Ban Chỉ đạo do Bộ trưởng Trần Hồng Minh làm Trưởng ban. Các Phó Trưởng ban gồm bốn Thứ trưởng: ông Nguyễn Danh Huy (Phó Trưởng ban Thường trực), ông Nguyễn Văn Sinh, ông Bùi Xuân Dũng và ông Phạm Minh Hà. Thành viên Ban Chỉ đạo là lãnh đạo các vụ, cục liên quan thuộc Bộ Xây dựng và Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, tổ chức thực hiện các định hướng, giải pháp nhằm tháo gỡ khó khăn, đẩy nhanh tiến độ và bảo đảm chất lượng các dự án đường sắt quốc gia do Bộ Xây dựng tham gia triển khai. Đồng thời, Ban cũng có vai trò tham mưu, kiểm tra, đôn đốc các tổ chức, cá nhân liên quan trong việc thực hiện các nhiệm vụ đã được phê duyệt.
Cùng với việc thành lập Ban Chỉ đạo, Bộ Xây dựng cũng thành lập bốn tổ giúp việc chuyên trách:
Tổ Thường trực đặt tại Cục Kinh tế-Quản lý đầu tư xây dựng, do Thứ trưởng Nguyễn Danh Huy làm Tổ trưởng, có nhiệm vụ tổ chức hoạt động chung của Ban Chỉ đạo, xây dựng kế hoạch và tổng hợp báo cáo.
Tổ Chuyên gia đặt tại Cục Đường sắt Việt Nam, do Thứ trưởng Phạm Minh Hà làm Tổ trưởng, gồm các nhóm chuyên ngành như vận tải, hạ tầng, phương tiện, thông tin-tín hiệu… Tổ có nhiệm vụ tư vấn về kỹ thuật, công nghệ, tiêu chuẩn.
Tổ Phát triển nguồn nhân lực do Thứ trưởng Nguyễn Văn Sinh làm Tổ trưởng, đặt tại Vụ Tổ chức cán bộ. Tổ có trách nhiệm đề xuất giải pháp về đào tạo, phát triển nhân lực phục vụ các dự án.
Tổ Thể chế do Thứ trưởng Bùi Xuân Dũng làm Tổ trưởng, đặt tại Vụ Pháp chế, phụ trách nghiên cứu, tư vấn về chính sách, pháp luật và thể chế triển khai dự án.
Trước mắt, Ban Chỉ đạo sẽ tập trung theo dõi, chỉ đạo hai dự án trọng điểm: dự án đường sắt tốc độ cao trên trục bắc-nam và dự án đường sắt Lào Cai-Hà Nội-Hải Phòng.
Quyết định cũng quy định Trưởng ban có thẩm quyền thay đổi, bổ sung nhân sự Ban Chỉ đạo trong quá trình hoạt động nhằm đáp ứng yêu cầu triển khai các dự án.
