Đáng chú ý, thời gian xảy ra thời tiết xấu kéo dài nhiều giờ, cũng là thời điểm tại Nội Bài hoạt động bay lên cao điểm, khiến các chuyến bay cả nội địa và quốc tế đình trệ.
Mưa dông cường độ rất mạnh kéo dài nhiều giờ, xảy ra liên tục từ 6 giờ sáng đến 15 giờ ngày 30/9, các bản tin quan trắc ghi nhận tầm nhìn giảm thấp xuống dưới 1km, có lúc tầm nhìn ngang giảm xuống 500-600m. Ngoài ra, hiện tượng gió đứt xuất hiện trên đường cất/hạ cánh cũng được phát hiện từ thiết bị cảnh báo gió đứt.
Tính đến 18 giờ ngày 30/9, tại Cảng Hàng không quốc tế Nội Bài, đã có 53 chuyến bay phải bay chờ và 37 chuyến bay phải chuyển hướng đi sân bay dự bị. Đến cuối ngày, phần lớn các chuyến bay phải chuyến hướng đi sân bay dự bị đã thực hiện kế hoạch bay trở lại và hạ cánh tại Nội Bài an toàn.
Tổng Công ty Quản lý bay Việt Nam đã trực tiếp chỉ đạo các đơn vị trực thuộc triển khai các phương án ứng phó, phối hợp chặt chẽ với cảng vụ hàng không, các cảng hàng không và các hãng hàng không bảo đảm an toàn tuyệt đối cho các chuyến bay và đang nắm bắt diễn biến thời tiết để tiếp tục triển khai các biện pháp giảm thiểu ảnh hưởng của hiện tượng thời tiết cực đoan đến hoạt động hàng không.
Theo phân tích từ các số liệu quan trắc, đợt mưa dông kéo dài trong ngày 30/9 là hiện tượng thời tiết cực đoan, nguy hiểm, với cường độ mạnh, lượng mưa lớn và kéo dài nhất từ đầu năm đến nay, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động bay và an toàn khai thác. Mưa đặc biệt lớn cũng gây ngập úng, ảnh hưởng đến hạ tầng kỹ thuật bảo đảm hoạt động bay của sân bay Nội Bài (một số đường lăn, khu vực sân đỗ và các hệ thống dẫn đường hạ cánh chính xác 11L, 11R và 29L) có hiện tượng ngập nước.