Ngoài ra, thành phố còn có hàng nghìn cơ sở chế biến nông sản nhỏ lẻ, hộ gia đình thực hiện sơ chế, chế biến, bảo quản để phục vụ tiêu dùng ở địa phương, góp phần thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu sản xuất nông nghiệp, phát triển sản xuất nông sản hàng hóa, hình thành vùng sản xuất chuyên canh tập trung và phát triển kinh tế khu vực nông thôn.
Tuy nhiên, phần lớn các cơ sở chế biến thực phẩm nông, lâm, thủy sản trên địa bàn thành phố có quy mô vừa và nhỏ, chưa tương xứng tiềm năng phát triển công nghiệp chế biến và nhu cầu tiêu dùng đòi hỏi ngày càng cao của người dân Thủ đô. Nhiều sản phẩm chế biến thô, trong khi tỷ lệ sản phẩm chế biến sâu, có giá trị gia tăng cao còn thấp và chưa tạo ra được sản phẩm có thương hiệu riêng. Tình trạng “được mùa-mất giá”, dư thừa nông sản khi vào chính vụ vẫn diễn ra thường xuyên, nhất là đối với rau, củ, quả thu hoạch theo mùa vụ, như các loại quả có múi, rau xanh, hoa tươi.
Thậm chí, không ít nông sản chính vụ thu hoạch không tiêu thụ được phải vứt bỏ lãng phí, ảnh hưởng thu nhập của nông dân. Cơ chế, chính sách khuyến khích đầu tư phát triển sản xuất nông nghiệp chưa đủ mạnh để thu hút được các doanh nghiệp đầu tư vào lĩnh vực chế biến nông sản, giết mổ gia súc, gia cầm...
Để phát triển ngành chế biến nông, lâm, thủy sản, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội cần tiếp tục có cơ chế, chính sách hỗ trợ, khuyến khích, nhất là chính sách về đất đai, giải phóng mặt bằng, đầu tư hạ tầng kết nối từ nhà máy sản xuất đến vùng nguyên liệu, để thu hút doanh nghiệp, các tập đoàn lớn đầu tư phát triển công nghiệp chế biến. Ngành nông nghiệp và các địa phương cần tăng cường xây dựng các vùng sản xuất hàng hóa tập trung gắn với phát triển vùng nguyên liệu; xây dựng chuỗi sản xuất, bảo quản, chế biến, tiêu thụ sản phẩm; đầu tư, hỗ trợ cơ sở hạ tầng, trang thiết bị máy móc, công nghệ và xây dựng, hoàn thiện hệ thống truy xuất nguồn gốc điện tử, cấp mã vùng đối với nông sản.
Cùng với đó, ngành nông nghiệp phối hợp các địa phương xây dựng thương hiệu, nhãn hiệu, xúc tiến thương mại, quảng bá tiêu thụ sản phẩm đối với nông sản chế biến; hỗ trợ các cơ sở giết mổ, chế biến nông sản áp dụng hệ thống chứng nhận chất lượng quốc tế nhằm nâng cao năng lực cạnh tranh tại thị trường trong nước và xuất khẩu.