Nguyên nhân có nhiều, nhưng như lời giải thích của một số người có trách nhiệm thì là do "lương nhân công và nhiên liệu tăng". Từ năm 2008 đến 2012, mức lương tối thiểu đã được điều chỉnh tăng năm lần, từ 620 nghìn đồng/tháng lên 2 tỷ 500 nghìn đồng/tháng. Bên cạnh đó, giá dầu năm 2008 chỉ hơn 10 nghìn đồng/lít và xăng là 13 nghìn đồng/lít nhưng đến tháng 6-2013 giá dầu đã gần 22 nghìn đồng/lít và xăng là 23.650 đồng/lít. Mặt khác, còn có một nguyên nhân nữa khiến số tiền trợ giá ngày càng tăng lên là do doanh thu từ vé ngày càng chênh lệch so với chi phí khai thác vận tải. Lý do của hiện tượng này là trên thực tế, tại nhiều tuyến xe buýt có lượng khách ít, nhân viên, lái xe đã phải xé khống vé để tạo ra hành khách ảo, nhằm hưởng lợi bất chính từ tiền trợ giá xe buýt, gây lãng phí, thiệt hại lớn cho hiệu quả đầu tư cũng như ngân sách. Tình trạng này đã được báo chí điều tra, phát hiện và phản ánh trên các phương tiện thông tin đại chúng. Cụ thể như trên tuyến xe 51 (Bến xe miền Ðông - chợ Bình Hưng Hòa), Sở Giao thông vận tải thành phố giao chỉ tiêu 21 khách/chuyến trong khi lượng khách thực tế không chuyến nào đạt được chỉ tiêu trên. Ðiều này đã khiến tình trạng xé khống vé xe buýt xảy ra thường xuyên. Theo lý giải của lái xe, việc xé khống vé là bất đắc dĩ vì tiền mua vé cao, 500 nghìn đồng/10 xấp vé. Nếu không xé để có bằng chứng đủ khách đạt theo chỉ tiêu thì tiền trợ giá sẽ giảm. Hiện tại, bình quân trợ giá xe buýt là 4.320 đồng/vé, vậy là mỗi ngày có đến hàng trăm triệu đồng bị tiêu tốn vô nghĩa do việc xé khống vé. Hiện tượng này không chỉ diễn ra ở một số Hợp tác xã (HTX) vận tải mà lái xe, nhân viên một số công ty xe buýt cũng xé khống vé. Thậm chí còn có tình trạng người soát vé xe buýt thu gom vé tập về bán lại cho các HTX, vì nếu họ thực hiện việc xé vé tập để hoàn thành chỉ tiêu số lượng khách thì bình quân mỗi ngày đơn vị này phải xé bỏ 260 tập vé, tương đương 7.800 hành khách đi với khoản tiền hơn 310 triệu đồng/ngày. Sau khi xé khống vé, ngoài tiền lương, nhân viên xe buýt còn được thưởng 700 nghìn đến một triệu đồng/tháng nếu đạt chỉ tiêu. Chính vì điều này, các đơn vị vận tải luôn muốn nhận chỉ tiêu sản lượng khách đi lại cao để được hưởng trợ giá cao. Ngược lại, nếu không đạt chỉ tiêu, giảm 1% thì bị trừ 1% tiền trợ giá. Trong khi đó, Trung tâm Quản lý và điều hành vận tải hành khách công cộng thành phố còn đưa ra điều kiện, nếu cuối năm không đạt chỉ tiêu sẽ phạt thêm 5% tổng số tiền trợ giá. Ðây cũng chính là áp lực khiến cho nạn xé khống vé ngày càng gia tăng. Chính vì thế mà các đơn vị vận tải xe buýt không bao giờ từ chối nhận chỉ tiêu hành khách cao với số tiền trợ giá "phóng khoáng". Và họ cũng không bao giờ khai báo sự thật khách đi xe buýt đang giảm để rồi nộp số tiền phạt rất lớn.
Trước thực trạng rất đáng buồn này, không ít người đã đặt ra câu hỏi là có nên tiếp tục trợ giá cho xe buýt? Thật ra, cho dù thế nào thì thành phố cũng vẫn nên tiếp tục trợ giá cho xe buýt để khuyến khích người dân sử dụng phương tiện giao thông công cộng nhằm giảm lưu lượng xe cá nhân hiện đã quá tải trên đường phố. Vấn đề đặt ra là phải tìm ra được giải pháp để nâng cao hiệu quả đồng tiền trợ giá. Trước hết, từ hiện tượng xé vé khống, thành phố nên có giải pháp để cải tiến việc quản lý vé. Ngoài các loại vé thông thường như hiện nay, thành phố nên triển khai thêm thẻ từ và thẻ thông minh (smart card) bằng cách trợ giá thẳng cho những ai sử dụng loại vé này. Loại thẻ này có thể sử dụng được ở các loại phương tiện giao thông công cộng khác nữa. Như vậy, số tiền trợ giá sẽ đến thẳng người sử dụng xe buýt, ai đi nhiều sẽ được trợ giá nhiều và tránh được những thất thoát, lãng phí do hành vi xé vé khống của nhân viên xe buýt. Ði cùng với đó là thực hiện các giải pháp tăng thu trên xe buýt để giảm dần kinh phí trợ giá như sắp xếp lại các đơn vị hoạt động vận tải công cộng bằng xe buýt theo hướng gọn nhẹ để tiết kiệm chi phí phải trả cho bộ máy, nhân công... Tùy theo từng tuyến đường mà bố trí xe to hay nhỏ cho phù hợp để tránh lãng phí. Triển khai phương án quảng cáo cả bên trong và bên ngoài xe buýt để tạo nguồn thu vì theo tính toán sơ bộ thì quảng cáo trên xe buýt sẽ thu về ít nhất 100 tỷ đồng/năm. Bên cạnh đó cũng cần xem xét để bỏ bớt các tuyến ít khách, hoạt động không hiệu quả... Về lâu dài, nên thí điểm đấu thầu kinh doanh xe buýt sau đó chỉ hỗ trợ tiền trợ giá một tỷ lệ nào đó nếu xe buýt lỗ. Có như vậy, chúng ta mới có những doanh nghiệp xe buýt thật sự mạnh và chấm dứt được tiêu cực trong hoạt động xe buýt hiện nay.
