Ấy vậy mà trong ngành này vẫn đang tồn tại một nghịch lý. Theo Chủ tịch Hiệp hội Doanh nghiệp cơ khí Việt Nam (VAMI) Nguyễn Văn Thụ, biết bao lần gõ cửa các cơ quan chức năng "kêu" về tình trạng, đối với những mặt hàng thuộc diện khuyến khích nâng cao tỷ lê nội địa hóa trong nước thì khi nhập khẩu linh kiện, phụ kiện mà trong nước chưa chế tạo thì doanh nghiệp (DN) vẫn phải chịu thuế. Trong khi, nếu nhập khẩu nguyên chiếc thiết bị đó lại được hưởng mức thuế suất 0%. Tình trạng này kéo dài khiến ngành cơ khí trong nước càng kém sức cạnh tranh, "lẹt đẹt" không thể phát triển được. Giám đốc một DN cơ khí lớn trong nước chuyên chế tạo cẩu trục cho biết, DN của ông đã chế tạo thành công cẩu trục cỡ lớn (hơn 500 tấn), thậm chí, cả cẩu bánh xích. Thế nhưng, để sản xuất được những sản phẩm trên (nằm trong chương trình cơ khí trọng điểm của Chính phủ), các DN cơ khí trong nước hầu hết phải nhập khẩu một số linh kiện quan trọng mà những loại này phải chịu thuế ở những mức thuế suất khác nhau, trong khi, cẩu trục nguyên chiếc nhập khẩu lại được ưu đãi rất lớn về thuế. Vị giám đốc này ngán ngẩm: "Chính sách thuế như vậy thì ai còn mặn mà gì nghiên cứu nội địa hóa nữa, thà nhập khẩu cho khỏe re!". Vì thế, nhiều DN cơ khí không dám mở rộng quy mô sản xuất những mặt hàng tương tự do không thể cạnh tranh được với hàng nhập khẩu.
Lẽ thường, như nhiều nước khác, chính sách thuế nhập khẩu góp phần bảo vệ nền sản xuất trong nước thì trong lĩnh vực này, chúng ta lại làm ngược lại. Những bất hợp lý, nghịch lý như trên không chỉ tồn tại trong ngành cơ khí, mà còn ở nhiều ngành khác. Ðể xóa bỏ nghịch lý trên, tạo điều kiện khuyến khích DN trong nước nghiên cứu, chế tạo nhiều sản phẩm mới, thiết nghĩ, các bộ, ngành chức năng, như Bộ Tài chính, cần rà soát, đánh giá lại những loại sản phẩm trong nước đã chế tạo được thì xây dựng "hàng rào kỹ thuật" nhằm hạn chế nhập khẩu mà không vi phạm các cam kết quốc tế. Nghiên cứu điều chỉnh thuế suất nhập khẩu các loại linh kiện, phụ tùng trong nước chưa chế tạo được để sản xuất những sản phẩm cơ khí trọng điểm như đã từng điều chỉnh thuế suất nhập khẩu đối với một số mặt hàng điện tử, điện thoại, đồ điện lạnh, điện gia dụng (Công văn số 14052/BTC-CST ngày 21-10-2013).
