Tuy nhiên ở Việt Nam, truy xuất nguồn gốc nông sản vẫn đang gặp khó ở nhiều khâu, như: Công nghệ ứng dụng truy xuất nguồn gốc; ý thức thực hiện của nông dân, doanh nghiệp; dữ liệu trên tem truy xuất nguồn gốc... Cụ thể, đối với công nghệ truy xuất nguồn gốc, hiện có rất nhiều ứng dụng khiến người sản xuất khó chọn lựa một giải pháp phù hợp. Trong khi đó, các ứng dụng này lại chưa thống nhất theo tiêu chuẩn của Tổ chức Mã số mã vạch quốc tế GS1. Do đó, hệ thống truy xuất nguồn gốc ở Việt Nam thường không có khả năng tham gia vào các hệ thống truy xuất nguồn gốc khác do thường sử dụng các mã phân định có cấu trúc tự đặt, chỉ có giá trị phân định trong phạm vi nội bộ mà không sử dụng hệ thống mã phân định toàn cầu. Mặt khác, do chưa có sự quản lý và điều phối chung về cấu trúc mã phân định cho nên tình trạng trùng mã rất dễ xảy ra giữa các hệ thống truy xuất nguồn gốc khác nhau.
Chất lượng ứng dụng truy xuất nguồn gốc hiện cũng là điều cần bàn. Thực tế, khi quét tem truy xuất nguồn gốc, nhiều ứng dụng chỉ mang đến một số thông tin chung chung theo dạng điện tử hóa tem nhãn, giới thiệu thông tin về sản phẩm chứ không phải lịch sử sản xuất, chế biến, phân phối của sản phẩm đó. Thậm chí, có những trường hợp quét mã truy xuất nguồn gốc đối với nhiều loại nông sản khác nhau mà thông tin về số ngày cách ly về phân bón và thuốc bảo vệ thực vật giống hệt nhau. Điều này cũng làm dấy lên những nghi ngờ về việc tem truy xuất nguồn gốc được gắn thông tin tự động, mang tính đối phó, làm mất niềm tin đối với người tiêu dùng về sản phẩm cũng như đơn vị cung cấp.
Chính vì vậy, các cơ quan chức năng cần sớm hoàn thiện khung chính sách kiểm soát nghiêm việc tuân thủ quy định truy xuất nguồn gốc; nghiên cứu tiêu chuẩn, quy định của các tổ chức quốc tế để xây dựng, hoàn thiện hệ thống tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia và tài liệu hướng dẫn chung về truy xuất nguồn gốc cho các đối tượng tham gia chuỗi cung ứng. Đặc biệt, tăng cường hợp tác với các đối tác nước ngoài, tổ chức mã số mã vạch quốc tế để tiếp nhận, chuyển giao công nghệ, công nhận hệ thống và thừa nhận kết quả truy xuất nguồn gốc lẫn nhau.
Hiện Trung tâm Mã số mã vạch quốc gia đang hoàn thiện hệ thống Cổng thông tin truy xuất nguồn gốc sản phẩm hàng hóa quốc gia, dự kiến sẽ ra mắt vào cuối quý IV/2021; với mục đích nâng cao hiệu quả công tác quản lý, đẩy mạnh hoạt động truy xuất nguồn gốc phục vụ hội nhập quốc tế và bảo đảm chất lượng, tính an toàn của sản phẩm, hàng hóa trong toàn chuỗi cung ứng.
