Cựu Thứ trưởng Tài nguyên và Môi trường Nguyễn Linh Ngọc cùng Nguyễn Văn Thuấn, cựu Tổng cục trưởng Địa chất và Khoáng sản và 5 cựu cán bộ của Bộ Tài nguyên và Môi trường bị Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Ông Đoàn Văn Huấn, Chủ tịch Công ty Thái Dương, bị truy tố về 3 tội: “Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên”; “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” và “Gây ô nhiễm môi trường”.
19 người còn lại bị đề nghị truy tố về các tội danh khác nhau như: “Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên”; “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”; “Gây ô nhiễm môi trường”; “Buôn lậu”; “Tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có”.
Theo cáo trạng, Bộ Tài nguyên và Môi trường chịu trách nhiệm trước Chính phủ liên quan quản lý nhà nước về khoáng sản trên cả nước, trong đó có trách nhiệm cấp, gia hạn, thu hồi giấy phép khoáng sản. Ông Nguyễn Linh Ngọc là Thứ trưởng được phân công phụ trách lĩnh vực này.
Ngày 24/5/2011, Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam nhận được hồ sơ xin cấp phép khai thác đất hiếm tại mỏ Yên Phú, huyện Văn Yên, tỉnh Yên Bái của Công ty Thái Dương. Doanh nghiệp đã lập và được phê duyệt dự án đầu tư xây dựng công trình khai thác và chế biến quặng đất hiếm. Chính ông Nguyễn Linh Ngọc đã ký báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ về việc cấp giấy phép, nêu rõ "hồ sơ đề nghị cấp phép đã đủ điều kiện".
Thời điểm này do có sự thay đổi về Luật Khoáng sản, Chính phủ chỉ đạo tạm dừng cấp phép khai thác khoáng sản trên cả nước để chờ hướng dẫn nên Bộ Tài nguyên và Môi trường chưa cấp phép cho Công ty Thái Dương.
Ngày 14/12/2012, Văn phòng Chính phủ có công văn gửi Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Công thương, UBND tỉnh Yên Bái thông báo ý kiến của Thủ tướng Chính phủ: "Đồng ý về nguyên tắc việc khai thác, chế biến quặng đất hiếm Yên Phú với điều kiện "Quặng đất hiếm phải chế biến sâu, không xuất khẩu quặng thô và thực hiện các nghĩa vụ theo quy định của pháp luật về khoáng sản; không chuyển nhượng quyền khai thác cho tổ chức, cá nhân nước ngoài".
Nhận văn bản trên, ông Nguyễn Linh Ngọc đã chỉ đạo Tổng cục Địa chất và Khoáng sản hoàn thiện hồ sơ cấp phép cho Công ty Thái Dương.
Để được cấp phép, Công ty Thái Dương phải lập, bổ sung dự án "đầu tư xây dựng tổ hợp chế biến sâu đất hiếm" (gọi tắt là dự án chế biến sâu) để trình cơ quan có thẩm quyền thẩm định, xin ý kiến Chính phủ, trong đó có hai hạng mục là nhà máy thủy luyện, chế biến ô-xít đất hiếm ở Yên Bái và nhà máy chiết tách, chế biến ô-xít đất hiếm ở Hải Phòng.
Sau khi được Chính phủ chấp thuận chủ trương, tháng 6/2013, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã thẩm định, cấp giấy phép khai thác khoáng sản cho Công ty Thái Dương theo Luật Khoáng sản 2010 và chỉ thị của Chính phủ.
Dự án khai thác chế biến đất hiếm của Công ty Thái Dương đã thay đổi cả về quy mô và tính chất nhưng hồ sơ xin cấp phép của công ty này chỉ có giấy chứng nhận đầu tư dự án khai thác, tuyển quặng do UBND tỉnh Yên Bái cấp ngày 28/4/2011.
Cáo trạng chỉ rõ, giấy này đã hết hạn trước thời điểm được cấp phép mà chưa được gia hạn hoặc cấp mới. Công ty Thái Dương cũng không có giấy chứng nhận đầu tư dự án nhà máy thủy luyện Yên Bái và dự án nhà máy chiết tách Hải Phòng do vốn chủ sở hữu của Thái Dương cũng không bảo đảm tỷ lệ vốn chủ sở hữu ít nhất bằng 30% tổng số vốn đầu tư của dự án. Thực tế, Công ty Thái Dương chỉ có 200 tỷ đồng trên tổng mức đầu tư gần 2.000 tỷ đồng.
Theo cáo buộc của Viện Kiểm sát, các bị can là cán bộ của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường được giao nhiệm vụ thẩm định hồ sơ nhưng không làm đúng theo quy định mà dùng kết quả thẩm định cũ từ năm 2011, khi Công ty Thái Dương nộp hồ sơ lần đầu. Những người này biết rõ hồ sơ xin cấp phép của doanh nghiệp chưa đủ điều kiện để được cấp giấy phép khai thác khoáng sản nhưng vẫn báo cáo đề xuất lãnh đạo Bộ cấp giấy phép.
Viện Kiểm sát xác định, những sai phạm kéo dài dẫn đến trong thời gian từ năm 2019 đến tháng 10/2023, Công ty Thái Dương đã khai thác trái phép quặng đất hiếm và quặng sắt tại mỏ đất hiếm Yên Phú. Trong đó, bán trái phép hơn 10,2 triệu kg đất hiếm, thu lợi bất chính hơn 736 tỷ đồng. Hiện còn tồn kho tại mỏ Yên Phú số quặng đất hiếm và quặng sắt trị giá hơn 128 tỷ đồng.
Hành vi của cựu Thứ trưởng Nguyễn Linh Ngọc và 6 cựu cán bộ Bộ Tài nguyên và Môi trường bị cáo buộc đã gây thất thoát khoáng sản với giá trị hơn 736 tỷ đồng.
