Bên cạnh đó, dòng sông cũng làm nhiệm vụ tiêu thoát nước cho hai địa phương trên mỗi khi xuất hiện mưa lớn, gây úng ngập. Tuy nhiên từ nhiều năm nay, mỗi ngày dòng sông phải tiếp nhận hàng nghìn mét khối nước thải sinh hoạt, chăn nuôi, sản xuất công nghiệp chưa qua xử lý và rác thải, phế thải... khiến lòng sông bị thu hẹp, nguồn nước bị ô nhiễm nghiêm trọng, bốc mùi hôi thối, ảnh hưởng nghiêm trọng đến cuộc sống, sản xuất của người dân.
Ðể "hồi sinh" dòng sông, Ủy ban nhân dân Thành phố Hà Nội đã chỉ đạo các đơn vị liên quan lập đề án bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu Bây giai đoạn 2021-2025; đồng thời quyết định đầu tư gần 219 tỷ đồng triển khai Dự án cải tạo, nâng cấp sông Cầu Bây với các hạng mục: Nạo vét, cải tạo lòng sông, đoạn từ cống Trại Lợn đến cống Xuân Thụy; gia cố gần 5.900m bờ tả và hơn 4.915m bờ hữu đi qua khu dân cư; cứng hóa một số đoạn đường hai bên bờ sông phục vụ công tác quản lý kết hợp giao thông vào các cụm dân cư; cải tạo, nâng cấp cống Xuân Thụy và khu vực cửa sông Cầu Bây đổ vào hệ thống thủy lợi Bắc Hưng Hải...
Ðến nay, nhiều hạng mục nạo vét, mở rộng dòng chảy, cải tạo hai bên bờ sông đã hoàn thành, từng bước tạo diện mạo mới cho dòng sông. Tuy nhiên, để khắc phục triệt để tình trạng ô nhiễm, các cơ quan chức năng, đơn vị liên quan cần tập trung kiểm soát, xử lý ô nhiễm nước sông Cầu Bây.
Cụ thể, các cơ quan, đơn vị liên quan cần tập trung nguồn lực đầu tư xây dựng các công trình thu gom, xử lý nước thải sinh hoạt nhằm bảo đảm nước thải đáp ứng quy chuẩn môi trường, trong đó ưu tiên đầu tư hệ thống quan trắc nước thải tự động đối với các nguồn nước thải có lưu lượng xả thải lớn theo quy định.
Ủy ban nhân dân thành phố kiên quyết không cấp phép đầu tư, cấp phép môi trường, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường đối với các dự án, cơ sở không bảo đảm yêu cầu về bảo vệ môi trường, nhất là các dự án, cơ sở không có biện pháp, công trình xử lý nước thải đạt quy chuẩn trước khi xả ra sông Cầu Bây. Các đơn vị chức năng cần tăng cường công tác thanh, kiểm tra việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường; xử lý nghiêm minh các tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm về môi trường, xả nước thải sai quy định vào sông Cầu Bây; kiên quyết áp dụng triệt để các biện pháp khắc phục hậu quả vi phạm đối với các cá nhân, tổ chức vi phạm.
Cùng với đó, người dân sinh sống hai bên bờ sông không lấn chiếm hành lang bảo vệ sông, đổ phế thải, rác thải xuống lòng sông gây cản trở dòng chảy, ô nhiễm môi trường; nâng cao ý thức gìn giữ, bảo vệ dòng sông, nỗ lực đưa dòng sông sớm trở lại trong xanh, sạch đẹp.