Trên địa bàn thành phố có nhiều công trình xây dựng mà khi triển khai thi công đã đào được những hiện vật khảo cổ học, thậm chí là những di tích lịch sử quan trọng, có giá trị. Năm 2010, khi thi công nút giao thông Văn Cao - Hoàng Hoa Thám, các nhà khoa học phát hiện những dấu tích của Hoàng thành Thăng Long thời Lê sơ. Tại đây, còn có một số hiện vật thời Lý, Trần, Lê. UBND thành phố Hà Nội đã yêu cầu Sở Giao thông vận tải và Ban Quản lý dự án giao thông đô thị tạm dừng thi công tuyến đường Văn Cao - Hồ Tây (đoạn cắt qua đê Hoàng Hoa Thám) để Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch phối hợp Viện Khảo cổ học tiến hành nghiên cứu khảo cổ. Năm 2011, tại khu vực gần Khu đô thị Ciputra đã tìm thấy những ngôi mộ cổ. Ðầu năm 2013, khi thi công nút giao thông Ðào Tấn - Bưởi, một ngôi mộ cổ nữa cũng được tìm thấy tại đây... Tuy nhiên, đáng kể nhất là dấu tích Ðàn Xã Tắc được phát lộ vào năm 2006 khi thi công tuyến đường vành đai 1, đoạn Kim Liên - Ô Chợ Dừa (tức phố Xã Ðàn ngày nay). Lúc đó, do chưa có điều kiện nghiên cứu, cho nên sau khi được công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa quốc gia, di tích Ðàn Xã Tắc được tạm thời lấp lại, chờ khi nào có điều kiện sẽ tiếp tục nghiên cứu, phát huy giá trị. Việc xây dựng cầu vượt tại khu vực này thời gian qua một lần nữa dấy lên những tranh luận về vấn đề hài hòa giữa công tác bảo tồn di tích và sự đầu tư những công trình hạ tầng kỹ thuật đáp ứng nhu cầu phát triển của cuộc sống hiện tại.
Trên thực tế, tâm lý chung của các chủ đầu tư và đơn vị thi công đều rất "ngại" gặp phải các dấu tích khảo cổ học khi đang thi công công trình. Bởi nếu phát hiện các dấu tích khảo cổ học, khu vực đó sẽ được tiến hành khai quật khảo cổ, ảnh hưởng lớn tiến độ công trình. Trong khi đó, các nhà khoa học luôn lo lắng việc xây dựng các công trình có thể làm ảnh hưởng tới di chỉ khảo cổ, hoặc mất đi cơ hội nghiên cứu. Tuy nhiên, xung đột giữa bảo tồn - phát triển, băn khoăn của giới sử học và khảo cổ học và cả những lo lắng của chủ đầu tư, đơn vị thi công công trình có thể giải quyết nếu có quy hoạch khảo cổ. Tại Hội nghị góp ý kiến xây dựng phương án thiết kế nút giao thông Ô Chợ Dừa mới đây, Phó Chủ tịch Hội Di sản Việt Nam Phó Giáo sư Ðặng Văn Bài khẳng định, việc có quy hoạch khảo cổ là hết sức cần thiết. Quy hoạch khảo cổ khoanh vùng những khu vực có khả năng phát lộ các hiện vật khảo cổ. Khi có quy hoạch rồi, nếu ngành giao thông chuẩn bị xây dựng công trình đi qua khu vực được đánh dấu khảo cổ, thì mời các nhà khảo cổ học đến nghiên cứu trước. Bản thân các nhà khảo cổ cũng có thể khai quật trước những khu vực mà trong tương lai có thể có các công trình xây dựng.
Vấn đề xây dựng quy hoạch khảo cổ của Hà Nội đã được đề cập từ nhiều năm qua. Năm 2002, đề án "Khảo cổ học với việc giữ gìn di sản văn hóa dân tộc tại Hà Nội" - một quy hoạch khảo cổ sơ khai đã được Viện Khảo cổ học xây dựng và bàn giao cho thành phố Hà Nội. Tuy nhiên, sau đó, đề án này đã không được quan tâm đúng mức. Những tranh luận chung quanh việc xây dựng cầu vượt gần di tích Ðàn Xã Tắc cho thấy, việc lập ra một quy hoạch khảo cổ là vấn đề hết sức cấp thiết. Ðề án "Khảo cổ học với việc giữ gìn di sản văn hóa dân tộc tại Hà Nội" đã được lập ra cách đây hơn mười năm. Còn hiện tại, diện mạo thành phố đã thay đổi rất nhiều. Hơn nữa, thời điểm hiện tại, Quy hoạch chung xây dựng Thủ đô đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050, Quy hoạch Phát triển giao thông vận tải Hà Nội đến năm 2020 đều đã được thông qua, cần phải có một quy hoạch khảo cổ mới phù hợp với định hướng phát triển của thành phố. Theo các nhà khoa học, khảo cổ học luôn bao hàm những "ẩn số". Người ta không thể chắc chắn sẽ tìm được gì tại các khu vực khảo cổ, việc xây dựng quy hoạch khảo cổ chỉ có tính chất tương đối (có người gọi là bản đồ khảo cổ). Nhưng người ta có thể đoán định được khả năng những loại di vật nào có thể xuất hiện. Vì vậy, xây dựng quy hoạch khảo cổ, xác định rõ những khu vực dày đặc các di tích, khu vực di tích quan trọng, không quan trọng lắm và khu không có di tích... sẽ giúp chúng ta có thể xây dựng những định hướng trong bảo tồn, xây dựng và phát triển. Ðối với những di tích thật sự quan trọng, chúng ta sẽ bảo tồn nguyên trạng, với những di tích không quan trọng, chúng ta sẽ ưu tiên việc phát triển.
Bảo tồn di tích nổi trên mặt đất đã khó, bảo tồn những di tích chìm trong lòng đất còn khó hơn. Thế nên cần nghiêm túc nhìn nhận và bắt tay xây dựng bản quy hoạch khảo cổ học bài bản, cụ thể, chi tiết. Một bản quy hoạch như thế sẽ giúp tránh những chồng chéo, xung đột giữa xây dựng các công trình mới với giá trị, lợi ích của công tác bảo tồn di tích khảo cổ nằm sâu dưới tầng đất Thăng Long - Hà Nội.
