Giai đoạn một của HKPĐ được tổ chức ở năm địa phương đại diện cho các vùng, là: Phú Thọ, Thanh Hóa, Nam Định, Bình Dương, TP Cần Thơ. Giai đoạn hai là vòng chung kết HKPĐ toàn quốc diễn ra tại hai tỉnh Thanh Hóa và Nghệ An từ ngày 16-7 đến 10-8 với 15 môn thi đấu, trong đó bảy môn ở Thanh Hóa đã kết thúc thi đấu vào ngày 29-7. Lễ khai mạc và bế mạc HKPĐ diễn ra tại Nghệ An và cũng là nơi tổ chức tám môn thi đấu quan trọng gồm: bóng đá, bóng chuyền, điền kinh, cờ vua, ka-ra-tê-đô, tê-cuôn-đô, thể dục, đẩy gậy từ ngày 1 đến 10-8.
Những ngày thi đấu sôi nổi tại Thanh Hóa và Nghệ An đã khép lại với nhiều thành tích thi đấu nổi bật, thể hiện rõ rệt những nét đổi mới trong công tác giáo dục ở các nhà trường phổ thông từ năm 2012 đến năm 2016. Tiến tới HKPĐ lần này, nhiều hoạt động thể thao đã diễn ra ở từng cấp cơ sở, từng khu vực, nhà trường. TS Lê Mạnh Hùng, Phó Vụ trưởng Công tác học sinh, sinh viên (Bộ Giáo dục và Đào tạo) cho biết: Công tác giáo dục thể chất và thể thao trong các trường học trên cả nước đã có những chuyển biến tích cực. Hiện 100% số các tỉnh, thành phố đã tiến hành việc dạy và học môn thể dục, cũng như bố trí tiết học phù hợp với điều kiện thời tiết trong ngày của địa phương. Trong đó đáng chú ý như ở Quảng Ninh, các trường học của tỉnh đã bảo đảm dạy tiết thể dục được bố trí dàn đều trong tuần, không dạy dồn, ghép, không dạy ở tiết thứ năm buổi sáng và tiết thứ nhất buổi chiều... Nội dung chương trình được thực hiện theo hướng trang bị những kiến thức về kỹ năng vận động, giáo dục các tố chất thể lực, vận động rèn luyện thể lực và góp phần hình thành nhân cách cho các em học sinh. Tuy còn khó khăn, nhưng ở trường học của các tỉnh, như: Thái Nguyên, Điện Biên, Lai Châu... nhiều năm qua đã thường xuyên mở các khóa bồi dưỡng cho giáo viên thể dục, trong đó chú trọng bồi dưỡng về kỹ năng, động tác, bồi dưỡng về kiến thức và về phương pháp sư phạm. Trong đó, tiêu biểu như tỉnh Sơn La luôn chú trọng đến phương pháp giảng dạy, nhằm phù hợp với đặc điểm tâm sinh lý, lứa tuổi của học sinh, chú trọng đến hoạt động ngoại khóa trong các trường học, gây dựng phong trào thể dục-thể thao từ cơ sở... Qua đó lựa chọn được những học sinh ưu tú để bồi dưỡng, tập luyện tham gia các đội tuyển thi đấu ở các cấp và toàn quốc.
Tuy nhiên, trong thực tiễn, công tác giáo dục thể chất và thể thao trường học ở một số nơi vẫn chưa được quan tâm đúng mức, thậm chí coi nhẹ và thiếu bình đẳng so với các môn học khác. Cơ sở phục vụ cho công tác giáo dục thể chất và thể thao học đường đến nay đã tăng gần 1,5 lần so với năm 2012, song số lượng nhà tập luyện và thi đấu đa năng mới chỉ chiếm gần 10% số trường học trên toàn quốc, có địa phương trong tất cả số trường học của tỉnh chỉ có bốn nhà tập đa năng (THPT).
Đánh giá công tác giáo dục thể chất và phong trào HKPĐ, Thứ trưởng Giáo dục và Đào tạo Nguyễn Thị Nghĩa cho rằng: “Tuy công tác giáo dục thể chất và phong trào HKPĐ đã được cải thiện rất rõ rệt nhưng nhìn chung, nội dung chương trình giảng dạy vẫn còn nghèo nàn, chất lượng bài học còn thấp, đơn điệu cho nên nhiều học sinh không hứng thú tham gia. Do vậy, thời gian tới, Sở Giáo dục và Đào tạo các địa phương, các nhà trường, cơ sở giáo dục cần triển khai tốt hơn nữa công tác giáo dục thể chất và phong trào HKPĐ, nhằm nâng cao chất lượng giáo dục thể chất, thể thao trường học một cách đúng hướng và có hiệu quả hơn. Đáng chú ý, ở các tỉnh, thành phố, cơ sở giáo dục cần phổ cập môn bơi cho các em học sinh, nhằm giảm tình trạng đuối nước...”.
Lần đầu tiên, Ban tổ chức KHPĐ toàn quốc 2016 đã thực hiện chỉ đạo của Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam là không đưa VĐV năng khiếu thể thao, VĐV chuyên nghiệp vào thi đấu để khuyến khích phong trào cơ sở, nhằm tránh bệnh hình thức và thành tích. Đáng tiếc, do những lỗ hổng về điều lệ, một số địa phương đã cố tình “lách” các quy định, thậm chí đưa cả VĐV giành huy chương quốc gia đi thi đấu để lấy thành tích. Chính vì vậy, một số đơn vị đã bị tước huy chương như đội bóng rổ tỉnh Thanh Hóa và đội bóng đá THPT tỉnh Quảng Ngãi. Đây cũng là điều cần rút kinh nghiệm của ngành giáo dục các địa phương vì phát triển phong trào giáo dục thể chất nên dựa trên nền tảng cơ sở vững chắc chứ không chỉ tập trung đầu tư vào một số môn, một số VĐV để giành nhiều huy chương cho địa phương.
