiết kiệm thời gian, chi phí cho doanh nghiệp mà còn hỗ trợ cơ quan quản lý tăng hiệu quả giám sát, giảm áp lực nhân lực và phòng chống gian lận thuế hiệu quả hơn.
Đặc biệt, cần điều chỉnh quy định liên quan đến điều kiện hoàn thuế theo hướng loại bỏ yêu cầu doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi nhà cung cấp đã kê khai, nộp thuế. Đây là một điều kiện không hợp lý, dẫn đến tình trạng doanh nghiệp bị từ chối hoàn thuế do lỗi của bên thứ ba, mặc dù đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thanh toán, lưu trữ chứng từ và kê khai hợp lệ.
Cuối cùng, cần rà soát lại toàn bộ hệ thống xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế theo hướng phân loại mức độ vi phạm và áp dụng hình thức xử lý hợp lý, nhân văn, đặc biệt với doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ, hộ kinh doanh mới chuyển đổi. Trong đó, mức xử phạt hiện nay từ 5 đến 8 triệu đồng cho các sai sót mang tính kỹ thuật, hành chính như chậm kê khai, sai mã hợp đồng là quá cao và tạo áp lực không đáng có.
"Cần áp dụng cơ chế khoan hồng đối với vi phạm lần đầu, miễn phạt đối với sai sót nhỏ dưới ngưỡng 50.000 đồng nhằm khuyến khích tinh thần tuân thủ tự nguyện, thay vì gây tâm lý e ngại cho người nộp thuế".
Trước tình hình cấp bách, đặc biệt khi lĩnh vực nông nghiệp vừa bị ảnh hưởng nặng nề bởi các cơn bão số 10, 11, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi ba quy định trọng yếu của Luật GTGT để tháo gỡ điểm nghẽn, tạo động lực phát triển cho doanh nghiệp.
Một là, cho phép doanh nghiệp, hợp tác xã mua nông sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp khác thì không phải kê khai, nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào. Quy định này sẽ xóa bỏ vòng “thu - hoàn thuế”, giải phóng ngay hàng nghìn tỷ đồng vốn đọng.
Hai là, bỏ quy định áp thuế GTGT với nông, thủy sản sơ chế dùng làm thức ăn chăn nuôi hoặc dược liệu, qua đó giảm chi phí đầu vào và tăng sức cạnh tranh cho ngành chăn nuôi.
Ba là, bỏ yêu cầu người bán phải kê khai, nộp thuế GTGT thì người mua mới được hoàn thuế. Sửa đổi này giúp doanh nghiệp xuất khẩu giảm rủi ro pháp lý, được hoàn thuế kịp thời và thuận lợi hơn trong dòng tiền.
Dự kiến, nội dung này sẽ được Quốc hội xem xét, thông qua ngay tại Kỳ họp thứ 10, khóa XV, mở đường cho việc khơi thông dòng vốn và thúc đẩy sản xuất, xuất khẩu trong năm 2026.
Ông Nguyễn Hoài Nam, Tổng Thư ký Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP): “Các thị trường xuất khẩu lớn như châu Âu, Mỹ hay Nhật Bản đều có thời gian thanh toán dài, việc bị “kẹt” khoản 5% thuế GTGT chưa được hoàn càng khiến doanh nghiệp thiếu vốn sản xuất, chậm giao hàng và giảm sức cạnh tranh của sản phẩm Việt Nam trên thị trường quốc tế”.
