Với sự tin cậy về chính trị ngày càng được củng cố, phát triển, các chuyến thăm, tiếp xúc ở các cấp, nhất là cấp cao giữa hai nước luôn được duy trì thường xuyên ở các kênh Đảng, Nhà nước đã tạo điều kiện và có những đóng góp quan trọng cho sự phát triển về kinh tế, văn hóa, xã hội của hai nước phát triển mạnh mẽ, hiệu quả và đi vào thực chất. Gần đây nhất, Thủ tướng Nhật Bản Suga Yoshihide đã chọn Việt Nam là điểm công du nước ngoài đầu tiên sau khi nhậm chức vào tháng 10/2020, cho thấy quan hệ tốt đẹp và tin cậy giữa hai nước không ngừng được thắt chặt và phát huy. Đáng chú ý, trong những năm gần đây, quan hệ hơp tác Việt Nam - Nhật Bản tiếp tục phát triển ngày càng mạnh mẽ, nhất là dưới thời kỳ của chính quyền Thủ tướng Shinzo Abe.
Cùng với đó, hai nước đã thiết lập các cơ chế hợp tác, đối thoại trên các lĩnh vực, với kinh tế Nhật Bản là đối tác quan trọng hàng đầu, là nước tài trợ ODA lớn nhất, nhà đầu tư thứ hai, đối tác du lịch thứ ba, thương mại lớn thứ tư của Việt Nam. Hai nước mở rộng hợp tác trong các lĩnh vực nông nghiệp, ứng phó biến đổi khí hậu, giáo dục và đào tạo. Hàng trăm nghìn thực tập sinh, tu nghiệp sinh, điều dưỡng viên, hộ lý Việt Nam đã đến học tập, nghiên cứu, làm việc tại Nhật Bản. Hợp tác địa phương và giao lưu nhân dân giữa hai nước được thúc đẩy mạnh mẽ.
Từ đầu năm 2020, mặc dù bị tác động bởi đại dịch Covid-19, song hai nước vẫn thường xuyên duy trì trao đổi các cấp bằng nhiều hình thức. Thông qua điện đàm trực tuyến, Thủ tướng hai nước Việt Nam - Nhật Bản đã nhất trí tăng cường đối thoại chiến lược, phối hợp chặt chẽ để xử lý các vấn đề nảy sinh; đồng thời tiếp tục hợp tác, ủng hộ nhau trên các diễn đàn đa phương, nhất là tại Liên hợp quốc và ASEAN. Chính phủ và nhân dân Nhật Bản đã tích cực hỗ trợ, dành tặng cho nhân dân Việt Nam ba triệu liều vắc-xin phòng Covid-19. Đó là minh chứng sống động của quan hệ Đối tác chiến lược sâu rộng và tình hữu nghị tốt đẹp giữa hai dân tộc.
Quan hệ quốc phòng Việt Nam và Nhật Bản được phát triển từ năm 1995, hai nước đã ký Bản ghi nhớ về Hợp tác và Trao đổi quốc phòng ngày 24/10/2011. Trong chuyến thăm chính thức Nhật Bản tháng 9/2015 do Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng dẫn đầu, hai bên đã ký “Tuyên bố chung triển vọng quan hệ Việt Nam - Nhật Bản”. Theo đó, Nhật Bản đã hỗ trợ cho Việt Nam xây dựng năng lực thực thi pháp luật trên biển; đồng thời nhấn mạnh tầm quan trọng của tự do hàng hải, yêu cầu các nước có liên quan giải quyết các tranh chấp bằng biện pháp hòa bình và tuân thủ theo luật pháp quốc tế, đặc biệt là Công ước Liên hợp quốc về Luật Biển (UNCLOS) năm 1982.
Tháng 9/2015, hai nước ký Bản ghi nhớ hợp tác giữa Lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam và Lực lượng Bảo vệ bờ biển Nhật Bản, hệ thống hóa hợp tác an ninh phi truyền thống, an ninh hàng hải, tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn, hợp tác xây dựng năng lực an ninh biển phát triển nhanh chóng, góp phần nâng cao năng lực cho lực lượng thực thi pháp luật trên biển của Việt Nam.
Bộ trưởng, Tổng Tham mưu trưởng, Thứ trưởng Quốc phòng hai nước đã có các chuyến thăm chính thức, trao đổi tình hình thế giới, khu vực và chính sách quốc phòng hai nước. Bên cạnh đó, Hải quân hai nước trao đổi hạm tàu thăm nhau. Tháng 9/2018, tàu ngầm huấn luyện của Nhật Bản lần đầu thăm Cảng quốc tế Cam Ranh. Tàu hải quân Việt Nam đã thăm đáp lễ Nhật Bản vào năm 2018, nhân dịp kỷ niệm 45 năm Ngày thiết lập quan hệ ngoại giao giữa hai nước. Trên cơ sở các văn bản đã ký kết, Nhật Bản đã hỗ trợ Việt Nam đào tạo nguồn nhân lực, tiếp nhận cán bộ Quân đội nhân dân Việt Nam sang học tập, nghiên cứu tại các trường đại học quân sự thuộc Lực lượng Phòng vệ Nhật Bản. Trong lĩnh vực gìn giữ hòa bình Liên hợp quốc, hai bên thường xuyên trao đổi, chia sẻ kinh nghiệm, thực hiện tốt chương trình đối tác ba bên (Nhật Bản - Việt Nam - Liên hợp quốc); Nhật Bản hỗ trợ Việt Nam tìm hiểu, khảo sát khả năng triển khai lực lượng gìn giữ hòa bình tại Nam Xu-đăng, phối hợp với Việt Nam tổ chức các cuộc hội thảo quốc tế, ký kết thỏa thuận hợp tác trên lĩnh vực gìn giữ hòa bình Liên hợp quốc. Hai nước tích cực triển khai hiệu quả các dự án hợp tác khắc phục hậu quả sau chiến tranh thông qua các gói viện trợ ODA không hoàn lại của Nhật Bản dành cho Việt Nam thực hiện các dự án như: Điều tra khảo sát, rà phá bom mìn tại tỉnh Thừa Thiên Huế và tỉnh Hà Tĩnh trị giá 5,5 triệu USD; dự án tiếp nhận trang, thiết bị rà phá bom, mìn trị giá 3,8 triệu USD; dự án tiếp nhận trang, thiết bị phân tích dioxin và môi trường do Chính phủ Nhật Bản tài trợ, triển khai hoạt động thử nghiệm công nghệ xử lý dioxin tại sân bay Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai. Ngoài ra, thông qua các cơ chế do ASEAN dẫn dắt như Diễn đàn An ninh khu vực ASEAN (ARF), Hội nghị Bộ trưởng Quốc phòng ASEAN mở rộng (ADMM+), Nhật Bản cũng tích cực ủng hộ quan điểm của Việt Nam, nhất là trong năm Việt Nam đảm nhận cương vị Chủ tịch ASEAN năm 2020.
Ngày 3/6/2021, Bộ trưởng Quốc phòng Phan Văn Giang đã hội đàm trực tuyến với Bộ trưởng Quốc phòng Nhật Bản Kishi Nobuo và trao đổi về công tác phòng, chống dịch Covid-19 của mỗi nước, trong đó đánh giá cao lực lượng quân y của hai nước tổ chức chia sẻ kinh nghiệm về ứng phó đại dịch; thống nhất triển khai các nội dung hợp tác quốc phòng, duy trì hiệu quả các cơ chế đối thoại, tham vấn sĩ quan các quân chủng; giao lưu các lực lượng hải quân, không quân, cảnh sát biển; hợp tác an ninh mạng... Đồng thời, hai bên đã nhất trí sẽ sớm ký kết Thỏa thuận chuyển giao trang bị và công nghệ quốc phòng giữa Việt Nam và Nhật Bản.
Chuyến thăm đầu tiên của Ngài Kishi Nobuo trên cương vị Bộ trưởng Quốc phòng Nhật Bản là dịp để hai bên thống nhất, thúc đẩy hoạt động hợp tác song phương và đa phương, đưa quan hệ quốc phòng hai nước tiếp tục phát triển trong giai đoạn mới, đóng góp tích cực cho hòa bình, ổn định của khu vực và cộng đồng quốc tế.
