Trong hai năm 2012 - 2013, Bảo tàng Lịch sử quốc gia đã phối hợp với nhiều địa phương tiến hành các đợt nghiên cứu và khai quật khảo cổ học, đáp ứng yêu cầu nghiên cứu đời sống văn hóa, tín ngưỡng, nghệ thuật... Đồng thời nhằm sưu tầm hiện vật để nghiên cứu, bảo tồn và phát huy tác dụng tại hệ thống trưng bày của Bảo tàng.
Một số cuộc khai quật quy mô lớn được giới chuyên môn đánh giá cao: hợp tác với Bảo tàng Hàn Quốc khai quật di chỉ mộ táng Bãi Cọi (Hà Tĩnh), di tích kiến trúc thời Lý ở núi Phương Nhi thuộc quần thể tháp Chương Sơn (Ý Yên, Nam Định); di tích Tháp Mẫm (An Nhơn, Bình Định), Cấm Mít (Đà Nẵng); khai quật tàu đắm ở biển Bình Châu (Quảng Ngãi) và khảo sát các di tích văn hóa Óc Eo tại Đồng Tháp và Long An...
Trong hai năm qua, Bảo tàng còn hợp tác với các chuyên gai Đại học Đông Á và Đại học Saitama (Nhật Bản) tiến hành khảo sát đánh giá hiện trạng và lập bản đồ phân bố di tích thành cổ Luy Lâu (Thuận Thành, Bắc Ninh); hợp tác với Viện nghiên cứu Di sản văn hóa biển quốc gia Hàn Quốc khảo sát hệ thống thương cảng cổ Vân Đồn (Quảng Ninh), Phố Hiến (Hưng Yên), Lạch Trường (Thanh Hóa), Hội Thống (Hà Tĩnh), Thanh Hà, Bao Vinh (Thừa Thiên - Huế), Thị Nại (Bình Định); các làng nghề đóng thuyền cổ ở Khánh Hòa và Bà Rịa - Vũng Tàu...
Bảo tàng Lịch sử quốc gia đang xây dựng và thực hiện quy trình nghiên cứu khảo cổ học có hệ thống và đầy đủ hơn để gắn nghiên cứu, khai quật, sưu tầm với phục chế, phục dựng, trưng bày hiện vật và xuất bản các ấn phẩm, để cùng với Viện Khảo cổ học và Khoa Lịch sử Đại học KHXH&NV, trở thành ba cơ quan nghiên cứu khảo cổ học hàng đầu cả nước.
Sơ đồ tàu đắm ở Bình Châu được các nhà KCH ở BT LSQG khai quật.
Một số hiện vật trong con tàu đắm ở Bình Châu được giới thiệu tại Hội thảo.
