Đến năm 1611, do lũ lụt, chùa được dời, dựng lại trên mảnh đất làng Hành Thiện, xã Xuân Hồng, huyện Xuân Trường, tỉnh Nam Định và được gìn giữ cho đến ngày nay. Mang đậm phong cách kiến trúc thời hậu Lê, di tích quốc gia đặc biệt này có giá trị kiến trúc nghệ thuật và cảnh quan tiêu biểu và hiện còn lưu giữ khá nhiều hiện vật lịch sử quan trọng. Bên cạnh đó, chùa còn là cơ sở hoạt động cách mạng thời kháng chiến chống Pháp. Điều đặc biệt, ngôi chùa cổ nổi tiếng này không có sư trụ trì từ khi… xây dựng. Mọi việc trông coi, gìn giữ đều do người địa phương thay nhau đảm nhiệm.
Chùa Keo Hành Thiện được xếp hạng Di tích quốc gia đặc biệt năm 2016. 
