Thủ tướng Chính phủ là Trưởng ban Chỉ đạo. Các Phó Trưởng ban Chỉ đạo gồm: Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Văn Thành (Phó Trưởng ban Thường trực) và Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Văn Thể.
Quyết định nêu rõ, Ban Chỉ đạo giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo triển khai thực hiện các công trình, dự án quan trọng quốc gia, trọng điểm sau đây: Ðường Hồ Chí Minh; các dự án đường bộ cao tốc: Bắc-Nam phía Ðông; Bến Lức-Long Thành; Khánh Hòa-Buôn Ma Thuột; Biên Hòa-Vũng Tàu; Châu Ðốc-Cần Thơ-Sóc Trăng: Vành đai 4-Vùng Thủ đô Hà Nội, Vành đai 3 Thành phố Hồ Chí Minh; Ðường sắt tốc độ cao trên trục Bắc-Nam; Các tuyến đường sắt đô thị thành phố Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh; Dự án Cảng hàng không quốc tế Long Thành và các dự án đường bộ cao tốc hoặc dự án hạ tầng giao thông khác mà Ban Chỉ đạo thấy cần thiết...
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành để đẩy nhanh tiến độ các dự án; giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, kiểm tra, điều hòa phối hợp và đôn đốc các bộ, ngành, địa phương liên quan thực hiện các nhiệm vụ về đầu tư xây dựng các dự án nêu trên theo đúng các Nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ đối với các dự án; giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo việc triển khai thực hiện các dự án theo quy định; chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương liên quan thực hiện các công việc cụ thể.
Bộ Giao thông vận tải là cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo; sử dụng bộ máy của mình để thực hiện nhiệm vụ giúp việc Ban Chỉ đạo, xây dựng Quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo trình Trưởng ban ký ban hành; xây dựng kế hoạch, chương trình công tác, tổng hợp nội dung và dự thảo kết luận cho các kỳ họp của Ban Chỉ đạo.
Ban Chỉ đạo có trách nhiệm báo cáo Thủ tướng Chính phủ về tình hình hoạt động của Ban Chỉ đạo định kỳ sáu tháng, đột xuất theo yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ.
