Theo kết luận do Chánh Thanh tra tỉnh An Giang Nguyễn Như Anh ký ban hành ngày 30/6/2026, bên cạnh những kết quả đạt được, cơ quan thanh tra đã chỉ ra nhiều tồn tại, hạn chế kéo dài. Cụ thể, việc công khai ngân sách của hai tỉnh trước khi hợp nhất còn chưa đầy đủ, chậm trễ và sai biểu mẫu; kế hoạch chuyển đổi vị trí công tác chưa rõ đối tượng; quy chế chi tiêu nội bộ có nhiều điều khoản chưa phù hợp với quy định hiện hành.
Qua kiểm tra việc kiểm soát tài sản, thu nhập, Đoàn Thanh tra phát hiện còn xảy ra tình trạng lập danh sách đối tượng kê khai tài sản chưa đúng; nhiều trường hợp kê khai sai mẫu, chậm trễ hoặc không giải trình đầy đủ tổng thu nhập tăng thêm giữa hai lần kê khai.
Sổ theo dõi tài sản chưa được cập nhật đầy đủ, nhiều tài sản thiếu thẻ kiểm kê. Đặc biệt, tại Trường tiểu học Nguyễn Hiền xảy ra vụ việc thất lạc một bộ máy vi tính nhưng chưa kịp thời xử lý trách nhiệm.
Ngoài ra, việc lập dự toán, thanh quyết toán kinh phí cho các hội thi, cuộc thi, hoạt động kiểm định chất lượng, lựa chọn sách giáo khoa, xét duyệt sáng kiến, khen thưởng và các lớp học chuyên đề (tiếng Anh tăng cường, xóa mù chữ) xảy ra nhiều sai sót. Tổng số tiền sai phạm do chi không đúng chế độ, tiêu chuẩn, định mức là 3,885 tỷ đồng.
Chánh Thanh tra tỉnh đã kiến nghị Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh chỉ đạo Sở Giáo dục và Đào tạo khẩn trương có biện pháp khắc phục toàn diện, chấn chỉnh công tác quản lý tài chính, tài sản công và thực hiện nghiêm túc việc thanh toán không dùng tiền mặt.
Kết luận thanh tra kiến nghị thu hồi, nộp ngân sách nhà nước số tiền sai phạm 3,885 tỷ đồng. Tính đến thời điểm ban hành kết luận, đơn vị này đã tự nguyện nộp khắc phục hơn 1,6 tỷ đồng.
Thanh tra tỉnh kiến nghị tổ chức kiểm điểm trách nhiệm đối với tập thể lãnh đạo Sở Giáo dục và Đào tạo qua các thời kỳ và các cá nhân liên quan. Riêng vụ việc mất tài sản tại Trường tiểu học Nguyễn Hiền, yêu cầu cơ quan thẩm quyền kiểm điểm, xử lý nghiêm tập thể, cá nhân để xảy ra thất lạc.
