Theo tấm bia đá có niên đại năm 1632 hiện còn được lưu giữ, chùa Đào Xuyên đã tồn tại từ trước thế kỷ 17 và trải qua nhiều lần trùng tu. Ngôi chùa thuộc phái Lâm Tế, dòng Đại Thừa, từng được biết đến là “Chốn tổ Đào Xuyên” bởi nơi đây ngoài thờ Phật còn thờ vị sư tổ có công lập hội Sơn Môn tại Bắc Ninh.
Chùa quay hướng Đông Nam, có kiến trúc theo kiểu “nội đinh, ngoại quốc”, dạng thức kiến trúc phổ biến của nhiều ngôi chùa cổ Việt Nam. Quần thể gồm tam quan, tiền đường, thượng điện, hai dãy hành lang, nhà Tổ, nhà Mẫu, nhà bia và khu mộ tháp, tạo nên tổng thể hài hòa giữa không gian thờ tự và cảnh quan truyền thống.
Trong hệ thống di vật còn được bảo tồn tại chùa, nổi bật nhất là tượng Quan Âm Thiên Thủ Thiên Nhãn có niên đại thế kỷ 16, được công nhận là Bảo vật quốc gia năm 2015. Đây là pho tượng duy nhất tại Hà Nội có niên đại thời kỳ nhà Mạc.
Tác phẩm được làm bằng gỗ mít, sơn son thếp vàng, cao 1,32m; tính cả bệ sen hình lục giác cao 2,55m. Với 42 cánh tay lớn phía trước và 652 tay nhỏ xếp thành nhiều lớp tạo thành vòng hào quang, pho tượng cho thấy kỹ thuật tạo tác tinh tế của nghệ thuật điêu khắc Phật giáo Việt Nam thời kỳ này. Đặc biệt, đôi mắt được tạo hình có chiều sâu, khiến người chiêm ngưỡng ở bất kỳ góc nhìn nào cũng có cảm giác tượng đang hướng ánh nhìn về phía mình.
Những hiện vật còn lưu giữ tại chùa là minh chứng cho quá trình hình thành, phát triển của ngôi chùa qua nhiều thế kỷ. Việc bảo tồn các pho tượng, bia đá và kiến trúc cổ không chỉ giữ lại giá trị vật chất của di tích, mà còn duy trì không gian văn hóa, tín ngưỡng gắn bó với cộng đồng dân cư địa phương.
Bên cạnh những giá trị về kiến trúc và mỹ thuật, chùa Đào Xuyên còn là nơi ghi dấu nhiều hoạt động quan trọng của phong trào cách mạng. Thời kỳ từ năm 1941 đến năm 1945, chùa là cơ sở hoạt động bí mật của Trung ương Đảng và Xứ ủy Bắc Kỳ. Chùa từng là nơi đặt cơ quan bí mật của Huyện ủy Gia Lâm, là một địa điểm đào tạo cán bộ.
Trong khuôn viên chùa còn có hầm bí mật từng được sử dụng để che giấu, bảo vệ cán bộ trong những thời điểm địch truy quét. Không gian tưởng như chỉ dành cho sinh hoạt tôn giáo này đã trở thành nơi che chở, nuôi dưỡng phong trào đấu tranh cách mạng của nhân dân ta.
Thượng tọa Thích Thanh Quy, Trụ trì chùa Đào Xuyên cho biết, thời kỳ kháng chiến chống thực dân Pháp, chùa là nơi in, phân phối các tài liệu tuyên truyền của cách mạng. Lúc bấy giờ, nhà chùa đã dành hai gian thờ Mẫu làm nơi đặt máy in, trực tiếp in tài liệu tuyên truyền, đồng thời bảo vệ cán bộ hoạt động bí mật.
Những hoạt động cách mạng diễn ra tại chùa trong giai đoạn này đã góp phần xây dựng cơ sở; bảo vệ và phát triển lực lượng cách mạng; tuyên truyền, vận động quần chúng. Qua đó, góp công vào thắng lợi của cuộc Cách mạng Tháng Tám năm 1945. Trong giai đoạn kháng chiến chống Mỹ, cứu nước nơi đây từng được chọn làm trạm chỉ huy của Bộ Chỉ huy Phòng không-Không quân.
Khu vực từng đặt máy in, nay được xây dựng thành nhà lưu niệm, trưng bày hình ảnh, tư liệu về các giai đoạn hoạt động cách mạng tại chùa. Sư cụ Thích Thông Thiết sau này được Nhà nước công nhận là liệt sĩ vì đã hy sinh trong cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp.
Năm 1990, chùa Đào Xuyên được xếp hạng Di tích Kiến trúc nghệ thuật cấp quốc gia; đồng thời được thành phố Hà Nội gắn biển ghi nhận địa điểm lưu niệm sự kiện cách mạng kháng chiến năm 2011.
Từ góc độ quản lý địa phương, ông Dương Đăng Hòa, Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã Bát Tràng (Hà Nội) cho biết, việc bảo tồn, phát huy giá trị chùa Đào Xuyên luôn được địa phương quan tâm.
Bên cạnh công tác bảo vệ kiến trúc, hiện vật, xã chú trọng tuyên truyền giúp cộng đồng nâng cao nhận thức về trách nhiệm trong gìn giữ di sản. Địa phương cũng ứng dụng công nghệ vào công tác bảo tồn, quảng bá. Chùa hiện đã được lắp đặt bảng giới thiệu tích hợp mã QR, giúp người dân và du khách dễ dàng tra cứu thông tin.
Cùng với đó, các tư liệu về tượng Quan Âm Thiên Thủ Thiên Nhãn, bia đá cổ, kết cấu kiến trúc và các chi tiết nghệ thuật của chùa được lưu giữ bằng hình thức số hóa 2D. Kho dữ liệu này được tích hợp đồng bộ vào thư viện số của ngành văn hóa Hà Nội, phục vụ tra cứu, nghiên cứu khoa học và làm cơ sở cho công tác bảo tồn lâu dài.
