Nội dung điều chỉnh thứ nhất liên quan đến quy mô xây dựng chủ yếu của dự án. Tại Tờ trình số 275, tổng chiều dài tuyến của dự án được đề xuất là 11,5 km, gồm 8,9 km đoạn đi trên cao và 2,6 km đoạn đi ngầm; phương tiện vận tải gồm 10 đoàn tàu có 4 toa.
So với Quyết định số 2054/QÐ-UBND ngày 13/11/2008 của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội phê duyệt dự án đầu tư, tổng chiều dài tuyến của dự án vẫn giữ nguyên, nhưng có thay đổi về chiều dài đoạn đi trên cao (tăng từ 8,5 km lên 8,9 km) và đoạn đi ngầm (giảm từ 3 km xuống 2,6 km); số lượng đoàn tàu được giảm từ 14 đoàn tàu xuống còn 10 đoàn tàu.
Lý do điều chỉnh, chiều dài phần đi ngầm và đi trên cao thay đổi so với Báo cáo nghiên cứu khả thi được duyệt năm 2008, do thay đổi phương án trắc dọc đoạn chuyển tiếp từ phần cầu cạn sang phần hầm ngầm và đồng thời thay đổi phạm vi giữa hai phần trên cao và ngầm.
Nội dung điều chỉnh thứ hai là sơ bộ tổng mức đầu tư dự án được đề xuất điều chỉnh lên 35.588 tỷ đồng (tương đương 200.744 triệu yên), tăng thêm 16.033 tỷ đồng so với thời điểm năm 2008.
Trong đó, vốn ODA vay Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) theo điều kiện vay đặc biệt dành cho đối tác kinh tế (STEP) là 167.079 triệu yên, tương đương 29.672 tỷ đồng, tăng thêm 13.187 tỷ đồng; vốn đối ứng ngân sách của thành phố Hà Nội là 5.916 tỷ đồng (tương đương 33.665 triệu yên), tăng thêm 2.846 tỷ đồng.
Lý do điều chỉnh sơ bộ tổng mức đầu tư, do dự án được nghiên cứu lập tại giai đoạn năm 2007-2008, khi đó ở Việt Nam chưa có đầy đủ các định mức, đơn giá áp dụng cho loại công trình đường sắt đô thị nên việc xác định tổng mức đầu tư của đơn vị tư vấn chỉ là dựa trên cơ sở suất đầu tư của các công trình tương tự đã và đang được xây dựng ở khu vực châu Á.
Nội dung điều chỉnh thứ ba là việc dự án có thời gian thực hiện mới là từ năm 2009 đến năm 2031, trong đó, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội phấn đấu hoàn thành, đưa vào khai thác, vận hành năm 2029 và cần thêm hai năm đào tạo nhân lực vận hành, bảo dưỡng tàu.
Lý do điều chỉnh thời gian thực hiện dự án, do hợp đồng dịch vụ tư vấn chung cho dự án đã được ký vào tháng 3/2011 theo đúng tiến độ triển khai được phê duyệt. Tuy nhiên, do quá trình xem xét, thẩm tra, thẩm định điều chỉnh dự án kéo dài từ năm 2012 đến nay chưa kết thúc, cho nên chưa triển khai các gói thầu thi công xây lắp và thiết bị của dự án. Vì vậy, cần phải điều chỉnh tiến độ, thời gian thực hiện của dự án cho phù hợp với thực tế.
