Theo CNN, cơ quan điều tra Mỹ đã buộc tội Khalid Sheikh Mohammed là kẻ chủ mưu đằng sau thảm kịch năm 2001 và xác định y đã “lên ý tưởng cướp máy bay để tiến hành các vụ tấn công khủng bố”. Lực lượng chức năng Mỹ đã bắt được Mohammed vào năm 2003, rồi chuyển đối tượng này tới Cơ quan Tình báo trung ương Mỹ (CIA) để giam giữ và thẩm vấn. Sau đó y cùng 2 đồng phạm là Walid Muhammad Salih Mubarak Bin Attash và Mustafa Ahmed Adam al-Hawsawi, đã bị giam giữ tại căn cứ Hải quân Mỹ ở Vịnh Guantanamo trong nhiều năm cho đến ngày nay.
Theo thỏa thuận nhận tội, 3 kẻ chủ mưu sẽ phải chịu án tù chung thân nhưng tránh được phiên tòa xét xử án tử hình. Tờ The New York Times cho hay, Công tố viên trưởng, thuộc Văn phòng Ủy ban quân sự, ông Aaron đã gửi thư cho gia đình các nạn nhân của vụ khủng bố 11/9 để thông báo về thỏa thuận này. Trong đó, ông viết rằng, 3 kẻ khủng bố sẽ thừa nhận tất cả các tội danh bị cáo buộc, bao gồm cả tội giết 2.976 người được liệt kê trong cáo trạng, để đổi lấy việc xóa bỏ án tử hình. Thỏa thuận nhận tội đạt được sau hơn 16 năm nỗ lực truy tố, đánh dấu một bước tiến quan trọng trong quá trình xét xử vụ án.
Trước đó, nhiều thành viên gia đình nạn nhân của vụ khủng bố đã bày tỏ sự thất vọng khi vụ án vẫn đang trong giai đoạn xét xử sơ thẩm mặc dù đã gần 23 năm sau vụ tấn công. Ông Don Arias, 67 tuổi, là một Trung tá Không quân đã nghỉ hưu, có em trai thiệt mạng tại Trung tâm Thương mại thế giới hôm 11/9/2001. Ông cho biết, gia đình rất đau buồn khi vụ án trải qua thời gian dài như vậy mà vẫn chưa xét xử xong. Ông Arias nhớ lại những ngày tìm kiếm thi thể người em trai, lúc đó mới 37 tuổi và nói: “Chúng tôi đều mong muốn vụ án sớm có hồi kết để công lý được thực thi với những kẻ có tội, chúng đã gây ra bạo lực và thương vong không thể mô tả bằng lời”.
Tính đến nay, đã gần 23 năm kể từ ngày vụ khủng bố diễn ra. Trong chuỗi vụ tấn công nhằm vào nước Mỹ sáng 11/9/2001, 19 tên khủng bố đã chiếm quyền điều khiển 4 máy bay thương mại rồi lao 2 chiếc vào tòa tháp đôi Trung tâm Thương mại thế giới ở New York, một máy bay khác đâm vào trụ sở Bộ Quốc phòng Mỹ tại Washington, trong khi chiếc còn lại rơi xuống một cánh đồng ở Shanksville, bang Pennsylvania. Các vụ tấn công làm gần 3.000 người thiệt mạng.
Ngoài những kẻ trực tiếp thực hiện, Cơ quan Tình báo trung ương Mỹ (CIA) đã xác định với Tổng thống Mỹ lúc đó là ông George W. Bush và các quan chức cấp cao về việc “trùm khủng bố” Osama bin Laden và tổ chức Al-Qaeda là nghi phạm chính của vụ tấn công. Tháng 10/2001, giới chức Mỹ đã phát động chiến dịch quân sự nhằm mục tiêu tiêu diệt Osama bin Laden và nhóm khủng bố ở Afghanistan. Phải mất tới gần 10 năm sau, lực lượng an ninh Mỹ mới tiêu diệt được Osama bin Laden trong khu nhà ở Abbottabad (Pakistan) vào tháng 5/2011. Nhưng ngay sau cái chết của “trùm khủng bố” số 1, thủ lĩnh khác là Ayman al-Zawahiri đã tiếp quản vị trí lãnh đạo Al-Qaeda từ tháng 6/2011. Lại mất thêm hơn 10 năm nữa cho đến khi chiến dịch chống khủng bố của CIA tiêu diệt al-Zawahiri tại Thủ đô Kabul của Afghanistan vào tháng 8/2022.
Trong suốt hơn 20 năm qua, giới chức Mỹ đã vấp phải chỉ trích vì cuộc chiến chống khủng bố kéo dài, cùng với những chiến dịch can thiệp quân sự được cho là bị “sa lầy” ở Afghanistan. Ở trong nước, vụ án điều tra, xét xử 3 tên khủng bố cũng bị trì hoãn, kéo dài suốt 16 năm từ khi chúng chính thức bị truy tố. Lực lượng an ninh Mỹ từng tiết lộ nguyên nhân việc xét xử kéo dài là do liên quan các biện pháp thẩm vấn áp dụng đối với các đối tượng này trong thời gian giam giữ.
