Không chỉ phục vụ công tác nghiên cứu, bảo tồn, giáo dục cộng đồng, nhiều năm qua, Viện Hải dương học Nha Trang đã trở thành điểm đến được nhiều du khách chọn lựa. Điểm nhấn chính là khu “thủy cung thu nhỏ”, nơi tái hiện đời sống của hàng nghìn sinh vật biển theo cách gần gũi, thân thiện nhất. Mỗi ô trưng bày dù lớn hay nhỏ cũng bảo đảm mô phỏng gần đúng môi trường sống tự nhiên của sinh vật biển khiến người xem có cảm giác như đang đeo kính, lặn sâu dưới đại dương, tự khám phá những điều thú vị.
Bên cạnh các sinh vật biển quen thuộc, tại đây trưng bày nhiều loài quý hiếm, cung cấp nguồn tài nguyên giá trị cho công tác nghiên cứu khoa học. Việc cung cấp thông tin cụ thể, ngắn gọn tại mỗi khu vực trưng bày giúp khách tham quan tự do tìm hiểu mà không phải phụ thuộc vào thuyết minh viên hay hướng dẫn viên. Khu trưng bày mẫu vật với diện tích gần 200 m² cũng tạo được ấn tượng với các bộ sưu tập độc đáo, đồ sộ. Nổi bật nhất phải kể đến bộ xương cá voi lưng gù dài 18 m, nặng 10 tấn, có tuổi thọ hơn 200 năm, bộ xương bò biển quý hiếm hay bộ xương cá nạng hải khổng lồ, nặng gần một tấn. Khu hiện vật phi sinh vật cũng khiến nhiều du khách thích thú khi cung cấp khá đầy đủ thông tin về khía cạnh địa chất và công nghệ trong nghiên cứu biển. Bộ sưu tập mẫu địa chất biển được thu thập từ nhiều vùng đại dương trên thế giới giúp người xem có cái nhìn bao quát hơn về hệ sinh thái biển. Việc đầu tư thu thập, trưng bày hệ thống máy móc, thiết bị khảo sát biển qua nhiều thời kỳ tại đây góp phần thể hiện rõ lịch sử phát triển của ngành nghiên cứu biển Việt Nam.
Không tập trung nhiều sinh vật biển hay sở hữu các bộ sưu tập độc quyền, nhưng Khu tài nguyên biển Hoàng Sa - Trường Sa tại Viện lại là điểm trưng bày đặc biệt, mang ý nghĩa khẳng định chủ quyền biển đảo thiêng liêng của Tổ quốc. Tại đây, khách tham quan sẽ bắt gặp nhiều mẫu sinh vật biển quý hiếm được thu thập từ các đảo thuộc quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa, cùng các mẫu địa chất biển giá trị. Kết thúc hành trình tham quan, nhiều du khách tìm đến cột mốc thu nhỏ tại khu trưng bày chụp hình lưu niệm.
