Sau ngày tỉnh Quảng Nam-Đà Nẵng được giải phóng, với tầm quan trọng trong bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới vùng biển, ngày 15/12/1975, Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang tỉnh Quảng Nam-Đà Nẵng đã ra quyết định thành lập Phân đội Tàu thuyền trực thuộc Ban Tham mưu với biên chế ban đầu chỉ có 2 chiếc tàu vỏ gỗ.
Ngày 31/12/1996, Bộ Quốc phòng ký Quyết định số 2444 giải thể Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng Quảng Nam-Đà Nẵng để thành lập 2 Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Quảng Nam và thành phố Đà Nẵng.
Ngày 1/1/1997, Hải đội 2 Bộ đội Biên phòng Quảng Nam được tách ra, 2 tàu biển đăng ký BP 43-0406 và BP 43-1101 cùng 12 cán bộ, chiến sĩ hành quân vào đóng quân tại thôn An Hải, xã Tam Quang, huyện Núi Thành với nhiệm vụ được giao là tuần tra kiểm soát bảo vệ chủ quyền, giữ vững an ninh vùng biển của tỉnh Quảng Nam.
Đến tháng 7/2025, thực hiện chủ trương sắp xếp, tổ chức lại bộ máy, đơn vị vẫn giữ nguyên tên gọi là Hải đội Biên phòng 2 trực thuộc Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng thành phố Đà Nẵng. Từ tháng 11/2025 đến nay, đơn vị đổi tên thành Hải đội Biên phòng 1 trực thuộc Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng thành phố Đà Nẵng.
Qua 50 năm xây dựng, chiến đấu và trưởng thành, các thế hệ cán bộ, chiến sĩ Hải đội Biên phòng 1 đã thực hiện xuất sắc nhiều nhiệm vụ được giao. Đơn cử như trục vớt cổ vật trái phép trên vùng biển Cù Lao Chàm, đã thu giữ trên 4.500 cổ vật có giá trị về văn hóa lịch sử; thực hiện tốt công tác tuyên truyền chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo, không theo quy định (IUU) được 1.272 đợt, với 425 lượt tàu và 1.245 lượt cán bộ, chiến sĩ tham gia; đơn vị đã huy động toàn bộ lực lượng phương tiện hiện có giúp dân phòng, chống thiên tai và 3.715 ngày công khắc phục hậu quả thiên tai…
Đại tá Trần Tiến Hiền, Chỉ huy trưởng Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng thành phố Đà Nẵng, nhấn mạnh: "Từ những ngày đầu thành lập, trong điều kiện còn nhiều thiếu thốn nhưng với tinh thần quyết tâm cao, cán bộ chiến sĩ Hải đội Biên phòng 1 đã vượt qua mọi khó khăn để hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao. Nổi bật là trong thực hiện nhiệm vụ đấu tranh bảo vệ chủ quyền vùng biển, tuần tra kết hợp với bảo vệ tàu khảo sát dầu khí trên các vùng biển khu vực miền trung; đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại trên biển; tuyên truyền phòng, chống khai thác hải sản trái phép (IUU); thực hiện nhiệm vụ tìm kiếm, cứu hộ, cứu nạn trên sông, biển…".
Dịp này, Hải đội Biên phòng 1 đồng thời tổ chức khánh thành trụ sở đơn vị mới sau thời gian hơn 8 tháng thi công, với tổng vốn đầu tư 40 tỷ đồng trên diện tích xây dựng hơn 18.500m2.