Theo dự thảo, hiện thành phố có 3 đơn vị trường đại học tự bảo đảm chi thường xuyên gồm: Trường đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch, Trường đại học Thủ Dầu Một, Trường đại học Sài Gòn.
Theo phương án sắp xếp, các trường không thực hiện tổ chức lại: Trường đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch; Trường đại học Thủ Dầu Một.
Tổ chức lại Trường đại học Sài Gòn trên cơ sở sáp nhập Trường cao đẳng Sư phạm Bà Rịa-Vũng Tàu. Đơn vị chủ trì sáp nhập là Trường đại học Sài Gòn (lĩnh vực đào tạo có liên quan sư phạm).
Đối với các trường cao đẳng, hiện thành phố có 19 đơn vị. Trong số này, tự bảo đảm một phần chi thường xuyên 14 đơn vị; tự bảo đảm chi thường xuyên có 4 đơn vị; tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư 1 đơn vị.
Theo phương án sắp xếp, Thành phố Hồ Chí Minh dự kiến không thực hiện tổ chức lại các trường gồm: Trường cao đẳng Việt Nam-Singapore; Trường cao đẳng Việt Nam-Hàn Quốc Bình Dương; Trường cao đẳng Kỹ thuật công nghệ Bà Rịa-Vũng Tàu; Trường cao đẳng Công nghệ Thủ Đức; Trường cao đẳng Kiến trúc-Xây dựng Thành phố Hồ Chí Minh.
Đối với Trường cao đẳng bán công Công nghệ và Quản trị doanh nghiệp chuyển từ loại hình bán công sang trường công lập tự chủ tài chính.
Ngoài ra, Thành phố Hồ Chí Minh dự kiến thành lập mới hai Trường cao đẳng: Trường cao đẳng Nông nghiệp Công nghệ cao Thành phố Hồ Chí Minh trên cơ sở sáp nhập Trường trung cấp Kỹ thuật nông nghiệp thành phố, Trường trung cấp Nông Lâm Nghiệp và Trung tâm Giáo dục nghề nghiệp Nông nghiệp Công nghệ cao.
Trường cao đẳng Du lịch-Khách sạn Saigontourist (nâng cấp từ Trường trung cấp Du lịch-Khách sạn Saigontourist).
Sau sắp xếp, Thành phố Hồ Chí Minh dự kiến có 19 trường cao đẳng, không còn trường trung cấp công lập trực thuộc.
Các trường mầm non, tiểu học, trung học cơ sở, trung học phổ thông cơ bản được giữ như hiện nay để phục vụ hơn 2,5 triệu học sinh, trẻ mầm non đang theo học tại 3.500 trường học trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh sau hợp nhất.
Việc sáp nhập, tổ chức lại các đơn vị trường học được thực hiện theo yêu cầu của Bộ Nội vụ về sắp xếp đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục và y tế và kế hoạch của Ban chỉ đạo Chính phủ về sắp xếp đơn vị sự nghiệp công lập, doanh nghiệp Nhà nước, tổ chức trong hệ thống hành chính.
