Theo Quy chế, Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng chủ động trao đổi, thông báo với Đảng ủy các xã biên giới về tình hình nhiệm vụ công tác biên phòng ở địa phương và tình hình biên giới có liên quan; phối hợp thống nhất với Đảng ủy các xã biên giới các chủ trương, biện pháp kết hợp giữa nhiệm vụ phát triển kinh tế-xã hội với xây dựng, quản lý, bảo vệ chủ quyền lãnh thổ, an ninh biên giới ở địa phương.
Lãnh đạo, chỉ đạo các đồn Biên phòng thường xuyên thông báo với Đảng ủy các xã biên giới về tình hình đường biên, mốc giới, khu vực biên giới đơn vị phụ trách; các chủ trương, đối sách về công tác biên phòng; tích cực tham gia xây dựng cơ sở chính trị, quốc phòng-an ninh, phát triển kinh tế-xã hội, xóa đói giảm nghèo ở địa phương.
Thông báo với Đảng ủy các xã biên giới về công tác cán bộ cấp Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng và cấp đồn Biên phòng khi có quyết định điều động, bổ nhiệm của Đảng ủy, Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng. Chỉ đạo Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng phối hợp Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy các xã biên giới thực hiện công tác kiểm tra, giám sát, xem xét giải quyết tố cáo, khiếu nại, kỷ luật đối với đảng viên là cán bộ Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tham gia Đảng ủy xã biên giới.
Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng báo cáo Ban Thường vụ Đảng ủy Quân sự tỉnh phối hợp với Ban Thường vụ Đảng ủy xã biên giới đề nghị Ban Thường vụ Tỉnh ủy quyết định chỉ định tăng thêm cấp ủy viên là đồn trưởng hoặc chính trị viên đồn Biên phòng tham gia Đảng ủy xã; trường hợp một xã có 2 đồn biên phòng đóng quân, làm nhiệm vụ trên địa bàn thì chỉ định tăng thêm mỗi đồn 1 cấp ủy viên là đồn trưởng hoặc chính trị viên đồn biên phòng; trường hợp một đồn đóng quân trên địa bàn hai xã thì chỉ định tăng thêm mỗi xã 1 cấp ủy viên là các đồng chí đồn trưởng, chính trị viên và các đồng chí trong ban chỉ huy đồn biên phòng (không tính vào số lượng cấp ủy viên theo quy định và không chuyển sinh hoạt đảng về địa phương).
Sau mỗi kỳ đại hội Đảng bộ xã biên giới hoặc khi điều động, luân chuyển cán bộ đồn Biên phòng đang tăng thêm cấp ủy cấp xã đi nơi khác thì Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng báo cáo Ban Thường vụ Đảng ủy Quân sự tỉnh phối hợp Ban Thường vụ Đảng ủy Bộ đội Biên phòng xã biên giới đề nghị Ban Thường vụ Tỉnh ủy quyết định chỉ định tăng thêm cấp ủy viên là đồn trưởng hoặc chính trị viên đồn Biên phòng tham gia Đảng ủy xã. Xây dựng kế hoạch tổ chức hội nghị sơ, tổng kết rút kinh nghiệm thực hiện Quy chế phối hợp.
Đảng ủy các xã biên giới thường xuyên trao đổi, thông báo với Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng và các đồn Biên phòng đóng trên địa bàn về tình hình phát triển kinh tế-xã hội, quốc phòng, an ninh, kết quả thực hiện nhiệm vụ công tác biên phòng của địa phương.
Lãnh đạo Đảng bộ và nhân dân địa phương thực hiện các nghị quyết, chỉ thị, quy định của Đảng, Nhà nước, Quân đội, Tỉnh ủy Lai Châu về công tác biên phòng; chỉ đạo các tổ chức, lực lượng ở địa phương phối hợp các đồn Biên phòng tuyên truyền, vận động quần chúng nhân dân ở khu vực biên giới chấp hành nghiêm chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước; xây dựng cơ sở chính trị, phát triển kinh tế-xã hội, xây dựng nền biên phòng toàn dân và thế trận biên phòng toàn dân ở địa phương vững mạnh.
Lãnh đạo, chỉ đạo các ban, ngành, đoàn thể và nhân dân địa phương phối hợp, tạo điều kiện, giúp đỡ các đồn Biên phòng thực hiện nhiệm vụ và xây dựng đồn Biên phòng vững mạnh toàn diện. Lãnh đạo, chỉ đạo, hiệp thương cán bộ là Chỉ huy đồn Biên phòng tham gia Hội đồng nhân dân xã theo chủ trương của Tổng cục Chính trị Quân đội nhân dân Việt Nam và của Tỉnh ủy.
Sau mỗi kỳ đại hội Đảng bộ xã hoặc khi có quyết định điều động, luân chuyển công tác đối với đồng chí Phó Bí thư Đảng ủy là Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã; Ban Thường vụ Đảng ủy xã thông báo cho Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng để Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng báo cáo Ban Thường vụ Đảng ủy Quân sự tỉnh đề nghị Ban Thường vụ Tỉnh ủy quyết định chỉ định đồng chí Phó Bí thư Đảng ủy là Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã tham gia Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng.
Thường xuyên thông báo cho Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng khi có sự thay đổi về nhân sự chủ chốt của xã để Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng nắm, phối hợp công tác.
Tham gia ý kiến với Đảng ủy Ban Chỉ huy Bộ đội Biên phòng về chủ trương, đối sách trong công tác biên phòng và chủ trương, phương hướng xây dựng lực lượng Bộ đội Biên phòng tỉnh nói chung, các đồn Biên phòng nói riêng, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ xây dựng, quản lý, bảo vệ chủ quyền lãnh thổ, an ninh biên giới quốc gia; duy trì an ninh trật tự, an toàn xã hội ở khu vực biên giới, cửa khẩu theo quy định của pháp luật.
Định kỳ hoặc đột xuất mời đại diện cấp ủy, chỉ huy các đồn Biên phòng đóng quân trên địa bàn tham dự các buổi họp, giao ban và một số hội nghị khác của xã có liên quan đến nhiệm vụ phát triển kinh tế-xã hội, quốc phòng, an ninh, xây dựng, quản lý, bảo vệ biên giới, phòng, chống thiên tai, dịch bệnh. Phối hợp trong nắm, quản lý, nhận xét, đánh giá hằng năm đối với cán bộ đồn Biên phòng tham gia cấp ủy xã biên giới, đảng viên các đồn biên phòng tham gia sinh hoạt tại chi bộ bản. Phối hợp xây dựng kế hoạch tổ chức hội nghị sơ, tổng kết rút kinh nghiệm thực hiện Quy chế phối hợp.
Việc ký kết Quy chế phối hợp giữa Đảng ủy Ban Chỉ huy bộ đội Biên phòng tỉnh Lai Châu với Đảng ủy 11 xã biên giới là bước cụ thể hóa các nghị quyết, chỉ thị của Đảng về xây dựng và bảo vệ Tổ quốc trong tình hình mới; là cơ sở quan trọng để tăng cường vai trò lãnh đạo của các cấp ủy đảng, phát huy sức mạnh tổng hợp của cả hệ thống chính trị trong xây dựng “nền Biên phòng toàn dân, thế trận Biên phòng toàn dân trong nền quốc phòng toàn dân, gắn với nền an ninh nhân dân, thế trận an ninh nhân dân ở khu vực biên giới”.
