Vườn quốc gia sông ngầm Puerto Princesa chính là “linh hồn” của Puerto Princesa, được UNESCO công nhận Di sản thế giới năm 1999, là nơi bảo tồn đa dạng hệ sinh vật núi, biển quan trọng nhất của Philippines.
Sở dĩ có tên gọi là vườn quốc gia sông ngầm vì nơi đây là khu địa tầng đá vôi và có một dòng sông ngầm bắt nguồn từ núi Saint Paul, chảy ngầm dưới lớp đất đã trầm tích với độ đài 8,2 km đổ ra biển. Chính vì vậy, mực nước ngầm đã bị ảnh hưởng bởi thủy triều nên dòng sông có phía trên là nước ngọt và nước lợ ở phần dưới. Theo đánh giá của Hiệp hội hang động Hoàng gia Anh thì đây là sông ngầm dài thứ ba trên thế giới, sau một con sông ở Mexico và sông Son ở Phong Nha - Kẻ Bàng của Việt Nam.
Để đến với sông ngầm, bạn phải mất 30 phút vượt biển. Vượt qua những con sóng lớn, chiếc thuyền máy ghé vào một đảo nhỏ rồi băng qua khu rừng già đến với sông. Muốn thám hiểm bên trong dòng sông ngầm, bạn phải đi thuyền có mái chèo cùng với người hướng dẫn viên kiêm chèo thuyền chuyên nghiệp. Con thuyền từ từ đi sâu vào lòng sông, thi thoảng lại quặt trái rồi phải để tránh những nhũ đá thấp sát cũng như những thuyền đi ngược chiều. Lúc này, hướng dẫn viên với chiếc đèn pin soi đường sẽ chỉ dẫn cũng như giải thích cho du khách những hình ảnh kỳ thú do nhũ đá, măng đá tạo nên. Tiếng khua của mái chèo xen lẫn tiếng nước nhỏ tí tách từ các nhũ đá trong không gian tịch mịch khiến những người trên thuyền cảm thấy như đang sống trong một thế giới khác.
Mặc dù chỉ đi khoảng hơn km và khách quan mà nói, sông ngầm ở đây không huyền ảo lung linh như Phong Nha - Kẻ Bàng, cũng không hùng vĩ bằng vịnh Hạ Long và quãng đường nhìn ngắm thạch nhũ cũng ít sinh động hơn, nhưng có lẽ điều ấn tượng nhất về sông ngầm còn đọng mãi trong tôi chính là hệ sinh thái và dòng nước trong xanh như ngọc. Cho dù du khách có đổ về đây bao nhiêu, sông vẫn giữ được vẻ sạch đẹp, hoang sơ. Một sắc mầu rất… Puerto Princesa.