Thông tư số 86/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính được đánh giá là bước hoàn thiện quan trọng trong khung khổ pháp lý về quản lý phí, lệ phí hải quan. Văn bản này quy định rõ phạm vi áp dụng, đối tượng phải nộp và các trường hợp được miễn phí, lệ phí, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu và quá cảnh hàng hóa, phương tiện vận tải.
Theo Thông tư, nhiều trường hợp được miễn phí, lệ phí hải quan như hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại, quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, xã hội, tổ chức xã hội-nghề nghiệp và cá nhân trong định mức miễn thuế.
Quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý của người nhập cảnh; hàng hóa trao đổi, mua bán trong định mức miễn thuế của cư dân biên giới cũng thuộc diện miễn. Đặc biệt, phương tiện vận tải của cư dân biên giới sẽ được quản lý theo phương thức mở sổ theo dõi, không phải làm thủ tục tờ khai.
Ngoài ra, hàng hóa và phương tiện xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh còn được miễn phí, lệ phí theo quy định tại các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên hoặc theo cam kết của Chính phủ.
Đối với các trường hợp phải nộp, Thông tư nêu rõ trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ tài chính tại thời điểm đăng ký tờ khai đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; khi phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh. Đối với hàng hóa tạm xuất, tái nhập theo Nghị định số 64/2020/NĐ-CP, tổ chức, cá nhân phải nộp phí khi được cấp sổ ATA.
Ngoài ra, người nộp đơn yêu cầu cơ quan hải quan kiểm tra, giám sát hàng hóa có liên quan đến bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, xin gia hạn hoặc đề nghị tạm dừng thủ tục hải quan đối với hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ cũng phải nộp phí, lệ phí theo quy định.
Biểu mức thu ban hành kèm theo Thông tư được xây dựng dựa trên cơ sở hài hòa với cam kết quốc tế, phù hợp thực tiễn hoạt động hải quan và bảo đảm tính công khai, minh bạch.
Người nộp có thể lựa chọn hình thức nộp bằng tiền mặt hoặc thanh toán không dùng tiền mặt. Phí sẽ được nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách nhà nước của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước, còn lệ phí được nộp trực tiếp vào ngân sách. Trong trường hợp người nộp đăng ký tờ khai nhiều lần trong tháng, nghĩa vụ nộp phí, lệ phí phải hoàn thành chậm nhất vào ngày 10 của tháng tiếp theo, căn cứ trên danh sách tờ khai cơ quan hải quan thông báo.
Thông tư cũng quy định rõ cơ chế ủy nhiệm thu theo Luật Quản lý thuế năm 2019 và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP. Theo đó, tổ chức được ủy nhiệm thu có trách nhiệm nộp toàn bộ lệ phí vào ngân sách nhà nước, đồng thời nộp phí vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước theo hợp đồng ủy nhiệm và các quy định pháp luật liên quan.
Với những quy định mới này, Thông tư số 86/2025/TT-BTC không chỉ giúp tăng cường hiệu quả quản lý nhà nước trong lĩnh vực hải quan, mà còn hỗ trợ tổ chức, cá nhân thực hiện thủ tục nhanh chóng, thuận lợi và minh bạch hơn, góp phần cải thiện môi trường kinh doanh và nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia trong tiến trình hội nhập quốc tế.
