Bộ Y tế sẽ kiện toàn, sắp xếp, nâng cao năng lực của hệ thống y tế, nhất là y tế cơ sở, y tế dự phòng phù hợp với mô hình tổ chức chính quyền địa phương 2 cấp, bảo đảm liên kết, hỗ trợ hiệu quả giữa các cấp của hệ thống y tế. Mặt khác có cơ chế, chính sách duy trì đội ngũ nhân viên y tế, cô đỡ tại thôn bản; thực hiện luân phiên, luân chuyển có thời hạn nhân viên y tế về làm việc tại y tế cơ sở để thực hiện hiệu quả, toàn diện nhiệm vụ chăm sóc sức khỏe ban đầu cho người dân trên địa bàn.
Xây dựng cơ chế tăng cường đầu tư cho y tế dự phòng về cơ sở vật chất, nhân lực đáp ứng chủ động trong các hoạt động phòng bệnh, ứng phó kịp thời với các sự kiện khẩn cấp về y tế công cộng; mở rộng bao phủ về đối tượng, loại vaccine trong chương trình tiêm chủng mở rộng.
Nâng cao năng lực hệ thống y tế dự phòng; dự báo, giám sát và phát hiện dịch bệnh sớm, khống chế kịp thời, có hiệu quả các dịch bệnh; bảo đảm an ninh y tế, ứng phó với các sự kiện khẩn cấp về y tế công cộng. Tăng cường kiểm soát các yếu tố nguy cơ gây bệnh, nâng cao năng lực quản lý môi trường y tế, các bệnh không lây nhiễm, rối loạn sức khỏe tâm thần. Nâng cao hiệu quả công tác kiểm soát an toàn thực phẩm.
Tổ chức lại, củng cố và nâng cao năng lực hệ thống y tế cơ sở, y tế dự phòng đủ mạnh để đảm nhận nhiệm vụ chăm sóc sức khỏe ban đầu; mọi người dân được tiếp cận bình đẳng với các dịch vụ y tế, sơ cấp cứu, khám, chữa bệnh; quản lý bệnh không lây nhiễm... Tăng cường kết hợp quân dân y, y tế công an, đặc biệt tại vùng sâu, vùng xa, biên giới, biến đảo và các địa bàn khó khăn khác.