Theo Tổng cục Thuế cho biết, các ý kiến này xoay quanh quy định: ngưỡng 100 triệu đồng để xác định đối tượng phải nộp thuế cần phải điều chỉnh tăng từ 30% đến 40% để phù hợp với tỷ lệ lạm phát đã tăng trên 20% và mức giảm trừ gia cảnh cho cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công đã được điều chỉnh tăng 22%
Hai là, hoạt động cho thuê nhà của cá nhân đóng thuế với mức thuế suất cao nhất (10%) so với nhiều loại hình kinh doanh dịch vụ khác (từ 4,5% đến 7%).
Nếu so sánh với việc gửi tiền tiết kiệm ngân hàng không phải chịu thuế thì việc cá nhân bỏ nhiều tỷ để đầu tư bất động cho thuê phải chịu thuế 10% mà không được trừ bất kỳ khoản chi phí nào là không hợp lý.
Giải đáp các ý kiến này, phản hồi của Tổng cục Thuế cho biết, về ngưỡng doanh thu xác định đối tượng chịu thuế, theo quy định của Luật thuế giá trị gia tăng và Luật thuế thu nhập cá nhân thì cá nhân kinh doanh có mức doanh thu từ 100 triệu trở xuống không thuộc diện chịu thuế.
Do đó các trường hợp cá nhân có bất động sản cho thuê có doanh thu trên 100 triệu đồng/năm (trên 8,3 triệu đồng/tháng) được xác định là đối tượng phải kê khai, nộp thuế 10% (giá trị gia tăng 5%, thu nhập cá nhân 5%).
Tổng cục Thuế đang nghiên cứu và sẽ đề xuất với Bộ Tài chính để xem xét trình Chính phủ trình Quốc hội nâng ngưỡng doanh thu chịu thuế trong chương trình sửa Luật thuế giá trị gia tăng trong thời gian tới để phù hợp với tình hình thực tế.
Về mức thuế suất và quy định không được trừ chi phí đối với hoạt động cho thuê bất động sản của cá nhân, Tổng cục Thuế cho biết, theo quy định tại Biểu thuế ban hành kèm theo Thông tư số 92/2015/TT-BTC ngày 15-6-2015 của Bộ Tài chính thì hoạt động cho thuê tài sản không kèm theo dịch vụ lưu trú thì chịu thuế 10% (giá trị gia tăng 5%, %, thu nhập cá nhân 5%).
Dịch vụ lưu trú không tính vào hoạt động cho thuê tài sản gồm: cung cấp cơ sở lưu trú ngắn hạn cho khách du lịch, khách vãng lai; cung cấp cơ sở lưu trú dài hạn cho sinh viên, công nhân và những đối tượng tương tự; cung cấp cơ sở lưu trú cùng dịch vụ ăn uống và các phương tiện giải trí.
Dịch vụ lưu trú không bao gồm: cung cấp cơ sở lưu trú dài hạn được coi như cơ sở thường trú như cho thuê căn hộ hàng tháng hoặc hàng năm được phân loại trong ngành bất động sản theo quy định của pháp luật về Hệ thống ngành kinh tế của Việt Nam. Theo quy định tại Biểu thuế ban hành kèm theo Thông tư số 92/2015/TT-BTC ngày 15-6-2015 của Bộ Tài chính thì hoạt động cho thuê tài sản không kèm theo dịch vụ lưu trú chịu thuế 10% (GTGT 5%, TNCN 5%).
Như vậy, ngành thuế đã khẳng định rõ, có những dịch vụ lưu trú không tính vào hoạt động cho thuê tài sản như: cung cấp cơ sở lưu trú ngắn hạn cho khách du lịch, khách vãng lai; cung cấp cơ sở lưu trú dài hạn cho sinh viên, công nhân và những đối tượng tương tự; cung cấp cơ sở lưu trú cùng dịch vụ ăn uống và các phương tiện giải trí.
Còn việc cung cấp cơ sở lưu trú dài hạn phải được coi như cơ sở thường trú như cho thuê căn hộ hằng tháng hoặc hằng năm được phân loại trong ngành bất động sản theo quy định của pháp luật về hệ thống ngành kinh tế của Việt Nam.
Theo đó, mặc dù thuế suất đối với hoạt động cho bất động sản ở mức cao hơn so với các loại hình kinh doanh dịch vụ khác, nhưng đã loại trừ các hoạt động mang tính lưu trú, các hoạt động cho thuê đối với những đối tượng yếu thế trong xã hội như sinh viên, công nhân và những đối tượng tương tự.
Những trường hợp cho thuê bất động sản thuộc diện chịu thuế 10% (giá trị gia tăng 5%, thu nhập cá nhân 5%) đều được xác định là những trường hợp kinh doanh bất động sản (theo Luật kinh doanh bất động sản).
Việc kinh doanh bất động sản theo hình thức cho thuê trong thời gian vừa qua mặc dù không bằng lãi tiết kiệm khi để tiền ngân hàng, khách hàng thuê không ổn định nhưng vẫn thu hút nhiều cá nhân có tiền nhàn rỗi hoặc tiền vay nhưng khả năng trả nợ tiền vay tốt đầu tư vào lĩnh vực này vì cái được lớn nhất của họ là có được tài sản - của để dành - sở hữu lâu dài và tài sản đó có thể đem lại dòng tiền ổn định theo năm tháng, không bị mất giá, thậm chí là tài sản tích luỹ cho đời con cháu.
Do đó, khi đặt vấn đề tính toán các khoản chi phí cho hoạt động cho thuê bất động sản nếu tính hết chi phí đầu tư ban đầu của bất động sản (tiền mua bất động sản, chi phí lãi vay, ...) là không phù hợp vì phải tính đến các yếu tố sở hữu bất động sản lâu dài, bất động sản có thể tăng giá trong tương lai.
Đối với hoạt động cho thuê thông thường chỉ có thể tính đến các chi phí mang tính phát sinh thường xuyên trong thời gian cho thuê hoặc để phục vụ cho mục đích cho thuê (chi phí bảo trì, bảo dưỡng, sửa chữa, lắp đặt thiết bị nội thất,....).
Để xử lý vấn đề không được trừ chi phí hợp lý như nêu trên của cá nhân cho thuê bất động sản, chính sách thuế đã xây dựng mức thuế của cá nhân thấp hơn so với doanh nghiệp.
Cụ thể, thuế giá trị gia tăng của cá nhân là 5% trong khi của doanh nghiệp là 10%; thuế thu nhập cá nhân của cá nhân là 5% trong khi thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp là 20% trên chênh lệch (doanh thu trừ đi chi phí).
Áp thuế tài sản là rất bình thường
Trong những năm gần đây, tranh luận về quan điểm áp thuế tài sản, một số chuyên gia ủng hộ thu thuế tài sản bởi cho rằng thuế đất hiện nay quá thấp, chưa thể hiện vai trò điều tiết thị trường.
Theo các chuyên gia, thuế tài sản đã được triển khai tại nhiều quốc gia (174 trong tổng số 193 nước) với những tên gọi khác nhau. Do đó, đề xuất này của cơ quan quản lý không phải vấn đề bất bình thường, đặc biệt trong bối cảnh thuế bất động sản của Việt Nam chiếm tỷ trọng quá nhỏ trong GDP so với các nước.
Dẫn chứng của chuyên gia cho biết, tại Nhật Bản, thuế tài sản chiếm khoảng 7-8% tổng thuế và so với GDP cũng chiếm trên 2%, trong khi tại Việt Nam, hiện thuế sử dụng đất phi nông nghiệp chỉ chiếm khoảng 0,1% tổng thuế và 0,036% GDP.
Mức thu thấp khiến thuế không có ý nghĩa điều tiết việc sử dụng đất, dẫn đến khiếu kiện đền bù hoặc giá biến động bất thường, sử dụng không hiệu quả. Các chuyên gia cũng cho rằng, việc tính thuế tài sản nhà sẽ không ảnh hưởng đến người thu nhập thấp khi cơ quan thuế đặc biệt tập trung chủ yếu vào nhóm người giàu, trong đó có đối tượng có nhà đất cho thuê.
Các chuyên gia cũng thống nhất cho rằng, một lựa chọn chính sách luôn có hai mặt, nhưng khi buộc phải lựa chọn chính sách, cơ quan quản lý vẫn phải lựa chọn phương án có nhiều lợi ích hơn.
TP. Hồ Chí Minh đề xuất thí điểm thu thuế cá nhân, tổ chức cho thuê nhà; cho thuê căn hộ, cho thuê mặt bằng kinh doanh tại chung cư.
Theo đề xuất của Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, Thành phố sẽ thí điểm thực hiện tại một số chung cư thuộc địa bàn quận 11, như: Chung cư Res 11 (phường 3); khu nhà ở thương mại Thuận Việt, cao ốc Bảo Gia, chung cư 70 Lữ Gia (phường 15); cao ốc Khải Hoàn (phường 5).
Cơ quan thuế sẽ sát cánh hỗ trợ các tổ chức, cá nhân về thủ tục và quy định, đồng thời cam kết sẽ xác định căn cứ giá cho thuê thực tế và giá theo kê khai nộp thuế của các căn hộ, cá nhân cho thuê nhà, căn hộ, cho thuê văn phòng để có mức thuế hợp lý.
Tiếp tục bảo đảm nguồn thu ngân sách nhà nước 
