Theo đó, trong Luật Thuế bảo vệ môi trường năm 2010 quy định: "Thuế bảo vệ môi trường là loại thuế gián thu, thu vào sản phẩm, hàng hóa khi sử dụng gây tác động xấu đến môi trường".
Các mặt hàng xăng, dầu, than thuộc diện đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường. Lý do các mặt hàng này được đưa vào diện chịu thuế là do tác động xấu đến môi trường khi bị đốt cháy, thải ra các loại khí gây ô nhiễm.
Trong Tờ trình số 24/TTr-CP ngày 6/4/2010 của Chính phủ trình Quốc hội về dự án Luật Thuế bảo vệ môi trường, lý do để đưa mặt hàng than vào diện chịu thuế là vì "Khi than được sử dụng cho mục đích đốt cháy sẽ xả thải ra môi trường các loại khí như CO2, SO2 đều là các khí gây ảnh hưởng xấu đến sức khỏe con người".
Tuy nhiên, tại Dự thảo Nghị định quy định về phí bảo vệ môi trường đối với khí thải (sau đây gọi tắt là Dự thảo) quy định về phí bảo vệ môi trường đối với khí thải lại tiếp tục đề nghị đánh phí đối với khí thải công nghiệp như: bụi, CO, SOx, NOx.
Như vậy, các cơ sở công nghiệp sử dụng than, và xăng dầu để đốt cháy trong quá trình sản xuất sẽ tiếp tục phải đóng phí bảo vệ môi trường trùng lặp với thuế bảo vệ môi trường cho cùng một hành vi.
Báo cáo thẩm tra về dự án Luật Thuế bảo vệ môi trường số 1287/BC-UBTCNS12 ngày 21/4/2010 của Ủy ban Tài chính-Ngân sách Quốc hội khóa XII cũng có nêu nguy cơ chồng chéo giữa phí bảo vệ môi trường và thuế bảo vệ môi trường đối với mặt hàng than.
VCCI đánh giá, phí bảo vệ môi trường có ưu điểm hơn thuế bảo vệ môi trường trong việc tác động thay đổi hành vi. Phí bảo vệ môi trường kiểm soát đầu ra, tức là bao gồm cả các yếu tố về công nghệ đốt, biện pháp xử lý khí thải và địa điểm xả thải, đây là những yếu tố mà thuế bảo vệ môi trường không kiểm soát được.
Như vậy, phí bảo vệ môi trường có tác dụng tạo động lực để chủ nguồn thải cải tiến công nghệ đốt, tăng cường biện pháp xử lý khí thải và thay đổi địa điểm xả thải phù hợp hơn. Tuy nhiên, việc giám sát thu phí bảo vệ môi trường phức tạp hơn so với thuế bảo vệ môi trường.
Chính vì vậy, VCCI đề nghị cơ quan soạn thảo điều chỉnh nội dung của Dự thảo nhằm tránh sự chồng chéo trên, đồng thời đưa ra một số phương án.
Trong đó, quy định việc khấu trừ thuế bảo vệ môi trường gián thu mà cơ sở sản xuất đã phải chịu khi mua than, xăng, dầu đầu vào để phục vụ quá trình sản xuất khi kê khai nộp phí bảo vệ môi trường đối với khí thải đầu ra.
Trong trường hợp thấy rằng việc giám sát khấu trừ thuế quá phức tạp và tốn kém chi phí hành thu thì có thể trình Quốc hội bãi bỏ thuế bảo vệ môi trường đối với than, mà thay vào đó là chỉ thu phí bảo vệ môi trường.
Với khu vực phát thải, VCCI cho rằng, Dự thảo hiện chưa có quy định phân hóa mức phí bảo vệ môi trường theo địa điểm phát thải. Trên thực tế, việc phát khí thải tại các khu vực đô thị, khu dân cư tiềm ẩn nguy cơ gây tác động xấu đến sức khỏe con người nhiều hơn so với tại các khu vực ngoài đô thị.
Do đó, đề nghị cơ quan soạn thảo cân nhắc phương án tập trung thu phí bảo vệ môi trường đối với các nguồn thải trong khu đô thị, khu dân cư mà tạm chưa thu hoặc thu phí ở mức thấp hơn đối với các khu vực khác.
Chính sách này sẽ tạo động lực để các doanh nghiệp đặt hoặc di dời các cơ sở sản xuất đến các khu vực ngoài đô thị, giúp giảm tình trạng ô nhiễm môi trường trong các khu đô thị tập trung.
