Tại Công văn số 3509/BC-BGTVT báo cáo Chính phủ về triển khai Đề án quản lý, sử dụng tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia mới đây, Bộ GTVT cũng nêu những vướng mắc về cơ chế trong giao vốn bảo trì đường sắt năm 2021. Theo đó, từ tháng 9-2018 trở về trước, VNR trực thuộc Bộ GTVT, được bộ giao dự toán nguồn sự nghiệp kinh tế đường sắt để thực hiện bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia. Sau đó, VNR chuyển về Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp, trong quá trình chuyển tiếp, năm 2019, VNR vẫn được giao bố trí vốn như các năm trước. Tuy nhiên, từ tháng 11-2020, Bộ Tài chính cho rằng, năm 2021 giao dự toán nguồn sự nghiệp kinh tế đường sắt cho VNR là không phù hợp với quy định của Luật Ngân sách nhà nước do VNR không thuộc Bộ GTVT. Hiện dự toán ngân sách và kế hoạch bảo trì được Bộ GTVT xây dựng, nguồn vốn bảo trì đã sẵn sàng nhưng Bộ GTVT không thể ứng dự toán cho các đơn vị vì chưa có hợp đồng kinh tế. Do còn nhiều ý kiến khác nhau giữa các bộ quản lý chuyên ngành cũng như việc VNR chưa phối hợp với Bộ GTVT trong quá trình triển khai thực hiện bảo trì đường sắt năm 2021, Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng tổ chức họp để thống nhất ý kiến giữa các bộ, ngành và xem xét các khó khăn, vướng mắc nêu trên, có quyết định phê duyệt Đề án làm căn cứ để triển khai, thực hiện.
Một vấn đề khác cũng có quan điểm khác biệt giữa các bộ, ngành là thời gian giao doanh nghiệp kinh doanh kết cấu hạ tầng đường sắt do Nhà nước nắm 100% vốn điều lệ (VNR) quản lý sử dụng tài sản kết cấu đường sắt quốc gia không tính thành vốn nhà nước tại doanh nghiệp. Theo Bộ Tư pháp, phương án giao VNR đến năm 2030 nhằm tạo khoảng thời gian hợp lý để doanh nghiệp có thể thực hiện kế hoạch sản xuất, kinh doanh hiệu quả và phù hợp đặc thù kinh doanh tài sản kết cấu hạ tầng đường quốc gia. Tuy nhiên, Bộ GTVT nêu quan điểm, Nghị định số 46/2018/NĐ-CP quy định nội dung quản lý tài sản của cơ quan quản lý nhà nước (Cục Đường sắt Việt Nam) được giao quản lý tài sản kết cấu hạ tầng quốc gia. Nghị định cũng quy định chỉ giao tài sản kết cấu hạ tầng đường quốc gia cho doanh nghiệp theo hình thức không tính thành phần vốn nhà nước trong một thời gian nhất định. Việc giao VNR quản lý, sử dụng tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia trong 5 năm (2021-2025) là phù hợp để các bên hoàn thiện đầy đủ, đồng bộ văn bản quy phạm pháp luật trong quản lý, khai thác, kinh doanh tài sản; kiện toàn cơ cấu tổ chức của Cục Đường sắt Việt Nam để quản lý tài sản.
Theo đánh giá của các chuyên gia, nếu năm 2021, VNR vẫn được giao thụ hưởng kinh phí bảo trì thì tiếp tục phải có sự đồng ý của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và ý kiến chỉ đạo của Chính phủ. Nếu VNR được Chính phủ đồng ý là đơn vị thực hiện đặt hàng bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia, sẽ phải sửa quy định tại Nghị định số 32/2019/NĐ-CP của Chính phủ. Để tháo gỡ vướng mắc một cách căn cơ, Bộ GTVT đang nghiên cứu phương án, đề xuất các cấp có thẩm quyền xem xét giao lại cho Bộ GTVT ba doanh nghiệp lớn đặc thù vừa kinh doanh vừa quản lý hạ tầng gồm VNR, Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) và Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV).
