Theo phương án khai thác giai đoạn đầu, Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV) dự kiến tổ chức khai thác tối đa khoảng 366 chuyến bay mỗi tuần tại Cảng Hàng không quốc tế Long Thành, bao gồm 322 chuyến bay nội địa và 44 chuyến bay quốc tế.
Trong giai đoạn đầu, các hãng hàng không trong nước sẽ từng bước triển khai hoạt động khai thác tại sân bay mới, trong đó Vietnam Airlines dự kiến khai thác tuyến Long Thành-Hà Nội cùng một số đường bay quốc tế, trong khi Vietjet Air dự kiến khai thác các đường bay nội địa kết nối Long Thành với các trung tâm kinh tế, du lịch lớn trên cả nước.