Ban chỉ đạo gồm 15 thành viên. Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Tỉnh ủy, Trưởng Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Phạm Đại Dương làm Trưởng Ban. Trưởng Ban Nội chính Tỉnh ủy Đào Bảo Minh làm Phó Trưởng Ban Thường trực. Các Phó Trưởng Ban gồm Phó Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch Hội đồng nhân dân tỉnh Cao Thị Hòa An; Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Trưởng Ban Tổ chức Tỉnh ủy Nguyễn Đình Phúc; Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Đặng Lê Tiến và Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Giám đốc Công an tỉnh Phan Thanh Tám.
Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy, chế độ làm việc, quan hệ công tác của Ban Chỉ đạo phòng, chống tham nhũng, tiêu cực tỉnh Phú Yên được thực hiện theo Quy định 67-QĐ/TW, ngày 2/6/2022 của Ban Bí thư. Khi thành lập, Ban Chỉ đạo sẽ xây dựng, ban hành Quy chế làm việc; phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên; xây dựng các chương trình, kế hoạch công tác để thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao.
