Vua đi đánh giặc phương Nam, bà đã thay chồng trị nước, sau này bà lại giúp con (Vua Lý Nhân Tông) cùng Lý Thường Kiệt đập tan cuộc xâm lược của nhà Tống. Trong lúc nhiếp chính, bà chú trọng củng cố chính trị, quân sự, chú trọng quyền lợi phụ nữ,v.v. Nhớ ơn công đức của bà, dân chúng tôn bà là "Quan Âm", hiện còn đền thờ bà ở Hải Dương.
Ỷ Lan - có thuyết cho rằng tên thật của bà là Lê Thị Yến Loan - là một cô gái hái dâu, chăn tằm ở ngoại thành Thăng Long thời Lý. Ỷ Lan ra đời ở làng Thổ Lỗi (làng Sủi sau đổi là Siêu Loại, nay là xã Dương Xá, huyện Gia Lâm - Hà Nội) - năm nào không rõ, sử sách chỉ ghi lờ mờ: bà mất ở kinh thành Thăng Long vào năm 1117 - trên dưới 70 tuổi - thời Lý Nhân Tông. Sách Mộng khê bút đàm của Thẩm Hoạt có chép "Nhật Tôn (tức Lý Thánh Tông) mất, Càn Đức (Lý Nhân Tông) lên, dùng quan là Lý Thượng Cát (Lý Thường Kiệt) và mẹ là thái phi Lê Thị Yến Loan cùng coi việc nước".
Câu chuyện Yến Loan vào cung vua Lý, đó là một giai thoại người người đều nghe, đều biết.
Thuở ấy vào năm Quý Mão (1063) Lý Thánh Tông đã đến bốn mươi tuổi. Vua chưa có con trai để truyền ngôi báu, đêm ngày triều thần lo ngại. Vua bèn thân hành đi cầu tự khắp các chùa chiền, miếu mạo nhưng không hiệu nghiệm, Lý Thánh Tông lo lắng cho triều đình nhà Lý và xã tắc Đại Việt. Một sớm mùa xuân, vua về viếng thăm chùa Dâu (tổng Dương quang phủ Thuận Thành) dân làng mở hội nghênh giá. Thánh Tông hoàng đế cùng hòa vào dân chúng trong hội làng đông vui. Trai gái, già trẻ các làng đều ra rước vua. Đoàn xa giá của vua đi đến đâu, các làng lân cận nô nức, đổ xô về phía ấy. Duy chỉ cô thôn nữ xinh đẹp của làng Sủi vẫn điềm nhiên hái dâu, xem việc ngự giá của vua không có quan hệ gì đến mình. Cô gái vẫn miệt mài bên bãi dâu, mặc cho đoàn ngự diễu qua. Lý Thánh Tông lấy làm lạ, bèn cho đòi người con gái có vẻ "kiêu căng" đang đứng bên nương dâu kề gốc lan ấy đến trước kiệu rồng để hỏi. Cô gái ung dung nhẹ nhàng tới quỳ tâu: Thiếp là con nhà nghèo hèn, phải làm lụng đầu tắt mặt tối, phụng dưỡng cha mẹ có đâu dám mong đi xem rước và nhìn mặt rồng".
Vua thấy cô gái ăn mặc quê mùa, nhưng cử chỉ đoan trang dịu dàng, lời lời phong nhã, đối đáp phân minh, lễ nghĩa khác hẳn những người con gái mà vua đã từng gặp. Vua yêu vì sắc, trọng vì nết, nên cho cô gái theo long giá về kinh đô. Cô gái làng quê được đón về cung vua ấy là Yến Cô Nương xinh đẹp, nết na của làng Siêu-Loại (Sủi). Nhưng Lý Thánh Tông là ông vua chăm việc nước, luôn luôn thân chinh dẹp giặc. Vua ít nhàn rỗi để ngự tới cung Ỷ Lan. Đương lúc cung Ỷ Lan vắng tiếng đàn, tiếng sáo, thì bỗng một hôm sau khi Thánh Tông đi trảy hội chùa Thổ Lỗi, cung Ỷ Lan lại nhộn nhịp hơn xưa. Yến Cô Nương nhờ "thông minh vốn sẵn tư trời" được học tập, trau dồi đã trở thành một cung phi "nổi danh tài sắc một thời" kinh sử làu thông, văn chương uyên bác. Lý Thánh Tông đem lòng yêu mến, phong làm Ỷ Lan phu nhân, lấy tên cung Ỷ Lan và cũng có ý kỷ niệm cô gái đứng tựa bên gốc lan, khi tuân lệnh đến bệ kiến buổi đầu ở làng Sủi (Siêu Loại).
Sau đó (1066), Ỷ Lan sinh hạ được một hoàng tử lấy tên là Kiền Đức. Kiền Đức trán cao, tay dài quá gối, thông minh, tuấn tú, vua càng yêu dấu hơn, Yến Loan được tôn là Ỷ Lan nguyên phi - đứng đầu các cung phi, sau thái hậu; con trai được lập làm thái tử.
Năm Kỷ Dậu (1069), Lý Thánh Tông thân chinh đi đánh giặc ngoại xâm. Trong khi vua cùng Lý Thường Kiệt ở ngoài biên cương, Ỷ Lan nguyên phi đảm đang, chăm lo quốc sự, trị nước điều khiển có kỷ cương khiến thần dân thán phục, cõi nước được yên vui. Lý Thánh Tông từ ngoài biên ải đánh trận lâu ngày không thắng, chán nản rút quân quay về. Về chưa đến nơi, nghe dân chúng Châu Cư Liên (Tiên Lữ, Hải Hưng) ca ngợi nguyên phi Ỷ Lan ở nhà trị nước rất giỏi, lòng dân cảm hóa, được suy tôn là bà Quan Âm, vua Thánh Tông tự trách mình: "Nguyên phi là đàn bà còn làm được như thế, ta là đàn ông há thua sao! Vua lại tiếp tục trở ra đánh giặc, lần này thắng trận. Năm đó, mùa hạ vua đem quân về ca khúc khải hoàn, đại xá cho thiên hạ, giảm thuế khóa, phát tiền lụa, thóc cho dân nghèo. Ỷ Lan rất nhân từ dạy con ngoan, đào tạo con trở thành một nhà vua anh minh sau này; lại lo cho dân giàu nước mạnh, yêu thương nhân dân được mọi người kính phục.
Năm Nhâm Tý (1072) tháng giêng mùa xuân, Lý Thánh Tông mất ở điện Hội Tiên. Hoàng thái tử Kiền Đức lên ngôi vua, tức vua Lý Nhân Tông. Khi ấy vua mới lên bảy, tôn mẹ là Ỷ Lan nguyên phi lên làm Linh Nhân hoàng thái hậu. Ỷ Lan vừa giúp coi triều chính, vừa làm nhiệm vụ bà mẹ dạy dỗ con. Trong khi vua còn thơ ấu, Ỷ Lan điều khiển cả quốc gia, cùng tể tướng Lý Thường Kiệt chủ trương đánh quân Tống xâm lược. Hai lần quân Tống đến (1075, 1077) vua Lý Nhân Tông chưa quá 10 tuổi, Ỷ Lan đã cùng Thái sư Lý Đạo Thành lo việc binh lương chuyển ra tiền tuyến. Trong lúc Tổ quốc lâm nguy Ỷ Lan đã cùng Lý Thường Kiệt giữ vững giang sơn, xã tắc; công ấy đời sau còn nhắc mãi.
Ỷ Lan xuất thân là một thôn nữ, nên hiểu thấu những khổ đau của người phụ nữ nông dân vì nghèo khổ phải đem thân gán nợ cho nhà giàu, bà cho xuất của trong kho chuộc về, và xây dựng chồng con hạnh phúc cho họ. Về việc này Ngô Sĩ Liên đã có lời bàn: "Con gái nghèo đến nỗi phải đợ mình làm mướn, con trai nghèo đến nỗi không vợ đó là cùng dân của thiên hạ. Thái hậu (tức Ỷ Lan) đổi mệnh cho họ cũng là việc nhân chính vậy!". Ỷ Lan không những sửa sang việc quốc chính, tăng cường quân đội, bố phòng, chăm lo việc mở mang dân trí, việc thi cử học hành và còn ban hành nhiều điều ích quốc lợi dân. Ỷ Lan còn khuyên vua làm điều thiện, trị điều ác. Bà hiểu những gian nan của nông dân khi việc nông trang cày bừa không có trâu cày. Ỷ Lan bảo vua phạt tội nặng những kẻ trộm trâu và giết trâu bừa bãi; có lần bà đã nói với vua: "Gần đây người kinh thành và làng ấp đã có kẻ trốn đi chuyên nghề trộm trâu. Nông dân cùng quẫn. Mấy nhà phải cày chung một trâu. Trước đây, ta đã từng mách việc ấy, và nhà nước đã ra lệnh cấm. Nhưng nay việc giết trâu lại có nhiều hơn trước". Nhân Tông bèn ra lệnh phạt rất nặng những người trộm và giết trâu, phạt cả vợ con và hàng xóm vì tội không tố giác.
Sống trong lầu son, gác tía mà lúc nào Ỷ Lan cũng không quên đến người nghèo, Ỷ Lan vẫn chăm sóc đến đời sống cùng cực của nông dân lao động. Cũng như Lý Thánh Tông, Ỷ Lan thường phát chẩn thóc lúa cho kẻ nghèo. Bà sùng đạo Phật, ưa làm việc từ thiện lập nhiều đình chùa.
Bà thường lui tới các đình chùa, trao đổi với các tăng ni thuyết giáo đạo Phật. Năm 1096, bà bày cỗ chay ở chùa Khai Quốc (tức sau là chùa Trấn Quốc ở Thăng Long) thết các sư. Tiệc xong, bà ngồi kê cứu đạo Phật với các vị sư già học rộng. Bà hỏi về nguồn gốc đạo Phật ở các nước và ở ta. Bà có óc phán đoán đòi hỏi các sư "nói có sách mách có chứng". Chính nhờ câu chuyện giữa bà và các vị sư thời Lý (sách Thiên uyển tập anh ngữ lục đời Trần còn ghi lại tường tận chuyện này), mà đến nay ta còn biết gốc tích sự truyền bá đạo Phật vào nước ta. Có lần bà đến chùa Phổ Minh (Từ Liêm) tranh luận với sư Thông Biến về những điều của Phật giáo. Bà cũng có làm những bài kinh, có câu kệ còn truyền lại đến ngày nay:
Sắc là không, không tức sắc
Không là sắc, sắc tức không
Sắc? Không? thôi mặc cả,
Mới thấu được chân tông
Là một nữ nông dân nghèo, được hưởng phú quý vinh hoa, bà vẫn cho là điều "sắc sắc, không không", đó là phù vân... Bà là một người phụ nữ vương giả, ngọc ngà vàng son không làm vẩn đục tâm hồn bà, cũng là một phụ nữ hiếm có trong lịch sử nghìn năm trước.
Ngày 25 tháng 7 năm Đinh Dậu, Hội tường đại khánh năm thứ 8 (1117) đời Lý Nhân Tông, bà mất, được hỏa táng, dâng thụy là Phù Thánh Linh Nhân Hoàng thái hậu, mai táng ở Thọ Lăng phủ Thiên Đức. Hiện nay còn miếu thờ bà ở hai xã Cẩm Đới và Cẩm Cầu huyện Gia Lộc, tỉnh Hải Dương.
