Trong những năm qua, kim ngạch xuất khẩu cà-phê của Việt Nam tuy có tăng nhưng chủ yếu nhờ giá cà-phê thế giới tăng chứ không phải do chất lượng được cải thiện.
Báo cáo của Hiệp hội càphê, ca cao Việt Nam phân tích: Nhiều năm qua, các địa phương chỉ tập trung phát triển diện tích mà chưa hướng dẫn nông dân kỹ thuật thu hái và quy trình bảo quản sau thu hoạch để tăng chất lượng hạt cà-phê. Ngoài khâu sản xuất, khâu bảo quản chế biến cà-phê hiện nay cũng có nhiều vấn đề. Sân phơi, thiết bị sấy, máy xay xát, máy sàng cà-phê và cơ sở chế biến, đóng gói, bảo quản chưa bảo đảm cho nên cũng ảnh hưởng đến chất lượng cà-phê nhân của Việt Nam. Theo phân tích, thu hoạch cà-phê xanh làm giảm 20-30% sản lượng, mỗi năm thiệt hại 100.000 tấn sản phẩm. Giá bán cà-phê do thu hoạch xanh giảm tới 10-15%, thiệt hại cho cả người trồng, chế biến, tiêu thụ cà-phê…
Bên cạnh đó, theo Trung tâm Khuyến nông quốc gia, ngành cà-phê Tây Nguyên và cả nước đang đối mặt với nhiều thách thức trong quá trình phát triển bền vững, nhất là sự yếu kém trong quản lý chất thải và sử dụng vật tư nông nghiệp. Bởi vậy, để nâng cao chất lượng cà-phê cần nâng cao nhận thức cho cán bộ khuyến nông, khuyến nông cộng đồng, nông dân, người sản xuất cà-phê và các đối tác về tác hại từ việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật đến môi trường.
Đồng thời, cần tăng cường ứng dụng quản lý dịch hại tổng hợp, quản lý sức khỏe cây trồng tổng hợp, áp dụng quy trình sản xuất an toàn để thay thế, giảm đến mức thấp nhất sử dụng phân bón, thuốc bảo vệ thực vật hóa học trong canh tác. Ngoài ra, tập trung hướng dẫn nông dân áp dụng các biện pháp thu gom và quản lý chất thải trong sản xuất cà-phê; nâng cao trách nhiệm sử dụng vật tư nông nghiệp đầu vào (giống, thuốc trừ sâu bệnh, thuốc diệt cỏ, phân bón, nước tưới…) một cách hiệu quả; góp phần nâng cao chất lượng sản phẩm, bảo vệ sức khỏe cộng đồng và bảo vệ môi trường sinh thái...