Tăng áp lực, giảm sức cạnh tranh
Thực tế, Việt Nam là quốc gia nông nghiệp với hơn 60% dân số sống ở khu vực nông thôn. Nông nghiệp cũng được xác định là trụ đỡ của nền kinh tế, theo đó, các ngành hàng sản xuất, kinh doanh nông sản ở Việt Nam rất lớn, song đa phần khối lượng hàng xuất khẩu lại là các sản phẩm sơ chế; trong đó ngành cà-phê xuất khẩu gần 90% và ngành hạt tiêu xuất khẩu đến 95% lượng sản xuất. Khi doanh nghiệp sơ chế nông sản trở thành đối tượng điều chỉnh chịu thuế VAT, thì các doanh nghiệp thuộc nhóm ngành hàng này đều gặp nhiều khó khăn với việc xác định trách nhiệm thuế và hoạt động hoàn thuế.
Là một doanh nghiệp xuất khẩu nông sản, hàng hóa xuất khẩu của Công ty cổ phần Phúc Sinh chiếm tỷ lệ gần 100%. Chia sẻ về những vướng mắc mà doanh nghiệp đang từng ngày phải đối mặt, ông Phạm Minh Thông, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty cổ phần Phúc Sinh, cho biết, nhiều khi chỉ có một vài hóa đơn vài triệu đồng gặp khó khăn trong xác minh thì cả bộ hồ sơ hàng chục tỷ đồng gửi đến hoàn thuế cũng bị ách theo. Ở đây, doanh nghiệp bị quy lỗi trách nhiệm của người mua hàng trong khi dù cố gắng đến mấy, doanh nghiệp cũng không thể lường trước được những gì diễn ra với các đối tác...
Mặt khác, theo ông Thông, quy trình thu trước - hoàn thuế sau đã làm phát sinh chi phí thời gian, tiền bạc, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh. Để tháo gỡ nút thắt này, về mặt pháp lý, cần xác định các sản phẩm nông nghiệp sơ chế là đối tượng không chịu thuế, thay cho phải chạy theo "vòng lặp" thu trước- hoàn thuế sau khi xuất khẩu nông sản.
Thấu hiểu và đồng cảm với những lo lắng, khó khăn của cộng đồng doanh nghiệp, cuối tháng 10/2025 vừa qua, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã có văn bản kiến nghị với Thủ tướng Chính phủ về việc khôi phục hoặc khôi phục có thời hạn quy định không phải kê khai, tính thuế VAT với sản phẩm nông nghiệp sơ chế. Trong văn bản này, VCCI đã báo cáo nhiều vướng mắc, phát sinh khi áp dụng Luật Thuế VAT và các văn bản hướng dẫn thi hành. Cụ thể, theo quy định hiện hành, các sản phẩm chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc sơ chế thông thường bị áp thuế VAT ở mức 5%. Trên thực tế các sản phẩm nông nghiệp chủ yếu chỉ trải qua các công đoạn sơ chế như: bóc vỏ, phơi, sấy, xát, không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất.
Chính vì vậy, VCCI cho rằng, việc áp thuế VAT 5% với nhóm hàng hóa nông sản này là chưa phù hợp bản chất thuế VAT vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất, kinh doanh. Đặc biệt, cơ chế "thu trước, hoàn sau" thuế VAT đang khiến các doanh nghiệp, hộ kinh doanh nông sản phải ứng trước một lượng vốn lớn để thực hiện nghĩa vụ thuế VAT, trong khi lợi nhuận biên của các ngành hàng này rất thấp. Điều này làm tăng giá thành xuất khẩu, khiến hàng nông sản Việt mất lợi thế cạnh tranh so các quốc gia như: Brazil, Indonesia hay Ấn Độ, nơi hàng nông sản thô được miễn hoặc áp thuế VAT 0%...
Minh bạch cơ chế hoàn thuế, khắc phục tình trạng đọng vốn
Về cơ chế hoàn thuế VAT, theo bà Vũ Thu Ngà, Phó Tổng Giám đốc Dịch vụ Tư vấn Thuế, Deloitte Việt Nam, Luật Thuế VAT hiện hành cùng các văn bản hướng dẫn đã cơ bản giải quyết được các vướng mắc trọng yếu, song việc triển khai trên thực tế vẫn tồn tại không ít điểm nghẽn. Hoạt động hoàn thuế VAT là công cụ tài chính quan trọng giúp doanh nghiệp tái đầu tư, phục hồi tăng trưởng. Khi tính minh bạch, nhất quán và tốc độ xử lý được cải thiện, cơ chế hoàn thuế sẽ phát huy vai trò như một "chất xúc tác" cho nền kinh tế.
Thực tế, trên thế giới, chưa có quốc gia nào có quy trình hoàn thuế hoàn hảo mà không phát sinh vướng mắc. Do vậy, theo ông Trần Văn Liêng, thành viên Hội đồng quản trị Vinacacao, thủ tục hoàn thuế ở Việt Nam có khó khăn cũng là điều bình thường. Vấn đề là cần có sự nhìn nhận một cách thấu đáo, từ đó tháo gỡ vướng mắc để quy trình, thủ tục hoàn thuế được thực hiện rõ ràng, minh bạch; doanh nghiệp vừa tuân thủ quy định về thuế, vừa coi đây là động lực phát triển.
Ở góc độ cơ quan quản lý nhà nước, trong quá trình triển khai Luật Thuế VAT, với tinh thần đồng hành cùng doanh nghiệp, Bộ Tài chính đã kịp thời tiếp thu phản ánh của nhiều doanh nghiệp và xác định rõ những điểm vướng mắc. Theo đánh giá của Bộ Tài chính, chính sách hiện hành tạo ra sự bất bình đẳng giữa hàng sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu do nông sản, thủy sản nhập khẩu vào Việt Nam không chịu thuế VAT trong khi tám ngành hàng nông sản xuất khẩu của Việt Nam thì lại thuộc diện đối tượng chịu thuế. "Điều này vô hình trung khiến doanh nghiệp sản xuất trong nước gặp bất lợi", Bộ Tài chính nhấn mạnh.
Dự thảo Luật tập trung vào ba nội dung chính nhằm tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp: Thứ nhất, đưa lại quy định không phải kê khai, tính nộp thuế VAT nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường ở khâu thương mại. Theo đó, doanh nghiệp không phải ứng vốn nộp 5% thuế đầu vào, khắc phục tình trạng đọng vốn và "thu rồi lại hoàn" đối với hàng nông sản xuất khẩu.
Thứ hai, sửa đổi chính sách thuế VAT đối với sản phẩm nông nghiệp chưa chế biến/sơ chế được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi. Theo đó, cơ sở sản xuất thức ăn chăn nuôi sẽ không phải trả 5% thuế VAT đầu vào như quy định hiện hành.
Thứ ba, bỏ quy định điều kiện hoàn thuế VAT là "người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế" để rút ngắn thời gian hoàn thuế, loại bỏ rủi ro phải chờ xác minh việc nộp thuế của đối tác, bảo đảm quyền lợi chính đáng, phù hợp nguyên tắc trách nhiệm độc lập của từng doanh nghiệp.
Nếu được Quốc hội thông qua tại Kỳ họp này, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế VAT sẽ có hiệu lực từ ngày 1/1/2026, thay thế các quy định hiện hành ■
Trong bối cảnh bão lũ gây thiệt hại nặng nề đối với ngành nông nghiệp, đồng thời xét đến tính cấp bách của vấn đề, Chính phủ đã trình Quốc hội xem xét sửa đổi Luật Thuế VAT theo quy trình rút gọn ngay tại kỳ họp Quốc hội này, dù Luật mới chính thức có hiệu lực từ ngày 1/7/2025.
