Giếng Ngọc ẩn mình phía sau chùa Côn Sơn, trên sườn núi Kỳ Lân. Theo Phó Trưởng ban quản lý Khu di tích Côn Sơn-Kiếp Bạc Lê Duy Mạnh, giếng được hình thành từ thời Trần, gắn với thiền sư Huyền Quang, vị Tổ thứ ba của thiền phái Trúc Lâm. Tương truyền khi xây dựng xong chùa Côn Sơn (đầu thế kỷ 13), sư Huyền Quang vẫn trăn trở vì chùa thiếu nguồn nước thanh tịnh dành cho việc cúng lễ và “mộc dục tượng pháp”. Một đêm rằm tháng 7, Huyền Quang mơ thấy một vị tiên ông râu tóc bạc phơ, tay chống gậy trúc, tự xưng là long thần của vùng đất dẫn đến vị trí có “viên ngọc sáng”, thực chất là mạch nước ngầm tinh khiết. Sau khi phát hiện nguồn nước này, nhà sư mừng rỡ cho khơi sâu, lát đá và đặt tên là giếng Ngọc.
Giếng Ngọc nằm kế bên lầu Quán Thế Âm còn mang ý nghĩa phong thủy sâu sắc. Theo quan niệm dân gian, đây là “huyệt mạch” của toàn bộ khu di tích Côn Sơn, nơi hội tụ nguồn nước từ núi Kỳ Lân, biểu tượng của linh khí đất trời.
Giếng Ngọc, cùng với suối Côn Sơn nằm ngay gần đó cũng là nguồn nước mát lành nuôi dưỡng nhiều anh hùng hào kiệt, các bậc danh nhân, tiêu biểu cho tâm hồn, khí phách, tinh hoa văn hóa Việt Nam ở nhiều giai đoạn lịch sử. Đây cũng là nơi dừng chân của tao nhân mặc khách, các bậc tu tập trong hành trình khám phá thiền phái Trúc Lâm, gắn liền với các nhân vật kiệt xuất, tiêu biểu cho tâm hồn và khí phách dân tộc Việt Nam như: Pháp Loa thiền sư (vị Tổ thứ hai của thiền phái Trúc Lâm), Đệ tam tổ Trúc Lâm Huyền Quang Tôn giả, Nguyễn Trãi, Trần Nguyên Đán và các nhà sư thuộc thiền phái Trúc Lâm. Trong tổng thể đó, chùa Côn Sơn-trung tâm của thiền phái Trúc Lâm thời Trần-đã phát triển mạnh mẽ, trở thành điểm hội tụ tinh thần của Phật giáo Việt Nam.
Trải qua hơn 700 năm, giếng Ngọc chưa từng cạn nước, dù nằm ở độ cao gần 200 m so với mực nước biển. Dòng nước trong vắt, mát lành và có vị ngọt đặc trưng, được nhiều nhà nghiên cứu đánh giá là nguồn nước tự nhiên có chất lượng cao. Trong đời sống tôn giáo, nước giếng được sử dụng cho các nghi lễ quan trọng của chùa như “Mộc dục”, “Sái tịnh”...
Hàng trăm năm qua, trong hành trình du ngoạn Côn Sơn, tiến lên Bàn cờ tiên trên đỉnh núi Kỳ Lân, du khách luôn dừng chân ở giếng Ngọc. Khách tự tay buông dây, kéo lên gầu nước trong veo rửa mặt hay nhấp một ngụm nước mát lành.
Có thời điểm, do nhận thức chưa đầy đủ về bảo tồn di sản, một số công trình trong khu vực bị xuống cấp hoặc tác động tiêu cực. Tuy nhiên, từ những năm 1990, cùng với chủ trương bảo tồn và phát huy giá trị di tích quốc gia, giếng Ngọc đã được tôn tạo, kè đá chắc chắn, tạo cảnh quan sạch đẹp. Giếng Ngọc từ đó tiếp tục phát huy vai trò là một “chứng nhân lịch sử”, gắn kết quá khứ với hiện tại, truyền thống với đời sống đương đại.