Theo đó, từ năm 2010 đến tháng 6-2015, TKV đã để xảy ra nhiều khuyết điểm, vi phạm chủ yếu trong công tác quản lý, điều hành hoạt động sản xuất, kinh doanh tại Tập đoàn và các đơn vị thành viên. Trong quản lý sử dụng vốn, tài sản, Hội đồng Thành viên và Tổng Giám đốc TKV đã quyết định chủ trương và quản lý quá trình thực hiện đầu tư tài chính thuộc ngành nghề kinh doanh thiếu cơ sở pháp lý và thực tiễn, vi phạm các quy định của pháp luật, bảo lãnh trả nợ vay vượt thẩm quyền… Hậu quả là một số khoản đầu tư không hiệu quả, mất vốn với giá trị rất lớn, điển hình là: Công ty TNHH MTV Kim loại mầu Thái Nguyên, Công ty cổ phần Crômmit Cổ Định Thanh Hóa... Một số khoản đầu tư khác nhưng không được TKV thực hiện điều tra, khảo sát kỹ để lập, thẩm định, phê duyệt phương án và quyết định đầu tư phù hợp với thực tế và quy định, dẫn đến lỗ, mất vốn 380,825 tỷ đồng.
Hội đồng thành viên và Tổng Giám đốc TKV chưa chấp hành nghiêm các quy định của pháp luật trong xây dựng, phê duyệt phương án đầu tư, quyết định chủ trương góp vốn cổ phần, sử dụng nguồn vốn không đúng quy định để đầu tư ra ngoài ngành nghề kinh doanh chính, dẫn đến không hiệu quả, nguy cơ mất vốn khoảng hơn 176 tỷ đồng…
TTCP cũng đã làm rõ, Hội đồng thành viên và Tổng Giám đốc TKV ban hành cơ chế quản lý hoạt động sản xuất, kinh doanh chưa phù hợp thực tế và quy định. Trong quá trình hoạt động sản xuất, kinh doanh, TKV và các đơn vị thành viên chưa chấp hành nghiêm các quy định của pháp luật, phát sinh nhiều chi phí bất hợp lý, tăng giá thành sản xuất, giảm lợi nhuận, thất thu ngân sách…
Tại bốn Tổng công ty và các đơn vị thành viên thuộc TKV đã có nhiều sai phạm trong quản lý, sử dụng vốn, quản lý đầu tư xây dựng, quản lý sử dụng đất đai và tài nguyên khoáng sản, trong hoạt động sản xuất, kinh doanh và nghĩa vụ với ngân sách nhà nước, thoái vốn…
Theo TTCP, nguyên nhân và trách nhiệm dẫn đến thiếu sót, vi phạm thuộc về Hội đồng thành viên, Ban Tổng Giám đốc, lãnh đạo các phòng, ban liên quan thuộc TKV và Hội đồng quản trị, giám đốc các đơn vị thành viên chưa chấp hành nghiêm những quy định của pháp luật về quản lý kinh tế và hoạt động sản xuất, kinh doanh. Các Bộ: Công thương, Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, UBND các tỉnh, thành phố: Quảng Ninh, Lào Cai, Thanh Hóa, Hà Tĩnh… thiếu chủ động, chưa kịp thời kiểm tra, hướng dẫn và xử lý bất cập về cơ chế quản lý, vi phạm trong sản xuất, kinh doanh tài nguyên, khoáng sản…
TTCP đã kiến nghị các biện pháp xử lý về cơ chế chính sách, xử lý trách nhiệm. Về xử lý kinh tế, TTCP kiến nghị xử lý 14.882,409 tỷ đồng và 6.697.576m2 đất. Trong đó, thu hồi về ngân sách nhà nước 1.872,596 tỷ đồng và tiền sử dụng diện tích đất nêu trên.
Về xử lý trách nhiệm, TTCP đề nghị Bộ Công an tiếp nhận hồ sơ của TTCP sớm xem xét, điều tra để xử lý trách nhiệm đối với các vụ việc có dấu hiệu vi phạm tại TKV và một số doanh nghiệp đã vi phạm nghiêm trọng các điều khoản chủ yếu của hợp đồng kinh tế về điều kiện giao hàng và thanh toán; Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc TKV và Tổng công ty Khoáng sản (thời kỳ trước 31-12-2005) đã vi phạm các quy định của pháp luật, buông lỏng quản lý, bảo lãnh nợ vay vượt thẩm quyền…
* Đối với nội dung kết luận thanh tra của TTCP, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình đồng ý cơ bản với nội dung kiến nghị của TTCP và yêu cầu các Bộ: Tài chính, Công thương, Tài nguyên và Môi trường, Công an, UBND tỉnh Lào Cai và TKV thực hiện các nội dung kiến nghị của TTCP và gửi TTCP kết quả thực hiện để báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình khẳng định, việc chấp hành chính sách pháp luật về đất đai tại TKV chưa tốt, để xảy ra vi phạm cần phải chấn chỉnh, khắc phục. Giao Bộ Tài nguyên và Môi trường kiểm tra, xử lý và hướng dẫn giải quyết dứt điểm những vướng mắc, bất cập và sai phạm trong việc cấp giấy phép khai thác khoáng sản.
Đối với các trường hợp TTCP kiến nghị chuyển cơ quan điều tra, Phó Thủ tướng chỉ đạo TTCP chủ trì, phối hợp với cơ quan điều tra thuộc Bộ Công an, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao rà soát kỹ để thống nhất biện pháp xử lý.
Việc xử lý đối với khoản tiền chênh lệch về thuế tài nguyên và khoản tiền khuyến khích sản lượng, chất lượng đối với các đơn vị khai thác than, Phó Thủ tướng giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp TTCP, Bộ Công thương, Bộ Tư pháp, Văn phòng Chính phủ xác định rõ đối tượng nộp thuế tài nguyên, giá tính thuế tài nguyên, xác định chính xác nghĩa vụ thuế tài nguyên phải nộp ngân sách nhà nước; giao Bộ Tài chính kiểm tra chặt chẽ, xác định rõ bản chất về các hợp đồng khai thác giữa TKV với các công ty con và việc khai thác, tiêu thụ tài nguyên để bảo đảm thu đúng, thu đủ, thống nhất kiến nghị biện pháp xử lý đối với khoản tiền chênh lệch về thuế tài nguyên theo quy định…
