Trong những năm qua, Đảng và Nhà nước nhất quán chủ trương xây dựng hệ thống thuế hiện đại, minh bạch, công bằng, tạo môi trường thuận lợi cho doanh nghiệp và thúc đẩy tăng trưởng kinh tế bền vững. Tuy nhiên, thực tiễn triển khai các chính sách mới luôn có độ trễ nhất định, đòi hỏi cơ quan quản lý phải kịp thời lắng nghe phản ánh từ cơ sở và chủ động điều chỉnh để phù hợp với tình hình thực tế. Luật Thuế Giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2024 và có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2025, là văn bản quan trọng trong việc hoàn thiện chính sách thuế, song trong quá trình chuẩn bị thi hành, nhiều bất cập đã bộc lộ rõ, đặc biệt trong lĩnh vực nông nghiệp, xuất khẩu thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế.
Những bất cập lớn từ thực tiễn sản xuất và xuất khẩu nông sản
Theo quy định của Luật số 48/2024/QH15, doanh nghiệp phải nộp 5% thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với nông sản mua bán qua khâu thương mại, sau đó được hoàn thuế khi xuất khẩu. Số thuế giá trị gia tăng thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê,…) dẫn đến lãng phí thời gian và đọng vốn của doanh nghiệp trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh. Nhất là trong bối cảnh nền kinh tế đang chịu tác động nặng nề của thiên tai, đặc biệt là mưa bão, lũ lụt tại nhiều vùng sản xuất lớn, việc phải xoay vòng hàng nghìn tỷ đồng thuế giá trị gia tăng để chờ hoàn khiến doanh nghiệp không thể chủ động nguồn vốn cho thu mua, chế biến và xuất khẩu.
Các hiệp hội ngành hàng đã phản ánh rõ tình trạng này. Theo số liệu ước tính của một số ngành trong lĩnh vực nông nghiệp, chỉ trong 6 tháng cuối năm 2025, số thuế giá trị gia tăng 5% mà doanh nghiệp ngành cà phê phải tạm nộp ước khoảng 5.000 tỷ đồng; ngành lương thực khoảng 2.016 tỷ đồng; ngành hồ tiêu và cây gia vị khoảng 2.162 tỷ đồng. Đây đều là những ngành hàng xuất khẩu chủ lực, lượng hàng tồn kho lớn, yêu cầu vốn quay vòng nhanh.
Bên cạnh đó, quy định hiện hành cũng tạo ra sự bất bình đẳng giữa hàng hóa trong nước và hàng nhập khẩu. Nông sản, thủy sản nhập khẩu không chịu thuế giá trị gia tăng khi vào Việt Nam, trong khi hàng nội địa lại phải chịu thuế ở khâu thương mại. Điều này làm tăng chi phí của doanh nghiệp trong nước, tạo lợi thế cho hàng nhập khẩu và gây tác động tiêu cực đến sản xuất nông nghiệp trong nước vốn đang chịu nhiều ảnh hưởng từ thiên tai.
Một bất cập không kém phần nghiêm trọng là chính sách thuế áp dụng với thức ăn chăn nuôi. Do thức ăn chăn nuôi thuộc đối tượng không chịu thuế nên không được khấu trừ, không được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào, dẫn đến doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi bị tăng chi phí, tăng giá bán, qua đó sẽ ảnh hưởng đến người chăn nuôi. Bên cạnh đó, quy định này chưa bảo đảm công bằng và có thể làm giảm khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu do thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không chịu thuế giá trị gia tăng điều này gây bất lợi không nhỏ cho các doanh nghiệp trong nước.
Một vướng mắc lớn khác mà doanh nghiệp phản ánh là điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng yêu cầu người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế. Trong thực tiễn, các doanh nghiệp khi xuất khẩu được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào, nhưng lại bị chậm do phải chờ xác định người bán hàng cho mình đã kê khai, nộp thuế, gây khó khăn và rủi ro cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế. Bởi vì doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế không có công cụ pháp lý hay kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của người bán tại thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế. Quy định này cũng đã có một số tổ chức, cá nhân phản ánh là chưa phù hợp với nghĩa vụ chịu trách nhiệm của từng chủ thể, do người mua và người bán là các chủ thể khác nhau và phải chịu trách nhiệm riêng rẽ, độc lập với nhau.
Việc xử lý các hồ sơ hoàn thuế bị chậm kéo theo nhiều hệ lụy: dòng tiền bị đọng lại, kế hoạch kinh doanh bị gián đoạn và doanh nghiệp gặp khó khăn khi thực hiện các hợp đồng xuất khẩu. Trong bối cảnh xuất khẩu nông sản đang cần sự hỗ trợ mạnh mẽ từ Nhà nước để duy trì tăng trưởng và mở rộng thị trường, việc tiếp tục duy trì quy định này có thể khiến nhiều doanh nghiệp mất cơ hội cạnh tranh.
Sửa luật theo thủ tục rút gọn với 3 nhóm sửa đổi trọng tâm.
Trước những vướng mắc nêu trên, trên cơ sở lắng nghe, nghiêm túc nghiên cứu kỹ lưỡng phản ánh, kiến nghị của các Hiệp hội, doanh nghiệp và Bộ Nông nghiệp và Môi trường, cùng với tác động nghiêm trọng của mưa bão, lũ lụt đối với sản xuất nông nghiệp ở nhiều khu vực, Bộ Tài chính nhận định cần thiết phải sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Luật Thuế Giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 để góp phần khắc phục hậu quả, bảo đảm hoạt động sản xuất-kinh doanh được duy trì ổn định.
Khoản 2 Điều 26 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật cho phép trình luật tại kỳ họp Quốc hội đang diễn ra nếu vấn đề phát sinh từ thực tiễn có tính cấp bách. Việc áp dụng thủ tục rút gọn trong trường hợp này thể hiện sự linh hoạt, kịp thời của Chính phủ trong xử lý các vấn đề chính sách ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống kinh tế-xã hội.
Ngày 26/11/2025, Bộ trưởng Bộ Tài chính, thừa ủy quyền Thủ tướng Chính phủ, đã ký Tờ trình số 1090/TTr-CP gửi Quốc hội và Ủy ban Thường vụ Quốc hội, đề nghị xem xét, thông qua Dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế Giá trị gia tăng. Việc sửa luật được xác định nhằm bảo đảm mục tiêu kép: tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp, đồng thời bảo đảm sự tương thích, thống nhất giữa các văn bản pháp luật hiện hành.
Dự thảo Luật lần này tập trung vào 3 nội dung cốt lõi. Thứ nhất, đưa lại quy định không phải kê khai, tính nộp thuế nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường mua bán qua khâu thương mại.
Với quy định này doanh nghiệp không phải trả thuế giá trị gia tăng 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại, khắc phục tình trạng số thuế giá trị gia tăng thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê,… vốn là vốn đang là thế mạnh xuất khẩu của Việt Nam, giúp giảm áp lực tài chính và tăng hiệu quả kinh doanh cho doanh nghiệp.
Thứ hai, điều chỉnh chính sách thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi để thực hiện theo quy định của pháp luật về thức ăn chăn nuôi. Với việc sửa đổi quy định này cơ sở sản xuất kinh doanh thức ăn chăn nuôi không phải trả thuế giá trị gia tăng 5% nêu trên, doanh nghiệp sẽ giảm được chi phí sản xuất từ đó tăng khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu
Thứ ba, bỏ điều kiện yêu cầu người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế. Việc loại bỏ quy định này sẽ góp phần rút ngắn thời gian hoàn thuế, việc hoàn thuế đối với cơ sở xuất khẩu được thực hiện theo quy định mà không phải chờ, xác định được là người bán đã kê khai, nộp thuế
Dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế Giá trị gia tăng là bước đi mang tính chiến lược, thể hiện quyết tâm của Chính phủ trong việc hoàn thiện chính sách thuế theo hướng hỗ trợ doanh nghiệp, bảo đảm công bằng giữa hàng hóa trong nước và nhập khẩu, đồng thời tạo điều kiện để sản xuất nông nghiệp phục hồi sau thiên tai. Việc sửa đổi lần này cũng thể hiện tinh thần chủ động của cơ quan quản lý trong nắm bắt thực tiễn, kịp thời điều chỉnh chính sách để phù hợp với nhu cầu của nền kinh tế trong giai đoạn nhiều biến động.
