Theo đó, việc đầu tư các dự án giao thông sử dụng vốn trái phiếu Chính phủ còn dư của các dự án nâng cấp, cải tạo Quốc lộ 1A và đường Hồ Chí Minh đoạn qua Tây Nguyên, đến thời điểm thanh tra đã hoàn thành khoảng 70% của lượng công việc tổng thể. Các công trình dự án hoàn thành đưa vào sử dụng cơ bản đã góp phần khắc phục ách tắc giao thông và từng bước đồng bộ các tuyến tránh, kết nối Quốc lộ 1A và đường Hồ Chí Minh.
Tuy nhiên, qua thanh tra một số nội dung tại các dự án, thanh tra chính phủ phát hiện một số khuyết điểm, vi phạm. Trong đó, Bộ Giao thông vận tải và Bộ Kế hoạch và Đầu tư trình Thủ tướng Chính phủ giao danh mục dự án đầu tư và kế hoạch vốn tiếp tục còn dư cho các dự án, trong đó có tám dự án chưa đủ điều kiện theo quy định tại Nghị quyết số 99/2015/QH13 của Quốc hội.
Bộ Giao thông vận tải đã giao Sở Giao thông vận tải các tỉnh làm chủ đầu tư 19 dự án nhưng chưa làm rõ năng lực của các ban quản lý dự án thuộc bộ, năng lực quản lý của Sở giao thông vận tải các tỉnh trước khi giao nhiệm vụ theo đúng quy định của Bộ Xây dựng và Luật Xây dựng năm 2014.
Bộ Giao thông vận tải phê duyệt lựa chọn nhà thầu thực hiện dự án bằng hình thức chỉ định thầu đối với dự án thành phần tuyến đường kết nối giữa đường cao tốc Cầu Giẽ, tỉnh Ninh Bình với Quốc lộ 1A giai đoạn 2 và dự án xây dựng đường Hồ Chí Minh đoạn Năm Căn-Đất Mũi, thuộc tỉnh Cà Mau giai đoạn 2 không thuộc đối tượng được chỉ định thầu, vi phạm quy định của Luật Đấu thầu.
Dự án tuyến tránh thành phố Kon Tum, tỉnh Kon Tum, hồ sơ dự thầu của nhà thầu không rõ xuất xứ vật tư, báo cáo đánh giá hồ sơ dự thầu của chủ đầu tư không đánh giá từng thành viên liên doanh thực hiện các gói thầu số số 07, 08 là sai quy định của Hồ sơ mời thầu.
Dự án nâng cấp, mở rộng tuyến đường nối Quốc lộ 1A đến đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi và đường ven biển tỉnh Quảng Nam, Ban Quản lý dự án 5 đánh giá hồ sơ dự thầu đối với gói thầu số 9 quá 24 ngày, là vi phạm Luật đấu thầu. Ký kết hợp đồng thi công xây dựng không quy định về số lần thanh toán, giai đoạn thanh toán, thời điểm thanh toán là thực hiện không đúng quy định của Chính phủ.
Thanh tra Chính phủ cho biết, việc quản lý chi phí, thanh toán, quyết toán vốn đầu tư dự án xây dựng cầu, đường hai đầu cầu Đắk Bla mới và vuốt nối với các đường hiện hữu thuộc dự án tuyến tránh thành phố Kon Tum, tỉnh Kon Tum, Bộ Giao thông vận tải phê duyệt dự toán gói thầu số 8 sai định mức từ đào đất hữu cơ thành đào đất cấp 1, cấp 2, làm tăng giá trị dự toán hơn 688,8 triệu đồng và sai cự ly vận chuyển vật liệu tăng 1km, làm tăng giá trị dự toán hơn 840,1 triệu đồng, tổng cộng hơn tăng 1,5 tỷ đồng…
Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra những khuyết điểm, vi phạm trong quá trình thực hiện một số dự án khác.
Căn cứ kết quả, kết luận thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ, cơ quan, đơn vị có liên quan thực hiện nhiều nội dung công việc khác nhau. Trong đó, giảm trừ thanh toán hợp đồng tổng số tiền hơn 8,1 tỷ đồng, tương ứng giá trị các phần việc nhà thầu thực hiện không đúng theo hợp đồng được nêu tại kết luận thanh tra. Giảm giá trị dự toán số tiền hơn 3,8 tỷ đồng, đồng thời giảm giá trị hợp đồng xây lắp hơn 3,7 tỷ đồng đối với một số gói thầu, dự án.
Về xử lý trách nhiệm, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Kế hoạch và Đầu tư kiểm điểm trách nhiệm việc đề xuất danh mục dự án đầu tư và giao vốn cho các dự án không đúng quy định. Bộ Giao thông vận tải rà soát, xem xét để xử lý trách nhiệm các tổ chức, cá nhân liên quan những khuyết điểm, vi phạm được phát hiện, xác định tại kết luận thanh tra, trong đó có trách nhiệm phê duyệt chỉ định thầu đối với dự án thành phần đầu tư xây dựng tuyến đường kết nối giữa đường cao tốc Cầu Giẽ, tỉnh Ninh Bình nối Quốc lộ 1 giai đoạn hai và xây dựng đường mòn Hồ Chí Minh, đoạn Năm Căn-Đất Mũi, thuộc tỉnh Cà Mau, giai đoạn hai.
Thanh tra Chính phủ đề nghị các bộ, ngành, địa phương liên quan chỉ đạo kiểm điểm trách nhiệm các tổ chức cá nhân liên quan khuyết điểm, vi phạm tương ứng; các Ban quản lý dự án thuộc Bộ Giao thông vận tải sớm chấn chỉnh, khắc phục các khuyết điểm, vi phạm tại các dự án đầu tư.
Sở Giao thông vận tải Ninh Bình, Ban Quản lý dự án xây dựng công trình giao thông tỉnh Ninh Bình sớm chấn chỉnh, khắc phục và xử lý trách nhiệm của tổ chức, cá nhân liên quan khuyết điểm, vi phạm tại dự án thành phần tuyến đường kết nối giữa Cao tốc Cầu Giẽ, tỉnh Ninh Bình với Quốc lộ 1A, giai đoạn hai.
Sở Giao thông vận tải Kon Tum, Ban Quản lý xây dựng công trình giao thông tỉnh Kon Tum sớm chấn chỉnh, khắc phục và xử lý trách nhiệm của tổ chức, cá nhân liên quan khuyết điểm, vi phạm tại dự án đầu tư xây dựng cầu Đắk Bla mới và vuốt nối với các đường hiện hữu thuộc dự án tuyến tránh thành phố Kon Tum, tỉnh Kon Tum và dự án tuyến tránh thành phố Kon Tum, tỉnh Kon Tum…
